11号令第十四条规定：对能够最大限度地满足招标文件中规定的各项综合评价标准，或者能够满足招标文件的实质性要求且价格最高的投标人，应当确定为中标人。这实质上是明确了“综合条件最佳者得”和“价高者得”两种评标方式。在招标出让活动中，对于采取“价高者得”的方式评标确定中标人的，由于出让方在招标出让文件中已经将所有条件公之于众，所有参加投标活动的人都是符合所公布条件的，因此，采取这种评标方式的，可以不成立评标小组，而直接根据开标结果，确定有效投标价格最高者为中标人。在招标出让活动中，各地感到，采取“价高者得”的评标方式确定中标人，程序简单，公开透明，有利于防止暗箱操作。总结各地实践，39号令对这种评标方式再次进行了明确，在第十三条第四款规定：“按照价高者得的原则确定中标人的，可以不成立评标小组，由招标主持人根据开标结果，确定中标人”。因此，按照39号令规定，招标出让包括两种评标方式，一种是按照综合条件最佳者得的原则进行评标，在这种方式下，评标工作由评标小组来做，评标小组按照招标文件确定的评标标准和方法，对投标文件进行评审，对能够最大限度地满足招标文件规定的各项综合评价标准的投标人，可以确定为中标人；另一种是按照价高者得的原则进行评标，这种评标方式不要求成立评标小组，可以直接由招标主持人根据开标结果，将能够满足招标文件的实质性要求且价格最高的投标人，确定为中标人。
八、终止拍卖的情形:强调充分公开而非人数
11号令第十六条规定：“竞买人不足三人，或者竞买人的最高应价未达到底价时，主持人应当终止拍卖”。这一规定明确了终止拍卖的两种情况。竞买人最高应价低于底价即终止拍卖，实质上是不得低于底价出让国有土地，各地对此的认识是相同的，问题主要集中在对“竞买人不足三人”的理解上。一些地方认为，“竞买人不足三人”是指一宗地的竞买人不能少于三人。其实，11号令规定的“竞买人不足三人”是指一场拍卖会的竞买人不足三人，而不是指一宗地的竞买人不足三人。而且，《拍卖法》并没有对竞买人的人数进行规定。更为重要的是，拍卖作为一种市场交易方式，其核心是充分公开竞争，就土地拍卖而言，竞争并不是在拍卖现场才开始,实际上从发布拍卖出让公告起竞争就开始了,因此,关键是能否做到充分公开,即充分公开出让计划、充分公开出让信息(公告)、充分公开出让程序、充分公开竞价、充分公开结果。信息充分公开了，该知道的人都知道了,结果即使一宗地只有一个或两个竞买人有意愿来参加竞买，这种拍卖行为也是充分市场化、完全竞争的结果，反之，如果出让信息不充分公开或人为设定了种种条件限制竞买人参加招标拍卖挂牌活动，即使一
宗地拍卖现场来了一万个竞买人参加竞买，但场外还有很多有资格参加竞买的人因为不了解出让信息或因出让人设置的人为限制条件限制而无法进场参加竞争，这样的拍卖也是非充分竞争、非市场化配置的。因此，39号令首先从六个方面强调出让信息的充分公开，包括公开出让计划、公开发布出让公告、公开出让程序、集体确定出让底价、公开竞价、公开出让结果；其次，严禁人为设定限制条件，明确规定：“中华人民共和国境内外的自然人、法人和其他组织，除法律、法规另有规定外，均可申请参加国有建设用地使用权招标拍卖挂牌出让活动。出让人在招标拍卖挂牌出让公告中不得设定影响公平、公正竞争的限制条件。”在强化上述充分公开措施的基础上，39号令不再强调人数要求，删除了11号令“竞买人不足三人”的规定。
九、挂牌申请时间、公告时间和挂牌时间:要正确理解
11号令在挂牌公告时间、公告内容、挂牌程序、挂牌结果等多处对挂牌出让进行了规定，确立了挂牌出让制度，并在实践中取得良好的效果。但由于相关规定过于原则，一些地方理解不一致。很多地方提出,11号令规定的挂牌时间不得少于10个工作日，太长了，认为如果挂牌出让只有一个竞买申请人报价，挂牌10个工作日没有意义。我们认为，这主要是对挂牌出让的申请时间认识不全面造成的。如某地国土资源局挂牌出让宗地A，2007年10月8日发布公告，明确挂牌时间为10月29日至11月9日，同时该局规定申请时间为10月10日至10月29日，即10月29日为挂牌申请截止时间。此后，即使有申请人符合其他所有条件，也被认为超过了申请截止时间而被拒之门外。显然，这种理解混淆了挂牌时间、公告发布时间与挂牌申请时间的不同含义。其实，11号令并没有规定挂牌申请时间必须在挂牌开始日前截止。