11月14日—16日，石河子大学代表队获2008年新疆维吾尔自治区大中学生武术比赛8个第一名，20个第二名，10个第三名，优秀教练员、优秀运动员各一名的优异成绩，并获得体育道德风尚奖。
11月16日，校党委书记周生贵参加江南大学建校50周年暨办学106周年庆典，考察了江南大学、苏州大学、南京师范大学、南京农业大学、上海海洋大学，对“211”工程三期建设、重点学科建设、中层干部考核、学校资产管理与房屋管理、教师分类及津贴制度改革、国际合作办学、师范教育等方面进行全面了解。
11月17日—18日，原政协江苏省副主席、《实践是检验真理的唯一标准》主要作者胡福明先生应邀来石河子大学做题为“真理标准讨论与改革开放”的专题讲座。
11月20日至21日，副校长李鸣率队参加在乌鲁木齐召开的由新疆社会科学院主办、新疆国际经济文化发展中心协办的“中亚地缘政治新形势与上海合作组织”国际学术研讨会。
11月22日至27日，中国高等学校自然科学学报研究会第12次年会暨中国高校第二届精品?优秀?特色科技期刊奖颁奖大会在武夷山市举行，《石河子大学学报（自然科学版）》蝉联中国高校特色科技期刊奖，并首次跻身高校科技期刊先进集体行列。
11月26-29日，以副校长刘东燕为组长、教务处处长王维新为副组长的专家组一行26人，对全校 42个实验室（中心）进行了实地检查。
12月1日至2日，我国著名音乐学家、原中国世界音乐学会副会长杜亚雄教授来石河子大学讲学。
12月5日，自治区志愿者协会三届二次理事会在乌鲁木齐召开,石河子大学8名2008年北京奥运会志愿者受到大会表彰，其中外国语学院教师陈伟荣获奥运进步奖，李业飞同学获得奥运友爱奖，阿丽娅?阿力木江、 周芳朗、张超、马荣4名同学获得奥运互助奖，胡玉芬、周文强获得奥运奉献奖。
同日，石河子大学影像《我们是一家人》在全国高校公寓文化建设成果展示会上获一等奖。
12月13日，由石河子大学、新疆天业节水灌溉股份有限公司、新疆农垦科学院联合申报的“现代节水灌溉兵团重点实验室”顺利通过专家论证。
12月16日，电影《孟二冬》开机仪式在石河子大学开机。
12月18日，石河子大学省部共建新疆特种植物药资源教育部重点实验室通过验收。
12月24日，自治区教育厅表彰2008年全区教育统计先进单位和先进个人。石河子大学列入先进单位行列，王晓明为先进个人。
是年，石河子大学荣获首届“创业杯”兵团大学生创业计划大赛一等奖1项，二等奖4项，三等奖4项，囊括了比赛一、二等奖，童军茂、刘洪、宗全利、廖和荣、王虎挺、刘志勇、代斌、李泽龙 8名老师被评为优秀指导老师。 其中，食品学院刘春风等同学的《新疆天泽鲜生物技术有限公司》创业计划书荣获一等奖；经济贸易学院张玉福等同学的《古丝路和田旅游开发有限公司》、水利建筑工程学院郭沂林等同学的《新型节水器材（过滤器，沉沙池）》、动物科技学院梁杜等同学的《胡桃冠鸡开发有限责任公司》、机械电气工程学院吴升东等同学的《西域?楼兰餐饮文化传播有限公司》等4件作品荣获二等奖；化学化工学院周剑等同学的《新家园有限责任公司》、化学化工学院于湘等同学的《新疆益丰天然产物有限责任公司》、科技学院鲁璐等同学的《艺术创想DIY手工制作》等3件作品荣获三等奖 是年，石河子大学教师李开雄、张旺锋、李炳奇获得宝钢教育基金优秀教师奖，石大医学院临床医学系崔淯夏获得优秀学生特等奖，动物科技学院动物科学专业王俊文等8名学生获得宝钢教育基金优秀学生奖。这是石大首次获得宝钢教育基金。
是年，石河子大学被列入国家“211工程”重点建设高校行列。
2007年大事记
