1. 内部质量控制
应保证实验室在每个工作日检测结果的连贯性和与检测标准的一致性，实验室应制定对所承担的工作进行连续评估的程序。
实验室应定期对实验环境的洁净度、培养基的适用性、灭菌方法、菌株纯度和活性（包括性能）、试剂的质量等进行监控并详细记录。
实验室应定期对检测人员进行技术考核。可以通过加标试样的使用、平行实验和参加能力验证等方法使每个检测人员所检测项目的可变性处于控制之下，以保证检验结果的一致性。
实验室应对重要的检验设备如自动化检验仪器等进行比对。 2. 外部质量评估
实验室应参加与检测范围相关的国家能力验证或实验室之间的比对实验来评估检测水平，通过参加外部质量评估来评定检测结果的偏差。
实验记录
实验结果的可靠性依赖于试验严格按照标准操作规程进行，而标准操作规程应指出如何进行正确的试验操作。实验记录应包括所有关键的实验细节，以便确认数据的完整性。
实验室原始记录至少应包括以下内容：实验日期、检品名称、实验人员姓名、标准操作規程编号或方法、实验结果、偏差(存在时）、实验参数（所使用的设备、菌种、培养基和批号以及培养温度等）、主管/复核人签名。
实验记录上还应显示出检验标准的选择，如果使用的是药典标准，必须保证是现行有效的标准。
试验所用的每一个关键的实验设备均应有记录，设备日志或表格应设计合理，以满足试验记录的追踪性，设备温度（水浴、培养箱、灭菌器）必须记录，且具有追溯性。
实验记录写错时，用单线划掉并签字。原来的数据不能抹去或被覆盖。 所有实验室记录应以文件形式保存并防止意外遗失，正规的记录应存放在特定的地方并有登记。
结果的判断和检测报告
由于微生物试验的特殊性，在实验结果分析时，对结果应进行充分和全面的评价。所有影响结果观察的微生物条件和因素应完全考虑，包括与规定的限
度或标准有很大偏差的结果；微生物在原料、辅料或试验环境中存活的可能性；及微生物的生长特性等。特别要了解实验结果与标准的差别是否有统计学意义。
若发现实验结果不符合药典各品种项下要求或另外建立的质量标准，应进行原因调査。引起微生物污染结果不符合标准的原因主要有两个：试验操作错误或产生无效结果的试验环境条件；产品本身的微生物污染总数超过规定的限度或检出控制菌。
异常结果出现时，应进行偏差调查。偏差调查时应考虑实验室环境、抽样区的防护条件、样品在该检验条件下以往检验的情况、样品本身具有使微生物存活或繁殖的特性等情况。此外，回顾试验过程，也可评价该实验结果的可靠性及实验过程是否恰当。如果试验操作被确认是引起实验结果不符合的原因，那么应制定改错方案以解决问题，按照正确的操作方案进行实验.在这种情况下，对试验过程及试验操作应特别认真地进行监控。
如果依据分析调查结果发现试验有错误而判实验结果无效，那么这种情况必须记录。实验室也必须认可复试程序，如果需要，可按相关规定重新抽样，但抽样方法不能影响不符合规定结果的分析调查。
微生物实验室检测报告应该符合检测方法的要求。实验室应准确、清晰、明确和客观地报告每一项或每一份检测的结果。检测报告的信息应该完整。
文件
文件应当充分表明试验是在实验室里按可控的检查法进行的，一般包括以下方面：人员培训与资格确认;设备验收、验证、检定（或校准期间核查）和维修；设备使用中的运行状态(设备的关键参数)；培养基制备、贮藏和质量控制；菌种管理；检验规程中的关键步骤；数据记录与结果计算的确认；质量责任人对试验报告的评估；数据偏离的调查。