进入神奇宝贝中心上方的舞场，发现一名火箭队正在骚扰先前见过两次的舞姬。赶紧上前赶走火箭队的人，此时一位老者将HM03冲浪交给主角。
之后我们到圆朱市左上方的烧焦塔，在此遇见米那君和馆主小松，他们似乎在此讨论如何解除三圣兽的封印。另外这里获得解毒药、HP努力增加药
正准备到塔底下看看时，发现红发少年正等待在那里。
Lv 20 鬼斯、Lv 18 小磁怪、Lv 22 初始精灵、Lv 20 超音蝠
解决红发少年后就可以到塔底了，主角一接近三圣兽便都逃跑，此时雷公和炎帝就可以在城都地区随机遭遇了。随后米那君和小松离开。
接下来目标直指圆朱道馆，使用幽灵系的小松。圆朱道馆内部漆黑，只有训练师们身边才有蜡烛微弱的光亮，而且地形是没有边缘的，所以行走时一定要小心掉落黑色的迷雾中，一旦掉下去就得重新开始。
QUOTE: 馆主 - 小松 〇神奇宝贝：
Lv 21 鬼斯 黑眼神+诅咒+舔+怀恨 Lv 21 鬼斯通 催眠术+食梦+噩梦+诅咒 Lv 25 耿鬼 影子球+偷袭+催眠术+黑眼神 Lv 23 鬼斯通 偷袭+夜影+黑眼神+诅咒 〇胜利奖励：
鬼魅徽章、TM30 - 影子球
差不多该告别圆朱市了，朝着左边的38、39号道路前进吧！路途中可捡特效伤药，路过奶牛罐农场最后到达海岸城市浅葱市。刚路过浅葱道馆，就见到红发少年从道馆中走出来，得知馆主去灯塔给神奇宝贝疗伤了。另外，神奇宝贝中心上方的房子内可获得中级鱼竿。
接下来我们去灯塔看看吧。
电梯虽然可以直接到达顶层，但由于有电子门阻碍。所以只能通过灯塔的楼梯进入，里面的训练员使用的神奇宝贝一般水系偏多。
灯塔可获得TM87、升级糖果、PP值回复、银色驱虫剂、高级伤药。
到达顶层见到馆主蜜柑，她正陪着电龙。对话得知，治疗用的药只能在湛蓝市能获得，而她又抽不开身。所以这个任务也自然要我们的主角代劳了。
于是，我们就得通过40、41号水路向湛蓝市进发了
到达湛蓝市，这里似乎有新的设施在修建。此时水君正在不远处，靠近它后逃跑。这时一直追逐着水君的米那君出现，怪主角放跑了水君，随即对战开始。
使用神奇宝贝：
Lv 25 素利普、Lv 27 顽皮蛋、Lv 25 鬼斯通
然后来到神奇宝贝中心左边的房屋内，此处可获得治疗电龙的特效药。
药到手，接下来就是挑战湛蓝道馆的事，格斗为主的道馆。一进道馆就见到馆主—阿四正在人工瀑布底下修行，于是需要先到高处将瀑布关闭才能正式挑战。
QUOTE: 馆主 - 阿四 〇神奇宝贝：
Lv 29 火爆猴：影分身+瞪眼+岩崩+气合拳 Lv 31 快游蛙：催眠术+冲浪+泰山压顶+气合拳 〇胜利奖励：
打击徽章、TM01 - 气合拳