1月10日—12日，周生贵书记带领校党委组织部部长陈伯圣、党办校办主任郑旭荣、文学艺术学院院长李赋等一行6人赴曲阜师范大学着重考察其音乐学院、美术学院、文学院在学科建设、办学条件、文科实验室建设、师资队伍建设、人才培养等方面的发展情况，就两校长期合作事宜签订了协议；初步落实了曲阜师范大学为我校文学艺术学院推荐共同系主任和学科副院长工作；与曲阜师范大学组织部、党校办领导就组织人事和校院两级管理等工作进行了交流。
1月30日，共青团中央书记处书记尔肯江?吐拉洪一行来石河子大学慰问寒假留校的贫困学生。
1月，学校决定：石河子大学的在读博士研究生中实施科研助理岗位津贴制度，每月600元。鼓励博士研究生参加科研活动，提高博士生的科学研究能力和科技创新能力。
2月18日，兵团司令员华士飞、兵团党委常委、农八师、石河子党委书记宋志国等领导在副校长吴新平陪同下慰问石河子大学曹连莆、郑国瑛、彭心宇等专家教授。
3月3日，石河子大学师范生赴阿勒泰地区实习支教大动员暨欢送大会召开。师范学院291名学生，6名指导教师于3月5日赴阿勒泰地区5县1市实行为期一学期的实习支教工作。自治区、兵团有关领导，区教育厅、兵团教育局领导、石河子大学、新疆大学、新疆师范大学等高等院校领导参加了会议。 3月3日，自治区兵团实习支教座谈工作会议在石河子大学召开。
3月9日，学校首次举行特聘“长江学者”教授签约仪式，聘任中国农业科学院植物营养与肥料学科一级岗位杰出人才，农业部植物营养与养分循环重点开放实验室副主任、长江学者梁永超为我校特聘教授、省部共建绿洲生态农业重点实验室主任。石河子大学 校长向本春为梁永超教授颁发聘书。
3月14日，石河子大学农机66届校友、澳大利亚GREENX国际能源投资股份有限公司中国区主席李野先生返校为师生们作题为“一个校友的心路历程”的报告，并受聘石河子大学名誉教授和石河子大学校友会驻澳大利亚校友联络处主任。校长向本春向李野先生颁发聘书。
3月19日，受中宣部、文化部委托，中央歌剧院代表团来兵团（石河子市）慰问演出在石河子大学会堂举行。 3月20日，石河子大学启动“本科教学质量与教学改革工程实施方案”暨“开展学院本科教学评估”动员大会召开。副校长陈创夫主持会议并传达了《教育部、财政部关于实施高等学校本科教学质量与教学改革工程的意见》、《教育部关于进一步深化本科教学改革全面提高教学质量的若干意见》和教育部部长周济在启动“质量工程”视频会议上的讲话精神。 教务处处长王维新就《石河子大学本科教学质量与教学改革实施方案》的指导思想、建设目标、主要内容和任务等作了进一步的阐述并对各院的具体工作做了安排。校党委书记周生贵作了总结讲话。4月2日，学院本科教学评估开始。农学院首先接受评估。
3月20日，石河子大学学生宿舍开通校园网。
3月1日与4月1日，《中国连环画报》第3期、4期首篇连载由新疆生产建设兵团教育局、北京大学、石河子大学合作宣传，由兵团美术家协会副主席、石河子大学文联主席、画家，扬州大学兼职教授刘玉社先生创作的《为人师表品德高尚》—孟二冬教授先进事迹水墨连环画出版发行。4月14至16日，《为人师表品德高尚》—孟二冬教授先进事迹水墨连环画在北京大学百年大讲堂展出,22日，在石河子大学大会堂举办了画展。
3月，学校决定：将国资与后勤处同后勤集团重组改为：资产管理处和后勤管理处。这标志着石河子大学自2001年以来，国有资产管理、后勤管理体制改革走上新阶段。
4月1日，第四届新疆维吾尔自治区跆拳道比赛在昌吉举行。石河子大学代表队获得8枚金牌，10枚银牌，1枚铜牌，团体总分168分，位于第一。
4月6日，新疆维吾尔自治区毕业生就业管理办公室首次向媒体公布了全疆各非师范类高校2006年毕业生就业情况，在本科院校中，石河子大学就业率非师范类专业年就业率为93.15%，非师范类专业就业学生中灵活就业率为18.46%，排列第一位。
