这个服务器最好的一点就是可以提供处于各个区域的氨基酸残基占总数的百分比。拉氏图的结果主要分成4个区域：核心区域，允许区，大致允许区以及禁阻区。从图中可以看到大部分的氨基酸残基均位于核心区域 (95.9%),落在允许区和大致允许区的各有1个残基，而处于禁阻区的只有残基Ser112。通过我们对这个蛋白本身的了解可知，Ser112为该水解酶的催化三联体，其模板蛋白的Ser112同样处于禁阻区。
接下来我们看看ERRAT的结果，该结果中Overall quality factor值越高越好，一般高解析度的晶体结构该值可以达到95，而对于解析度一般的来说该值只能到91%左右。本例中的ERRAT值为89.928,已经比较接近低解析度的晶体结构了，但是应该还有继续改进
的空间。在图中存在的两条误差限表示的是位于其线以上的区域有多大的可能性是有问题的区域。根据这一结果，可以看出从残基120-150之间是一个需要高度注意的区域，另一个需要注意的区域是250-255。从BphD的PDB结构来看这两段主要是loop区，本身具有较大的弹性，因此再接下来的过程中可能需要重点关注这一段结构的优化。
其他的参数如verify_3D等数值较好，在本例中未详细给出，将在下一个修改版中放出 首先，我们考虑采用计算量较少的chiron服务器对模建结构的clash进行处理。其结果给出原始蛋白结构中存在的结构间的冲突以及其修正后的结果与原始结构的叠合结果。
接下来我们利用SAVES对于经过处理的蛋白结构进行评价：
首先从拉氏图来看，两者的差别不大。
而从ERRAT图中我们可以看到250-255这段区域的结构明显改善，但是135-140这个区域的结构似乎变得更为糟糕。 这时候，俺们就需要考虑利用MD对整个结构进行进一步的松弛，以去除不合适的clash。 以下我们可以考虑利用Gromacs对蛋白结构进行能量最小化。待补充 -------------------------------------------------------------------------------------更新计划 1. 补充原理方面的知识
2. 增加不同建模软件针对同一目标序列的建模结果评价(包括运行时间、建模质量分析等) 3. 补充各种难度的模建实例