我们认为，为保证充分公开和充分竞争，在具体挂牌出让活动中，出让人完全可以在挂牌期间继续接受挂牌申请，只要在挂牌截止前留有足够的审查时间即可，这也正是规定挂牌时间不少于10个工作日的意义所在。因此，39号令对挂牌申请截止时间作了进一步明确，在第十一条规定：挂牌出让的，出让公告中规定的申请截止时间，应当为挂牌出让结束日前2天,即留下一定的审查时间即可。仍以某地宗地A的挂牌出让为例，2007年10月8日发布公告，明确挂牌时间为10月29日至11月7日(节假日照常挂牌)，则挂牌申请时间至少为10月10日至11月5日，即10个挂牌日中的前8日，仍可以继续接受申请。这样，就为潜在竞买人随时提出竞买申请提供了尽可能多的时间，出让方在挂牌期间仍可以接受新的申请人申请，使潜在竞买人可以随时加入竞买。
另外，11号令第十八条规定“挂牌时间不得少于10个工作日”。各地在操作中，为保持挂牌出让的连续性，往往是采用连续挂牌10日,即连续10日中的休息日照常挂牌,照常接受挂牌报价。为此,39号令修改了第十八条，明确：挂牌时间不得少于10日。因此,今后各地在确定挂牌时间时，应为不少于连续的10日，其中遇到节假日应当照常挂牌、照常接受挂牌报价,或节假日照常休息但要相应顺延挂牌时间。例如，可以规定某宗地挂牌出让时间为2007年10月30日至11月8日，其中节假日照常受理竞买申请和挂牌报价；也可以规定某宗地的挂牌出让时间为2007年10月30日至11月12日，其中，节假日照常休息。
十、挂牌出让期限截止:挂牌主持人主持确定
11号令第19条对“挂牌出让期限截止”时可能发生的情况作了具体规定：“在挂牌期限截止时仍有两个或者两个以上的竞买人要求报价的，出让人应当对挂牌宗地进行现场竞价，出价最高者为竞得人”。该条款是为了保证充分竞争，防止竞买申请人利用时间差规避他人竞争而提出的。各地在具体的挂牌出让活动中，对该条款的理解不一致，一些地方在出让公告中将挂牌出让截止时间规定为“X日X点X分”或“X日X点整”，结果出现了接近挂牌时点时竞买人要求报价但没有时间填写报价单的情况，并因此产生了一些纠纷。此外，一些地方将11号令19条“在挂牌期限截止时仍有两个或者两个以上的竞买人要求报价的”情形，理解为在挂牌期限截止时除了已被确认为最高报价的竞买人外，还必须有两个以上的竞买人提出报价要求，这种理解也是不对的。从最简单的道理上讲，在存在多个竞买人报价的情况下，挂牌期限截止时，已经有了最高报价人，这时，只要再有一个人有报价要求的，连同最高报价者，就属于有两个以上竞买人要求报价的情形。
为避免纠纷和理解混乱，39号令十九条第五款对挂牌截止重新进行了明确，规定：“挂牌截止应当由挂牌主持人主持确定。挂牌期限届满，挂牌主持人现场宣布最高报价及其报价者，并询问竞买人是否愿意继续竞价。有竞买人表示愿意继续竞价的，挂牌出让转入现场竞价，通过现场竞价确定竞得人；挂牌主持人连续三次报出最高挂牌价格，没有竞买人表示愿意继续竞价的，按照下列规定确定是否成交：（一）在挂牌期限内只有一个竞买人报价，且报价不低于底价，并符合其他条件的，挂牌成交；（二）在挂牌期限内有两个或者两个以上的竞买人报价的，出价最高者为竞得人；报价相同的，先提交报价单者为竞得人，但报价低于底价者除外；（三）在挂牌期限内无应价者或者竞买人的报价均低于底价或者均不符合其他条件的，挂牌不成交”。按照这一规定，在挂牌截止时，由土地招标拍卖挂牌主持人掌握
挂牌现场，可以根据挂牌报价情况确定挂牌成交、挂牌终止或挂牌转为现场竞价，有效地避免了竞买人与挂牌人、竞买人与竞买人之间对挂牌结果产生的理解不一致甚至产生纠纷，有利于挂牌活动的顺利开展。
此外，鉴于进入挂牌出让程序后，对竞买人报价进行确认、更新显示挂牌价格、以及在挂牌截止时间确定竞得人等工作，需要由具体人员主持进行，因此，39号令第十七条对挂牌程序中不准确的表述进行了完善，规定：竞买人填写报价单报价；挂牌主持人确认该报价后，更新显示挂牌价格；挂牌主持人在挂牌公告规定的挂牌截止时间确定竞得人。
十一、投标、竞买保证金:阶段不同性质不同
保证金制度是保障市场安全的基础之一。为防范交易风险，防止违约并确保合约的完整性，许多交易活动均设立保证金制度。从一般意义上讲，保证金是一项履约担保金，证明买方或卖方的诚意，所有的买方或卖方均须交存保证金方能进入市场。2002年发布的11号令，确立了国有土地使用权招标拍卖挂牌出让中的投标、竞买保证金制度。在招标拍卖挂牌出让活动中，对保证金的性质一直存在不同的认识。一种观点认为，投标、竞买保证金是定金，另一种观点认为是出让金。这两种观点都是片面的。