4月12日，吴新平副校长率科技处、对口支援办公室、化学化工学院、水利建筑工程学院等有关人员一行十人赴天津大学访问。双方就落实两校2006年会议纪要，深入开展科技合作，加强院系合作，选派博士服务团来石河子大学支教，开展远程教育等事宜进行了洽谈。
4月15日，石河子大学代表队参加由新疆教育厅组织的“2007年自治区大学生、中学生健美操、健康街舞比赛”，全疆15所大中专院校及中学的150余名选手参加了比赛。 石河子大学代表队获得健康活力健身操一等奖，健康街舞一等奖，健身健美操二等奖，竞技健美操4个亚军，1个季军。
4月7日～8日，教育部本科教学工作水平评估专家组19位专家和教育部高等教育教学评估中心主任刘凤泰对华中科技大学进行本科教学评估。校党委书记周生贵作为评估专家之一参加了评估。
4月22日-25日，澳大利亚联邦科学与工业研究组织植物研究所研究员周雪荣博士来石河子大学生命科学学院进行学术交流和讲学。
4月28日，首届新疆维吾尔自治区大学生职业技能（导游）大赛在新疆财经大学隆重开幕，全疆13所院校的39余名选手参加了比赛。石河子大学王婷婷和马丽获得第一名和第二名，各获金奖一枚。夏迪曼以热情洋溢的维族舞蹈赢得才艺展示项目最高分的好成绩并获得优秀奖，石河子大学获得优秀组织奖。
4月，信息科学与技术学院2003级毕业生学生葛汝军、薛锋等同学自主创业开办“思科网络技术学院”。
4月，成人教育学院全国计算机等级考试(NCRE)经新疆维吾尔自治区自学考试办考核，认定为新疆维吾尔自治区考点。包括石河子在内的全疆地州仅此一考点为省级考点。
5月12日至13日，“用友杯”全国财经类院校大学生ERP沙盘对抗赛在上海财经大学举行，全国28所院校的代表队参加了比赛，石河子大学参赛队荣获冠军。“用友杯”被誉为培养现代企业高层经营管理人才综合素质的最佳手段。 5月15日，水利建筑工程学院举办建筑设计画展。本次画展的作品全部由水利建筑工程学院土木工程专业2003、2004级及文学艺术学院2004学生提供，作品来源于《建筑美术》、《建筑效果图制作》、《环境艺术设计》课程。 5月22日，新西兰外交部长温斯顿?彼得斯、新西兰驻华大使包逸之等一行8人访问团来石河子大学访问。陪同来校的还有中国外交部、自治区教育厅、自治区外办的随行人员。新疆是部长访问团访问的一个重要地区，石河子大学是其访问的第一站。校党委书记周生贵，校长向本春，副校长陈创夫、吴新平以及相关学院、部门负责人与客人举行了座谈会。校长向本春主持会议，党委书记周生贵致欢迎辞。生命科学院院长高剑峰教授向温斯顿?彼得斯部长详细介绍了石河子大学与新西兰梅西大学的科研合作情况。温斯顿?彼得斯部长及新西兰梅西大学朱昌平教授均作了讲话。2005年10月和2006年10月，新西兰梅西大学先后与北京大学、石河子大学，石河子大学等签定了有关分子遗传与绵羊育种、免疫遗传与抗病育种等领域及建立石河子大学绵羊育种研究中心及绵羊育种基地的科学合作协议。座谈会上温斯顿?彼得斯部长表示这样的合作有利于两国科技、文化、教育交流，新西兰政府非常支持，希望合作成果能够惠及各方，甚至为全人类的发展做出贡献。新西兰梅西大学朱昌平教授在座谈会上希望通过双方的合作建立石河子大学绵羊育种研究中心及绵羊育种基地，并建成世界一流的绵羊研究中心。座谈会后，温斯顿?彼得斯部长在会堂报告厅作了题为《教育合作是友谊之基》的简短演讲，受到石河子大学师生的热情欢迎。
