27.(Runella) 28.(Spirosoma)
29.生孢噬胞菌属(Sporocytophaga)
4. 腐螺旋菌科(Saprospiraceae)
1. (Aureispira)
2. (Haliscomenobacter) 3. (Lewinella)
4. 腐螺旋菌属(Saprospira)
5. 鞘脂杆菌科(Sphingobacteriaceae)
1. (Mucilaginibacter) 2. (Olivibacter) 3. (Parapedobacter) 4. (Pedobacter)
5. (Pseudosphingobacterium) 6. 鞘脂杆菌属(Sphingobacterium)
6. 科未定
1. (Niabella)
[编辑] 纲未定
1. (Flavisolibacter) 2. (Fulvivirga) 3. (Prolixibacter) 4. (Segetibacter)
[编辑] 衣原体门(Chlamydiae)
[编辑] 衣原体纲(Chlamydiae)
1. 衣原体目(Chlamydiales)
1. 衣原体科(Chlamydiaceae)
1. 衣原体属(Chlamydia) 2. 嗜衣体属(Chlamydophila)
2. 副衣原体属(Parachlamydiaceae)
1. 新衣原体属(Neochlamydia) 2. 副衣原体属(Parachlamydia)
3. 芯卡体科(Simkaniaceae)
1. 芯卡体属(Simkania) （注：人名缩写简称，此处用音译） 2. 棍衣原体属(Rhabdochlamydia)*
4. 华诊体科(Waddliaceae)
1. 华诊体属(Waddlia) （注：WADDL为“华盛顿动物病诊断实验室”缩写）
[编辑] 绿菌门(Chlorobi)
[编辑] 绿菌纲(Chlorobia)
1. 绿菌目(Chlorobiales)
1. 绿菌科(Chlorobiaceae)
1. 臂绿菌属(Ancalochloris) 2. 绿棒菌属(Chlorobaculum) 3. 绿菌属(Chlorobium)
4. 绿爬菌属(Chloroherpeton) 5. 暗网菌属(Pelodictyon)
6. 突柄绿菌属(Prosthecochloris)
[编辑] 绿弯菌门(Chloroflexi)
[编辑] 厌氧绳菌纲(Anaerolineae)
1. 厌氧绳菌目(Anaerolineales)
1. 厌氧绳菌科(Anaerolineaceae)
1. 厌氧绳菌属(Anaerolinea) 2. (Bellilinea)
3. 纤绳菌属(Leptolinea) 4. (Levilinea)
5. 长绳菌属(Longilinea)
[编辑] 暖绳菌纲(Caldilineae)
1. 暖绳菌目(Caldilineales)
1. 暖绳菌科(Caldilineaceae)
1. 暖绳菌属(Caldilinea)
[编辑] 绿弯菌纲(Chloroflexi)
1. 绿弯菌目(Chloroflexales)
1. 绿弯菌科(Chloroflexaceae)
1. 绿弯菌属(Chloroflexus) 2. 绿线菌属(Chloronema) 3. 太阳发菌属(Heliothrix) 4. 玫瑰弯菌属(Roseiflexus)
2. 颤绿菌科(Oscillochloridaceae)
1. 颤绿菌属(Oscillochloris)
2. 爬管菌目(Herpetosiphonales)
1. 爬管菌科(Herpetosiphonaceae)
1. 爬管菌属(Herpetosiphon)
[编辑] 产金菌门(Chrysiogenetes)
[编辑] 产金菌纲(Chrysiogenetes)
1. 产金菌目(Chrysiogenales)
1. 产金菌科(Chrysiogenaceae)
1. 产金菌属(Chrysiogenes)
[编辑] 蓝藻门(Cyanobacteria)
[编辑] 蓝藻纲(Cyanobacteria)
注：目前有三套蓝藻分类系统，分别为NCBI、Bergey's手册及Cavalier-Smith（2002年，仅分至目)。
本文采用的Bergey's手册中蓝藻内的分类，不论目科属，均为形态分类，其中目在手册中为“Subsection”而非“Order”，目、科均未列名称，此处目名称为习惯用法，科不列名称；属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加注\。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其它细菌统一为系统发育分类系统。 此外，因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物，包括多支互不相关的原生生物甚至高等水生植物，此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”，但应注意避免与其余细菌重名。
