生态遗传学研究适用于各种引人入胜的生物学问题，无论是理论性的还是实用性的问题。例如适应的起源，种内趋异的原因，自然种群中高度遗传变异的性质、作用和维持，生殖隔离机制的形成过程以及昆虫对农药、微生物对抗生素抗性的进化等。此外，生态遗传学对动植物的引种驯化、育种选种有重要理论意义，也有益于林业、渔业和野生动植物的管理事业。因为人类活动，今天的种群正面临着新的前所未有的环境急剧变化，从生境的摧毁到农药、抗生素、除草剂和其它化学药剂和物理因素的广泛使用，此外，尚有以往从未出现过的外来种的侵扰等。这些改变不仅威胁着个体的生存，而且对种群还具有遗传上的影响，这些都是需要认真研究的生态遗传学问题。
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