大熊猫健康和寄生虫检测（大熊猫肠道微生物宏基因组、代谢组及蛋白组研究）
技术参数
一、60个大熊猫粪便样品宏基因组测序 1 2 3 4 5 6 7 取样 中标供应商安排专人上门收取所有样品 DNA质检利用1%琼脂糖凝胶电泳和TBS380检测基因组DNA，使用和片段化 文库构建 测序平台 数据质量 数据量 数据质控 Covaris将基因组DNA片段化 采用原装进口建库试剂盒进行宏基因组文库构建 Ilumina Hiseq测序平台进行宏基因组测序，测序过程中原装进口测序试剂盒，测序读长为PE150 原始下机数据测序质量要求：要求Q20≥90%，Q30≥80% 每个样本至少8G clean data 序列优化（Index、接头序列去除、碱基质量剪切等）、混合拼接组装 1、基础分析 1) microPITA 分析（从多样性项目中挑选具有代表性的样品进行宏基因组测序） 2) 序列组装与基因预测 3) 物种与功能注释 4) 物种与功能组成分析 5) 样本比较分析 6) 物种与功能差异分析 7) 关联和模型预测分析 8) 基于reads 的物种和功能注释 2、对于所有宏基因组测序样本进行Binning组装，拼接优势微生物基因组草图。 3、微生物多样性和代谢组学整合分析 1) 相关性分析（correlation analysis） 2) 普氏分析（Procrustes analysis） 内容： 1) 结题报告 2) 结果文件 招标方提供硬盘，中标供应商负责拷贝数据并送至指定地点 样本检测合格至项目结题：60个工作日 8 标准分析内容 9 结果报告 数据保存和递送 完成周期 10 11
二、16个大熊猫粪便样品宏蛋白组测定 1 2 3 4 5 取样 蛋白提取和定量 上机前处理 液相串联质谱 数据库搜索 中标供应商安排专人上门收取所有样品 Tris-饱和酚法提取蛋白，BCA法测定总蛋白含量 SDS-PAGE、还原烷基化和酶解、肽段脱盐、定量 Q-Exactive高级质谱，色谱分离时间180min，流速300nl/min 宏基因组数据构建的本地数据库 1、使用PEAKS软件进行搜库 1) 蛋白定量结果 2) 物种分类注释 3) 功能注释 4) 差异蛋白分析 5) 物种与功能组成分析 6) 物种与功能比较分析 2、基于宏基因组的数据做宏蛋白数据库的注释 3、蛋白组学和代谢组学的整合分析 1) KEGG 通路可视化 2) KEGG 通路比较分析 3) KEGG 通路富集分析 4) IPATH 整合分析 5) 相关性网络分析 内容： 1) 结题报告 2) 结果文件 招标方提供硬盘，中标供应商负责拷贝数据并送至指定地点 6 分析内容 7 结果报告 8 数据保存和递送 完成周期 9
样本检测合格至项目结题：50个工作日 三、170个大熊猫粪便、血清样品、竹子样品代谢组学测定 1 2 取样 代谢物提取 中标供应商安排专人上门收取所有样品 采用甲醇-水，超声法提取代谢物，采用2-Chloro-D-phenylalanine内标法对提取进行质控 3 LC/MS分析信息提取 1、LC-MS 分析的仪器平台为Waters 公司的超高效液相色谱串 联飞行时间质谱UPLCQ-TOF/MS 2、色谱条件为：色谱柱为BEH C18 柱 1、4个基地的粪便，血清和竹子样本分别比较差异代谢产物，共计18组分析 2、采用多维分析OPLS-DA 和单维分析（student t test）相结合的办法，来筛选组间差异代谢物（VIP>1，p<0.01） 4 代谢物鉴定 5 1、代谢组学分析 1) 差异代谢物韦恩图 2) 差异代谢物KEGG 通路可视化 3) 差异代谢物KEGG 通路富集分析 分析内容 4）差异代谢物聚类分析 2、微生物多样性和代谢组学整合分析 1）相关性分析（correlation analysis） 2）普氏分析（Procrustes analysis） 内容： 结果报告 1) 结题报告 2) 结果文件 数据保存和递送 招标方提供硬盘，中标供应商负责拷贝数据并送至指定地点 6 7 8 完成周期 样本检测合格至项目结题：65个工作日