5月24日，兵团司令员华士飞来石河子大学考察曹连莆教授研究小黑麦进展情况，新疆小麦育种专家、教授、全国教学名师曹连莆就小黑麦育种研究作了汇报。兵团党委常委、农八师石河子市党委书记、政委宋志国，农八师师长、石河子市市长余继志，校党委书记周生贵，副校长吴新平，兵团科委主任黄斌陪同考察。
4月至5月，国家财政部、兵团财务局委托北京新联谊会计师事务所、乌鲁木齐市新新华通有限责任会计师事务所对石河子大学财务情况进行全面审计。
6月3日，石河子大学12名首届护理学硕士研究生学位论文答辩结束，顺利毕业。自治区、兵团护理界人士参加了答辩会。这也是新疆首届护理学硕士研究生答辩会，结束了新疆护理界无高学历教育的历史。
6月14日，自治区党委副书记、兵团党委书记、政委聂卫国来石河子大学为师生做《新疆生产建设兵团的改革与发展》的形势报告。
6月30日，石河子大学决定：以4500万元收购已经破产的“石河子阳光双语学校”固定资产及土地使用权。7月10日至7月13日，学校组成以郁兴德副校长为组长的、由校长办公室、基建处、后勤处、计财处等单位的资产接收小组接收了全部资产。
6月，石河子大学学报（自然科学版）被列入“中国科技核心期刊”名录。 7月2日，新疆地方与民族高发病省部共建教育部重点实验室通过教育部验收。
7月3日，商务部经济合作局局长李荣民、商务部财务司处长刘少春、兵团商务局副局长王多生一行来石河子大学调研指导援外培训工作。李荣民局长对2006年石河子大学举办上海合作组织成员农业技术培训情况给予肯定，并作重要指示。
7月21日至7月25日，石河子大学主要领导、各学院、机关各部门单位云集新疆博乐温泉县召开提高教学质量会议。 7月25日，石河子大学首届留学生15名巴基斯坦共和国学生毕业。
7月31日，教育部2006－2010年教育部高等学校化学与化工学科教学指导委员会第二次会议在在石河子大学逸夫实验楼化学化工学院会议室举行，校长向本春致词欢迎。 教学指导委员会主任、吉林大学校长周其凤院士主持了教学指导委员会第二次会议。厦门大学教授郑兰荪院士就我国高校化学和应用化学专业的教学状况做了专题报告。天津大学王静康院士就“我国高校理工科本科指导性专业规范研制要求” 做了专题报告。周其凤院士就本科生实习问题等做总结性
发言。
7月28日，诺贝尔奖获得者以色列科学家阿龙?西查诺瓦教授、医学博士一行来石河子大学参观访问，校长向本春教授会见了阿龙?西查诺瓦教授。阿龙?西查诺瓦教授在石河子大学会堂学术报告厅作了题为“细胞内蛋白质降解：从人类疾病的发病机制到药物的研发”的学术讲座。全校400名师生聆听。
7月，国家哲学社会科学办公室消息：石河子大学申报的120余项国家哲学社会科学基金项目入围17项，获准立项8项，入围项目数和获准立项数在新疆高校中均名列第一。
8月8日，由教育部高等教育司主办、石河子大学协办的教育部高等学校农林、医药学科（专业）教学指导委员会工作会议在石河子大学会堂学术交流厅举行。
同日，北京大学对口支援石河子大学2007年工作例会在石河子大学举行。北京大学赠与石河子大学MBA实验室计算机，北京大学党委书记闵维方与石河子大学党委书记周生贵共同为石河子大学MBA实验室揭牌。北京大学与石河子大学签定了学院院际合作交流协议。
8月9日，兵团党委决定：任命郑旭荣同志为石河子大学党委常委、副校长。此前已同意吴越同志辞去石河子大学副校长职务。
8月10日至11日，教育部省部共建地方高校工作会议先后在新疆大学和石河子大学举行。教育部副部长吴启迪、自治区党委副书记努尔?白克力、兵团副司令员阿勒布斯拜?拉合木参加了开幕式并作了重要讲话。郑州大学、云南大学、宁夏大学、石河子大学、山西省教育厅以及新疆维吾尔自治区教育厅做典型发言。教育部高教司高文兵指出：省部共建高校要从战略的高度认识省部共建工作；要坚持地区特色化战略，闯出共建品牌；要抓住契机，促进共建高校又好又快发展。
