2×CTAB法植物总DNA提取

2020-03-26 23:03

2×CTAB法植物总DNA提取

1. 液氮研磨1g左右的植物组织,转移到离心管中。改用研磨枪在冰上研磨,不加β-巯基乙醇

研磨时可加入适量的PVP、β-巯基乙醇。若CTAB准备2-3天内用完,则可将PVP、β-巯基乙醇直接加入其中。

2. 加入500μl的2*CTAB (60℃或65℃预热) ,颠倒混合均匀后在60℃或65℃水浴30m-1h小时,其间要上下颠倒混匀数次。

3.取出离心管,加入等体积的24:1(三氯甲烷:异戊醇),上下颠倒充分混合。 若量多,则可以直接侧立于摇床上晃动10分钟。

4.12000转速离心5-10min。将离心管动作轻缓的取出转子,放置于离心管架上。 a.离心后溶液分三层:上层为水相;中层为碎片和蛋白相;底层为氯仿 b.迅速进入下一步,以免各相混合

5.用移液枪吸取管中上层水相,动作一定要轻缓,不可搅动其它两层。 a.此步骤要宁舍不贪多,尽量避免吸取到下层液体。

b.若上步骤中中间层较厚,则继续加入等体积24:1,再次抽提一次,直至中间层较薄。 6. 在抽提出的水相中加入1/3体积的5M的KAc及等体积的异丙醇(4℃预冷),轻轻晃动混合均匀后在-20℃沉淀。沉淀至少15分钟至过夜。

6-1 在抽提出的水相中加入1/10体积醋酸钠(pH5.2, 3M),混匀后,加入2倍体积预冷的无水乙醇,-20℃沉淀15min至过夜。

6-3. 在抽提出的水相中加入加入2倍体积预冷的无水乙醇,-20℃沉淀15分钟至过夜。 a.时间越长,DNA的产量越多,污染也越多

7. 12000转速离心5-10min,去上清,倒置于吸水纸上数分钟,加入700μl 70%的酒精,上下颠倒数次,洗涤沉淀。12000转离心5-10m,去上清,倒置于吸水纸上数分钟。重复一遍。

8. 12000转速离心5-10min,去上清,倒置于吸水纸上数分钟,最后置于超净工作台中吹干。 9. 在离心管中加入30-50μl的灭菌去离子水或者TE溶液,4℃放置数小时,使其充分溶解。 10.用琼脂糖凝胶检测结果。 11. -20℃—— -70℃低温保存。

去除总DNA中的 RNA污染 先做预扩增实验,若RNE污染无严重影响则舍去该步骤 A

1. 在总DNA溶液中加入灭菌去离子水或者TE溶液调整总体积至200μl, 加入10μ RNase-A(10mg/ml)4℃过夜,或者37℃ 1h . 2. 用等体积的24:1抽提。

3. 沉淀DNA——洗涤DNA——干燥DNA——溶解DNA—— -20℃—— -70℃低温保存。

B 直接加入10μ RNase-A(10mg/ml)后冷冻保存。

试剂配方

1M Tris-HCl ( pH7.4, 7.6, 8.0 ) 浓HCl pH 7.4 7.6 约70ml 约60ml Tris 121.1g 121.1g 121.1g 去离子水 定容至1升 定容至1升 定容至1升 约42ml 8.0 高温高压灭菌后,室温保存 注意:应该在溶液冷却至室温后再调定pH值,因为Tris溶液的pH值随温度的变化差异很大,温度每升高1℃,溶液的pH大约降低0.03个单位

