图2、采用聚乙二醇干扰素、拉米夫定、ADV、ETV、LDT和TDF治疗HBeAg阴性慢性乙肝患者，1年时HBV-DNA检测不到率和ALT复常率比较。这些研究采用不同的HBV-DNA检测方法，所有药物并非头对头比较。
治疗适应证
治疗适应证同样适用于HBeAg阳性和HBeAg阴性慢性乙肝患者，主要基于三个标准：血清HBV-DNA水平、血清ALT水平和组织学分级分期。
当患者HBV-DNA水平高于2000IU/ml（大约10000拷贝/ml）和（或）血清ALT水平超过1倍正常值上限（ULN），肝活检（或已在HBV感染患者中经过证实的无创标志物）显示中度至重度活动性坏死炎症和（或）纤维化（采用标准评分系统，例如METAVIR评分至少A2级或F2期）时，应考虑治疗。同时需要考虑到患者年龄、健康状况和各国抗病毒药物的应用状况。
应考虑到下列特殊患者群。
免疫耐受患者：对于大多数30岁以下ALT持续正常、HBV-DNA水平较高（通常超过10E7IU/ml）、没有肝脏疾病的任何疑点，也没有肝癌或肝硬化家族史的患者，不要求即刻行肝活检或治疗，但必须进行随访。
轻度慢性肝炎患者：对于ALT轻度升高（小于2×ULN）、组织学检查示轻度病变（METAVIR评分低于A2F2）的患者，可以不治疗，但必须随访。
代偿性肝硬化患者：如果检测到HBV-DNA，即使ALT水平正常和（或）HBV-DNA水平低于2000IU/ml（约10000拷贝/ml），也应考虑治疗。
失代偿肝硬化患者：迫切需要抗病毒治疗。对此类患者尤其应迅速而强效地抑制病毒，并应有效预防耐药的发生。临床症状的显著改善与病毒复制得到控制密切相关，但极晚期肝病患者可能不会从治疗中受益，应考虑进行肝脏移植。
预测应答
目前已发现一些基线特征和治疗中指标，是治疗后应答的预测因素。抗病毒治疗在不同时间点应答的预测因素，因抗病毒药物的不同而不同。
（1）以干扰素α为基础的治疗
预测发生HBeAg血清转换的治疗前因素是低病毒载量（HBV-DNA低于
10E7IU/ml或7log10IU/ml），高血清ALT水平（>3×ULN），肝活检示活动性评分较高（至少A2）。
治疗过程中，12周时HBV-DNA降至20000IU/ml以下，对于HBeAg阳性患者，发生HBeAg血清转换的概率为50%；对于HBeAg阴性患者，获得持续病毒学应答的概率为50%。 治疗过程中，24周时HBeAg水平下降可以预测HBeAg血清转换。
治疗过程中，12周时HBV-DNA降至20000IU/ml以下，对于HBeAg阳性患者，发生HBeAg血清转换的概率为50%；对于HBeAg阴性患者，获得持续病毒学应答的概率为50%。
治疗过程中，24周时HBeAg水平下降可以预测HBeAg血清转换。
需要更进一步的研究来确定HBsAg定量分析在预测获得持续病毒学应答和HBsAg消失中的作用。
同HBV基因C型和D型患者相比，基因A型和B型患者对干扰素α有更好的应答。然而，HBV基因型对个体的预测价值较差，目前单凭基因型不能决定选择何种治疗方法。
（2）以核苷类似物为基础的治疗
预测发生HBeAg血清转换的治疗前因素是低病毒载量（HBV-DNA低于
10E7IU/ml或7log10IU/ml），高血清ALT水平（>3×ULN），肝活检示活动性评分较高（至少A2）。
拉米夫定、阿德福韦或替比夫定治疗过程中，在24周或48周时产生病毒学应答（实时PCR法测不到HBV-DNA）与耐药率低密切相关，相应地，HBeAg阳性患者获得持续病毒学应答和发生HBeAg血清学转换的概率也较高。
HBV基因型不影响对任何核苷类似物的应答。