1. 第一目（色球藻目(Chroococcales)）@
1. 第一科@
1. 管孢藻属(Chamaesiphon)@ 2. 色球藻属(Chroococcus)@ 3. (Cyanobacterium)@ 4. (Cyanobium)@ 5. (Cyanothece)@
6. 蓝纤维藻属(Dactylococcopsis)@ 7. (Gloeobacter)@
8. 黏球藻属(Gloeocapsa)@ 9. 黏杆藻属(Gloeothece)@ 10.微囊藻属(Microcystis)@
11.原绿球藻属(Prochlorococcus)@ 12.原绿藻属(Prochloron)@ 13.聚球藻属(Synechococcus)@ 14.集胞藻属(Synechocystis)@
2. 第二目（宽球藻目(Pleurocapsales)）@
1. 第一科@
1. (Cyanocystis)@ 2. (Dermocarpella)@ 3. (Stanieria)@
4. 异球藻属(Xenococcus)@
2. 第二科@
1. 拟色球藻属(Chroococcidiopsis)@ 2. 黏囊藻属(Myxosarcina)@ 3. 宽球藻属(Pleurocapsa)@
3. 第三目（颤藻目(Oscillatoriales)）@
1. 第一科@
1. 节螺藻属(Arthrospira)@ （包含商业化螺旋藻） 2. (Borzia)@ 3. (Crinalium)@ 4. (Geitlerinema)@
5. 盐螺旋藻属(Halospirulina) 6. (Leptolyngbya)@ 7. (Limnothrix)@
8. 鞘丝藻属(Lyngbya)@ 9. 微鞘藻属(Microcoleus)@ 10.颤藻属(Oscillatoria)@ 11.(Planktothrix)@
12.原绿发藻属(Prochlorothrix)@ 13.(Pseudanabaena)@ 14.螺旋藻属(Spirulina)@ 15.(Starria)@
16.束藻属(Symploca)@
17.束毛藻属(Trichodesmium) 18.(Tychonema)@
4. 第四目（念珠藻目(Nostocales)）@
1. 第一科@
1. 鱼腥藻属(Anabaena)@ 2. 项圈藻属(Anabaenopsis)@ 3. 束丝藻属(Aphanizomenon)@ 4. (Cyanospira)@
5. (Cylindrospermopsis)@
6. 筒孢藻属(Cylindrospermum)@ 7. 节球藻属(Nodularia)@ 8. 念珠藻属(Nostoc)@ 9. 伪枝藻属(Scytonema)@
2. 第二科@
1. 眉藻属(Calothrix)@ 2. 胶须藻属(Rivularia)@ 3. 单歧藻属(Tolypothrix)@
5. 第五目（真枝藻目(Stigonematales)）@
1. 第一科@
1. (Chlorogloeopsis)@ 2. 费氏藻属(Fischerella)@ 3. (Geitleria)@ 4. (Iyengariella)@
5. 拟念珠藻属(Nostochopsis)@ 6. 真枝藻属(Stigonema)@
[编辑] 脱铁杆菌门(Deferribacteres)
[编辑] 脱铁杆菌纲(Deferribacteres)
1. 脱铁杆菌目(Deferribacterales)
1. 脱铁杆菌科(Deferribacteraceae)
1. 脱铁杆菌属(Deferribacter) 2. (Denitrovibrio) 3. (Flexistipes)
4. 地弧菌属(Geovibrio) 5. (Mucispirillum)
2. 科未定
1. 暖发菌属(Caldithrix) 2. (Synergistes)
[编辑] 异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)
[编辑] 异常球菌纲(Deinococci)
1. 异常球菌目(Deinococcales)
1. 异常球菌科(Deinococcaceae)
1. 异常杆菌属(Deinobacter) 2. 异常球菌属(Deinococcus)
2. 特吕珀菌科(Trueperaceae)