5×TBE缓冲液 Tris 54g 室温保存

50×TAE缓冲液 Tris 242g 室温保存

2×CTAB 成分 CTAB Tris-HCl(pH8.0) EDTA NaCl

0.5M EDTA (pH8.0) 二水乙二胺四乙酸二钠Na2EDTA·2H2O 186.1g 高温高压灭菌,室温保存。

NaOH 约20克 去离子水 定容至1L 终浓度 2% 100mM 20 mM 1.4M 已有溶液浓度 1M 0.5M 5M 配100ml所加量 2 g 10 ml 4 ml 28 ml 冰乙酸 57.1ml 0.5M EDTA (pH8.0) 去离子水 100ml 定容至1L 硼酸 27.5g 0.5M EDTA (pH8.0) 去离子水 20ml 定容至1L 注:只有pH值接近8.0时,EDTA才能完全溶解。溶解过程可在磁力搅拌器上剧烈搅拌。

耗材准备:

需要灭菌者: 1.5ml离心管、研磨枪头、蓝色枪头、黄色枪头、 其他:卫生纸(吸水用)、镊子、封口膜、挑菌针、酒精灯、70%酒精、离心管架子、离心管盒子、移液枪。

CTAB法提取植物基因组

药品:

2*CTAB

终浓度 组分 药品用量

0.1M/L 1M Tris-HCl(pH8.0) 100ml 20nM/L 0.5M EDTA(pH8.0) 40 ml

NaCl 82g CTAB 20g PVP40 20g

加去离子水800ml 充分溶解定容到1L。120℃ 1.5个大气压,灭菌20分钟 用之前加0.2-1%的

0.5M EDTA(pH8.0) 配制量: 1L 配制方法:

1. 称取186.1g Na2EDTA•2H2O,置于1L烧杯中。 2. 加入约800mL的去离子水,充分搅拌。 3. 用NaOH调节pH值值8.0(约20g NaOH)。 注意:pH值至8.0时,EDTA才能完全溶解。 4. 加去离子水将溶液定容至1L。 5. 适量分成小份后,高温高压灭菌。 6. 室温保存

1M Tris-HCl(pH8.0)

氯仿 :异戊醇 24:1 异丙醇

流程

1、 研钵预冷,叶片放入研钵,加液氮,研磨成粉末,用小勺放入2.0mlEP管。 2、 加入65℃预热的2*CTAB 600ul,摇匀; 3、 65℃水浴1小时,10min摇动一次

4、 12000rpm离心10min, 取上清到一新的EP管中。(次步骤视情况可省略) 5、 加入200ul 氯仿 :异戊醇 ( 24:1)。

6、 12000rpm离心10min, 取上层水相到一新的EP管中。 7、 加入等体积的异丙醇,轻轻上下摇动10次,静置10min。 8、 12000rpm离心10min,弃上清 9、 加入75%乙醇1.0ml,摇动

10、12000rpm离心2min,弃上清 11、吸取多余乙醇,室温吹干

12、加入50ul的ddH2O,或TE溶解。

-20℃保存

CTAB法提取植物基因组DNA

CTAB法原理

CTAB(Cetyl trimethyl ammonium bromide),十六烷基三甲基溴化铵,是一种阳离子去污剂,可溶解细胞膜,能与核酸形成复合物,具有从低离子强度溶

液中沉淀核酸的特性。

当降低溶液盐浓度到一定程度(0.3 mol/L NaCl)时,CTAB-核酸的复合物从溶液中沉淀,通过离心就可将其与蛋白,多糖类物质分开,在经过有机溶剂抽提,去除蛋白,多糖,酚类等杂质。最后通过乙醇或异丙醇沉淀DNA,而CTAB溶于乙醇或异丙醇而除去

在高离子强度的溶液中(>0.7mol/L NaCl), CTAB与蛋白质和多聚糖形成复合物,不能沉淀核酸。CTAB溶液在低于15℃时会形成沉淀析出,因此,在将其加入冰冷的植物材料之前必须预热,且离心时温度不要低于15℃。另外,它还能保护DNA不受内源核酸酶的降解。

主要试剂与溶液的配制:

