港口、航道的建设、运营管理；负责与中央垂直管理的海事机构的沟通与协调。根据需要，可增加机场管理的协调职能。 陆上运输管理局。承担全省陆上运输综合协调发展的责任。主要包括：负责道路运输及相关辅助业的行业管理及授权范围的行政许可；组织道路运政执法；指导城市公共交通管理；指导和协调综合运输枢纽建设、维护、运营的管理；负责与中央垂直管理的邮政管理机构、铁路运输管理机构的沟通与协调。
选择设臵“两局”。即各省根据改革发展的需要，在上述“三局”基础上，可选择设臵综合执法局（总队）或工程质量和安全监督管理局（站），其主要职责是：
综合执法局（总队）。负责在授权范围内组织实施综合行政执法，规范和监督管理执法活动；加强与相关专业管理局的协调沟通。各专业管理局相应剥离其原有监督检查、行政处罚、行政强制等执法职能。综合执法的范围可根据不同条件视情而定，或者陆、水分开或者陆、水合一。
交通工程质量与安全监督管理局（站）。主要负责公路、水路交通基础设施建设重点工程项目的质量与安全监督管理，以及建设市场监督管理。依据职能整合情况还可承担其他交通基础设施建设、养护的工程质量与安全监管。交通工程质量与安全监督管理局（站）在大规模交通基础设施建设的特定历史阶段，承担着重要的责任。对于建设任务较轻，或建设规模趋缓的地区，可
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视情将其相关职能分类并入其他专业管理局。
其他专业管理机构设臵说明：①民航机场管理的重心在中心城市，省级层面原则上不设独立的专门管理机构。规划和指导协调方面的职能，可由省厅内设机构承担。②地方铁路的体制规范涉及许多复杂因素，目前省级层面主要涉及部省间、部门间、区域间的协调等工作，可考虑由省厅内设机构负责相关事务。对于事务量大且有条件的省份，亦可考虑设立专门的地方铁路管理局。③水路交通发达省份亦可结合管理职责任务平衡的需要，视情单设地方航道、地方海事管理机构。
（2）市级、县级专业管理机构组织结构模式
由于市（地）级交通运输事权重点集中在港口、机场、综合运输枢纽等基础设施建设和运营管理，以及道路运输和城市交通等方面，因此市（地）级层面可以形成公路管理机构（国省道属于省级事权委托）、港口管理机构、陆上运输管理机构（包括道路运输、城市客运、地铁和轨道交通）、机场管理机构为主的基本构架。其他专业管理机构设臵可视各地交通运输发展需要，并结合机构管理职责任务的多少等具体情况区别选设。
县（市）级交通运输事权重点集中在农村公路、道路运输方面，亦有县城本级的城市交通管理事务，因此县（市）级层面可以形成公路管理机构（农村公路）、道路运输管理机构为主的基本构架。其它专业管理机构亦应视具体情况区别选设。
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2. 纵向结构模式：条块结合的层级制
近期专业管理机构组织结构模式下，三级专业管理机构仍存在系统内部的紧密关系。从事权角度看，较适宜的体制模式是：
公路管理机构。对国省道，可探索实行省以下垂直管理的体制模式。对农村公路，可探索实行省与县之间条块结合、以块为主的体制模式，市级机构作为省级代理，只负责协调具体事务。
港航管理机构。地方航道、地方海事职能部分可探索按流域设臵省级垂直管理的分支机构。港口和水路运输则适宜于条块结合、以块为主的体制模式。
其他专业管理机构大多适宜于条块结合、以块为主的体制模式。
3. 交通运输主管部门与专业管理机构之间的角色定位 交通运输主管部门与专业管理机构之间是“决策”和“执行”的关系。交通运输主管部门既是各项专业性公共政策的决策者、指导者，也是各个专业管理机构的监督者（负责监督和考核专业管理机构的工作绩效）。专业管理机构则是所属专业业务领域公共政策的执行者。
为避免角色混同、职责同构，交通运输主管部门内设机构的部门化模式，应与所属专业管理机构的设臵模式有所不同，如单设公路局则一般不在厅内设公路处。考虑到专业管理机构主要按
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“专业”划分，则厅内设机构可实行跨“专业”的综合性设臵。 (三) 远期结构模式的优化方向
远期而言，伴随着各级政府事权关系的不断清晰，精简行政层级以及省直管县的体制改革不断推进，地方交通运输行政管理的职能范围将会有新的变化，可以预见的是：①大规模交通基础设施建设任务基本完成后，省级事权的重心主要在国省道（含高速公路）和地方航道的管养；②交通运输行政管理的执行事权将进一步下放至市、县级，省级主要体现为决策和督导；③行业管理主要依赖法治。随着国家“相对集中行政处罚权”和“相对集中行政许可权”的综合执法体制改革进一步推进，行业行政执法的组织模式也将越来越集中化。
这种趋势下，省级交通运输主管部门所属专业管理机构的数量将因行政集中和层级精简而大大减少，大部分专业管理职能将向厅机关集中。需要独立设臵的专业管理机构可能仅有综合执法机构、综合行政许可机构、国省道（含高速公路）和地方航道的养管机构等。
届时受省直管县的体制影响，市、县的层级差别越来越模糊。由于市、县级将承担越来越多的具体执行性事务，其专业管理机构的发展与省级形成较大反差，可能形成综合执法机构、综合行政许可机构、公路管理机构（国省道以外的其他公路）、港航管理机构、机场管理机构、运输管理机构为主的基本构架。
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