菌落PCR，通过PCR手段来迅速筛选阳性克隆子。使用灭菌的牙签将菌落直接挑到反应混合液中，通过PCR预变性步骤的高温使细菌的基因组释放作为PCR反应的模板。菌落PCR中使用的引物定位在插入位点外侧的载体区，因此尽管插入的序列各不相同，也不影响扩增反应的进行。
26、RACE-PCR（rapid amplification of cDNA ends）：
一种RT-PCR方法，当对DNA序列信息了解较少时，使用单个特异性引物加一个接头引物来扩增cDNA的5'端（对应转录的起始位点）或3'端从而产生新的cDNA，重叠的RACE产物可结合起来产生全长的cDNA片段。
27、DD-PCR (differential display)：
差异显示技术，用来鉴定不同组织中差异表达的基因。将不同组织的RT-PCR产物用短的、非特异性引物进行扩增，然后在凝胶上比对来源于不同组织的条带，只在某种组织中才出现的条带被认为是差异表达的。
28、AFLP（Amplified fragment length polymorphism）：
扩增片段长度多态性，通过扩增使不同生物基因组呈现不同长度的片段。
29、AP-PCR (arbitrary primed)/RAPD (random amplified polymorphic DNA)： 随机扩增多态性DNA，使用随机寡核苷酸片段来扩增序列未知的靶基因，形成基因组指纹图谱，用来分析物种的相关性。
30、Variable Number of Tandem Repeats (VNTR) PCR：
可变数目串联重复序列PCR，使引物定位在具有长度多态性的靶基因区，通过在凝胶电泳后对产物的大小进行分析来研究基因分型。
31、Inverse PCR：
反向PCR，允许扩增已知序列侧翼的DNA区。首先将靶DNA用限制性内切酶进行多轮消化，然后连接被消化的片段构建环状的分子，引物设计成可从序列已知的区域向外侧延伸，结果扩增出环状分子上剩余的序列。
32、Real-Time PCR：
实时PCR，由于通常的PCR在几十个循环后都会进入平台期，产物的量与初始模板量不在成正比，因此只能用来定性。而实时PCR通过使用荧光染料，例如SYBR Green或荧光标记探针，例如TaqMan可用来检测随着扩增的进行，产物量的变化而进行定量。
33、原位PCR
原位杂交细胞定位和PCR的高灵敏度相结合的技术，使得靶基因检测有了极大的改进。此技术是在细胞（爬片、甩片或涂片）或组织（石蜡、冰冻切片）上直接对靶基因片段进行扩增，通过掺入标记基团直接显色或结合原位杂交进行检测的方法。
34、PCR-SSCP
1989年日本Orita等创建的筛查突变的新技术。它是一种简单、快速、经济的点突变筛查手段。PCR-SSCP技术的基本原理是PCR扩增后的DNA片段经变性成单链DNA，单链DNA在中性聚丙烯酰胺凝胶中电泳时形成不同的立体构象，其构象直接影响泳动速率，相同长度的 DNA单链其核苷酸顺序仅有单个碱基的差别，就可以产生立体构象的不同，造成泳动速率的不同，产生不同的泳动带。
PCR扩增后的DNA片段经变性成单链后在不含有变性剂的中性胶中电泳，与正常比较出现泳动带的变位即可推测存在碱基置换。其碱基置换的性质必须经过DNA测序才能确定。因此PCR-SSCP检测是测序之前突变筛查的常用手段。为了便于观察分析结果，PCR扩增体系中常加入a-32P dNTP标记PCR产物，电泳后放射自显影观察泳动带的位置。目前也常用银染法来染色聚丙烯酰胺凝胶上的DNA泳动带，此方法可避免同位素的污染及对操作者的辐射损伤，但其灵敏度不如用同位素标记。单链DNA片段的立体构象主要与碱基序列相关，但也受到其他条件的影响。因此，PCR-SSCP技术的关键在于电泳时的诸多条件，如凝胶的组成、电泳的温度、离子浓度以及影响分子内相互作用的其他溶质等。PCR-SSCP的缺点是存在假阴性和假阳性，一般对长度不超过300bp的待测片段的检出率为70~80%。