PVP(聚乙烯吡咯烷酮K30) 巯基乙醇

氯仿︰异戊醇(24︰1) 异丙醇 70%乙醇 Tris-苯酚 RNaseA

无水乙醇

CTAB 溶液:CTAB——20g/L

NaCl(58.44)——1.4 mol/L(81.816g) EDTA(292.25)——10 mmol/L(2.9225g) Tris(121.14)——100 mmol/L(12.114g) pH 8.0

1×TE 缓冲液:EDTA(292.25)——1 mmol/L(0.29225g)

Tris(121.14)——10 mmol/L(1.2114g) pH 8.0

NaAC溶液:NaAC(82.03)——3mol/L(246.09g)

pH 4.0

植物总DNA的提取

1、取适量甘薯新鲜叶片,用液氮迅速研磨,中间加PVP(聚乙烯吡咯烷酮K30)少许,成粉末后转入10mL的离心管中,放入液氮或-80℃冰箱储存(在研磨样品时,研的细和研的粗,提出的DNA量可以相差几倍,所以,在液氮保护的很好的情况下尽量多研磨几次)。

2、将(200ml)CTAB溶液放于65℃水浴锅中预热。 3、加4ml巯基乙醇到预热的200mlCTAB中。

4、速加3ml预热的CTAB到装有粉末的10mL离心管中,之后放入65℃水浴

锅中,保温30~60min,期间轻摇数次(一般20min左右一次,刚投入水浴时可以稍快速的晃动,之后的晃动一定要轻柔)。

5、加入3~4ml氯仿︰异戊醇(24︰1)(在通风橱中操作),轻摇混匀至乳白色(100~200次,剧烈晃动会使DNA机械切割)。

6、15~20℃,11000 rpm离心15min(CTAB配平,相对应的离心管,质量相差<0.03g)。

7、取上清(用剪过的枪头进行操作,过尖的枪头会把DNA链弄断。),加0.6倍体积的异丙醇,摇均(有絮状物析出,可放入4℃冰箱过夜)。

8、用毛细玻璃管将DNA絮状物挑出(DNA絮状物尽量要挑出,不要离心,因为离心后虽然产量会增大,但是不完整的DNA也增多)(或4℃,10000 rpm离心5min,弃上清),放入新的离心管中,用70%乙醇漂洗2次,放置超净台中吹干。

9、加入2ml 1×TE缓冲液溶解,可放入4℃冰箱保存(酶活性在4℃或65℃水浴中最低,防止酶降解DNA)。

10、未溶解的,可放入65℃水浴中促其溶解,10min后拿出冷却至室温,可重复,直至溶解。

11、加入2.5ul RNaseA(RNaseA提前拿出融化),10℃离心,升至4000 rpm即停,使RNaseA和溶液充分混合。

12、37℃水浴,保温1h。

13、加入1ml Tris-苯酚、1ml氯仿︰异戊醇(24︰1),摇均配平,4℃,11000 rpm离心10min。

14、取上清,加1×TE补至2ml,加2ml氯仿︰异戊醇(24︰1)摇均配平,4℃,11000 rpm离心10min。

15、如仍有白色蛋白质沉淀,则重复步骤14。

16、取上清,加0.1倍上清液体积的NaAC,2.5倍上清液体积的无水乙醇(提前放入-20℃冰箱),摇均,放入-20℃冰箱沉淀30min。

17、用毛细玻璃管将DNA挑出(或用无水乙醇配平,4℃,10000 rpm离心4min,弃上清),放入新的离心管中,用70%乙醇漂洗2次,转入1.5ml离心管,放置超净台中吹干。

18、将DNA 溶于适量的1×TE缓冲液中,短期4℃保存,长期-80℃冰箱中储存。

19、取少量DNA溶液进行琼脂糖电泳,胶浓度为0.8%,检测其完整性。并用紫外分光光度计测其浓度。

注解:

1、PVP(聚乙烯吡咯烷酮):是酚的络合物,能与多酚形成一种不溶的络合物质,有效去除多酚,减少DNA中酚的污染;同时它也能和多糖结合,有效去除多糖。


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