8月10日至13日，第13届全国农业生态学研讨会在石河子大学召开。
8月14日，美联社电视记者黄维波、章卫群和美国专题报道公司记者Sam beattie在中国记协国际综合处处长李秉新的陪同下来石河子大学采访，校党委副书记何慧星介绍了学校基本情况并陪同国外记者参观了校园和校史馆。这是他们8月12日至18日兵团行活动之一。
8月15日，第三届国内亚洲研究中心主任联席会议在石河子大学召开，来自北京大学、清华大学、复旦大学、中国人民大学、南开大学、北京外国语大学、中国传媒大学、浙江大学、延边大学等高校的国内9个亚洲研究中心代表及韩国高等教育财团总长Kim，Jae-youl参加了会议。北京大学党委副书记吴志攀致开幕词。校党委书记周生贵在开幕式上致辞并就石河子大学中亚研究方面的情况做了介绍，希望同与会单位加强合作。
8月16日，国家人事部、全国博士后管委会以国人部发110号文件“关于批准新设浙江大学哲学等405个博士后科研流动站的通知”批准石河子大学设立作物学、农林经济管理博士后科研流动站。这是石河子大学首次设立博士后科研流动站。
9月5日，石河子大学生命科学学院教授马淼获全国首届青年教师师德演讲比赛三等奖。 9 月9日，石河子大学教授剡根强获全国模范教师称号。
9月7日至8日，日本大学访问学者研究室揭牌仪式在西域民族文化研究院举行。北京大学副校长张国有、日本大学青木一能教授、校长向本春、副校长杨磊参加了揭牌仪式；“日本大学——北京大学——石河子大学联合学术研讨会”以“丝绸之路与中亚文明”为主题在石河子大学举行。三校专家学者以“丝绸之路与中亚国际关系研究”、“ 丝绸之路与中亚各国的历史文化交流”为主题进行了学术研讨。
9月7日至8日，清华大学博士生导师杨永林教授访问石河子大学，为石河子大学学生举办“体验英语学习 感受快乐写作”的讲座，、对外语学院教师进行写作课件等方面教学方法的培训。
9月，石河子大学动科学院教师刘文晓获得“全国高校优秀辅导员”。
9月10日，北京大学中文系博士生导师、北大支援石大教师孟二冬雕像在石河子大学文学艺术学院前落成。 9月9日至9月12日，著名经济学家、北京大学博士生导师、北大社科部主任、北大光华管理学院名誉院长、石河子大学博士生导师厉以宁教授来新疆考察并在石河子大学讲学。11日至12日，分别在校本部和商学院（五家渠）《当前宏观经济形势与军垦经济发展》、《新世纪对管理人才的要求》的专题讲座。9日，中共中央政治局委员、新疆维吾尔
自治区党委书记王乐泉接见了厉以宁教授等。
9月14日，中宣部、教育部、团中央联合主办了“励志青春——全国大学生先进事迹报告会”在石河子大学进行。报告成员清华大学学生谷振丰、武汉大学学生黄来女、南京航空航天大学学生胡铃心、河南中医学院学生白云苹、石河子大学学生李维义、北京大学学生高明等先后作了精彩感人的事迹报告。石河子大学千名学生聆听了报告。教育部副部长李卫红出席报告会并讲话，兵团副政委翟小衡到会致辞。
9月14日，授权石河子大学举办的英国国家高等教育文凭(SQA HND)教育项目（以下简称SQA HND项目）正式启动。该项目在石河子大学开设商务管理、国际金融、国际经济与贸易及计算机网络互联技术四个专业。首届14名学生注册报到。
9月17日，石河子大学参加新疆维吾尔自治区学位委员会评估的11个硕士学位点结果公布：3个优秀、5个良好、3个合格。
