系统发生树构建的步骤一般有下面几步:
I,对文件10.8\\protein sequence 的序列进行多序列比对,一般用clustalx/w软件完成.这里我们用软件BioEdit内置的clustalw来做多序列比对;
II,对clustalw产生的多序列比对文件进行修剪, 去掉比对后相似序列中没有对应的序列，前后全部对齐;
III,将修剪后的多序列比对文件转换成系统发生软件所需的文件格式并保存.这里我们是采用mega来做系统发生树的,所以须将修剪后的多序列比对文件转成.meg的文件格式; IV,用系统发生软件构树(采用多种方法UPGMA,N-J, Maximum likelihood等);
具体做法如下:
①将protein sequence 的序列文件导入到BioEdit中做多序列比对,这里有好几种做法: a,将所有的序列文件全部保存在一个txt文件中,然后用BioEdit打开;(该方法比较麻烦) b,用DNASTAR中的Editseq工具将所有文件打开,然后用File菜单中Export all as one…按钮将所有的单蛋白质序列文件保存成一个多蛋白质序列文件,文件格式为.fasta
c,直接用BioEdit中File>new alignment>import>sequences alignment file(这里需要注意的是在导入序列文件时要将导入文件的类型选为All Files否则BioEdit将默认显示phy, gb, aln等文件而看不到其他文件);(推荐) 导入后如图:
②采用自带软件Clastal 进行比对Accessory Application>clustalw multiple alignment，如下图：
比对后产生
文件,其序列如下:
③对clustalw产生的多序列比对文件进行修剪, 去掉比对后相似序列中没有对应的序列，前后全部对齐,可以直接用BioEdit的edit mode来做也可以用mega5>align>edit/build alignment来做这里采用后者;
修剪后完成后用mega5中的alignment explorer>data>export alignment>mega format来导出
文件,其文件内容如图:
④用mega5建树.File>open a file打开已经转好的
phylogeny下的不同方法UPGMA, N-J, Maximum likelihood得到各种树
文件然后