实际上，由于招标拍卖挂牌出让工作由不同阶段组成，招标拍卖挂牌活动持续过程较长，因此，投标、竞买保证金的性质不是恒定的，在招标拍卖挂牌出让的不同阶段，性质不同。在拍卖（挂牌）成交或中标前，投标、竞买保证金是意向用地者参加招拍挂活动的资格条件，是门槛,并不是定金；在拍卖（挂牌）成交或中标后，中标人、竞得人支付的投标、竞买保证金，在中标或竞得后转作受让地块的定金。其他投标人、竞买人交纳的投标、竞买保证金，出让人应在招拍挂活动结束后 5 个工作日内予以退还；国有土地出让合同签订后，竞得人最初缴纳的投标、竞买保证金转为土地出让价款。因此，39号令对投标、竞买保证金的性质进一步作了明确。在第二十条规定：“以招标、拍卖或者挂牌方式确定中标人、竞得人后，中标人、竞得人支付的投标、竞买保证金，转作受让地块的定金”。第二十一条规定：“中标人、竞得人应当按照中标通知书或者成交确认书约定的时间，与出让人签订国有建设用地使用权出让合同。中标人、竞得人支付的投标、竞买保证金抵作土地出让价款；其他投标人、竞买人支付的投标、竞买保证金，出让人必须在招标拍卖挂牌活动结束后5 个工作日内予以退还，不计利息”。也就是说，在中标或竞得前，投标、竞买保证金只是竞买
人参加招标拍卖挂牌活动的资格条件，中标或竞得后，投标、竞买保证金转变性质成为定金，签订出让合同后，再转变性质成为出让价款的一部分。
十二、缴纳出让金和发放建设用地使用权证书:按宗地出让、按宗地签订出让合同、按宗地缴清出让价款、按宗地发放建设用地使用权证
11号令第二十三条明确规定：受让人依照国有土地使用权出让合同约定缴清全部出让金后，依法申请办理土地登记，领取土地使用权证书，取得土地使用权。这一规定已明确受让方必须在缴清全部出让金后才能领取土地使用证。但近年来，一些地方存在受让人只缴了部分出让金就分割取得了土地使用权证，再用该土地使用权证申请土地抵押贷款。这给及时交清全部出让金埋下了隐患，同时为开发商以少量资金囤积土地留下余地，而一旦形势不利于开发建设，就造成土地闲置和工程烂尾。土地不能及时开发利用，不能形成有效的住房供应，也增加了金融风险，也不利于节约集约用地。为此，39号令对土地出让金缴纳和建设用地使用权证书发放进行了重新明确，第二十三条规定：“受让人依照国有建设用地使用权出让合同的约定付清全部国有建设用地使用权出让金后，应当依法申请办理土地登记，领取国有建设用地使用权证书。未按合同约定缴清全部出让金的，不得发放国有建设用地使用权证书，也不得按出让金缴纳比例分割发放国有建设用地使用权证书。
39号令发布后，一些媒体报道，39号令实施后，开发商拿地必须一次缴清全部出让金，而不能进行土地“分期付款”。这个说法其实是误读了该条款的内容。《城市房地产管理法》第十五条明确规定：土地使用者应当按照出让合同约定支付出让金。2000年国土资源部和国家工商行政管理总局联合发布的《国有土地使用权出让合同》（示范文本）明确规定，出让金支付方式由出让人与受让人双方约定，既可以约定一次性付清，也可以约定分期支付。如果出让合同约定分期支付，受让方就分期付款，约定一次支付的，就一次性付清。但是，不管是一次性支付还是分期支付，都必须在缴清该宗地的全部出让金后，才可以拿到土地使用权证，未缴清就不能拿证，也不能按缴纳出让金缴纳的比例分割发证。也就是说，开发商拿地可以按合同约定分期付款，但不可以分期拿证。另外，必须明确的是，根据土地管理相关法律，凡是土地出让，必须以宗地为单位，即按宗地拟定出让方案，按宗地组织出让，按宗地签订出让合同，按宗地发放土地使用证。现行法律不允许在未缴清出让金前将整宗地再分割为若干宗地，分割发放土地使用证。因此，无论是11号令还是39号令，在出让金缴纳和发证上，都是对现行土地管理法律政策的再次明确，而非对法律的突破。
39号令尽管只是按照《物权法》和相关法规规定对11号令进行了发展和完善，并不是针对市场调控出台的新政策，但从客观上讲，39号令强调公开、公平、公正的市场配置机制，包括重申按宗地出让、按宗地签订合同、缴清宗地出让价款才能发证、不得分割发证等规定，有利于市场机制的发挥,防止开发商囤地等，有助于宏观调控政策的落实。