10月1日至5日，教育部、全国大学生体育协会组织的“第三届全国大学生跆拳道比赛”在华北电力大学举行。石河子大学取得了团体总分第二名、男子品势团体比赛二等奖。学生王超君、青格里、张朝明分别获得女子55公斤级、男子62公斤级、男子84公斤级以上级别三个项目金牌，斯拉木江获得男子84公斤级比赛银牌，郭继峰获得“优秀运动员”称号。
10月10日，新疆生产建设兵团“三大基地”建设座谈会在石河子大学举行。兵团农业副局长刘景德一行参加了座谈会。“三大基地”是国务院总理温家宝在2007年8月视察新疆时提出的。温家宝总理指出：“要发挥兵团集约化生产的优势，抓好优质棉花基地和粮食基地建设，要努力构建成全国节水灌溉示范基地、农业机械化基地和现代农业生产基地”。 10月15日至19日，国际计算物理、量子化学和分子生物学交叉学科研讨会暨中日交叉学科研讨会在石河子大学召开。 10月19日，学校召开全体教职工会议，围绕“推进教学质量工程，提升人才培养质量”主题，传达教育部《关于实施高等学校本科教学质量与教学改革工程的意见》和《关于进一步深化本科教学改革全面提高教学质量的若干意见》文件的重要精神，通报全校17个教学学院本科教学质量自评结果，肯定所取得的成绩，指出存在的问题，并从教师职能定位、当代高等教育教学观念与教学功能，形成新的教学理念，转化成新的教学规范等方面阐述如何全面推进教育教学改革，提高教育教学质量。
10月25日至27日，吴新平副校长应邀赴韩国参加了中韩两国教育部主办的首届中韩大学校长论坛，并做了会议发言。 参会的中韩43 所高校共同签署了体现彼此合作与交流的“首尔宣言”。与韩国江原大学、水原大学、全州大学、梨花女子大学、新罗大学等高校进行了交流，并就推动学生交流等多方面的合作达成了意向，代表石河子大学与韩国全北大学签订了校际合作协议。
11月6日，新疆生产建设兵团大学生思想政治教育评估专家组亲临石河子对石河子大学生思想政治教育工作进行全面评估。指出：石河子大学“大学思想政治教育工作”具备六大优点。
11月10日，中央十七大精神宣讲团赴兵团作学习中共十七大精神辅导报告。石河子大学师生代表100多人收看报告会现场直播。下午，中央十七大精神宣讲团成员、教育部党组书记、副部长袁贵仁一行莅临石河子大学，就学习中共十七大精神与部分师生进行座谈。听取校党委书记周生贵就师资队伍建设、大学生思想政治教育、对外交流与合作等7个方面的汇报，听取北大校长助理、援疆干部、石河子大学副校长于鸿君就对口支援工作取得的成绩汇报。在石河子大学毕业生就业、留疆比例，科研实力发挥、师资队伍建设成就等三方面充分肯定了所取得的成绩。 11月14日，石河子大学首届博士研究生——作物学与耕作学论文答辩顺利通过。
11月19日，石河子大学获第十届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛二等奖一项，《夹式自锁式棉花精量播轮》；三等奖三项，《6F—300型番茄籽皮分离机》、《兵团城镇商业地产融资研究》、《以棉籽壳为原料生物法制备功能性低聚木糖》。学校获高校组织奖。
11月，石河子大学师生员工认真学习中共“十七大”精神。期间，以兵团教育局副局长王洪元为代表的兵团“十七大”精神宣讲团来石河子大学宣讲。王洪元希望石河子大学把学习贯彻十七大精神与胡锦涛总书记、温家宝总理视察兵团的重要讲话精神相结合，将学习成果转化为工作动力，推动兵团和石河子大学的教育事业蓬勃发展。由校党委宣传部、党校、组织部联合举办了“学习贯彻十七大精神，办人民满意的教育”为主题的处级干部培训。培训班上，校党委书记周生贵强调：石河子大学要充分发挥高校职能，服务兵团和地方经济发展。
12月7日，兵团农二师新闻中心党组书记、主任兼《绿原报》总编王安润一行访问石河子大学。被石河子大学文学艺