(1) 要注意到 “补偿主客体”、“补偿多少”、“怎样补偿”和“补偿的成效”这四个问题[7]。(2)在确立一种湿地补偿机制之前，要有相应的经济学、生态学、管理学、水资源学等学科知识，从而全面的认识和理解生态系统结构-过程-服务的相互关系，为生态补偿提供科学基础。(3) 主要补偿的融资和支付问题，可通过湿地替代费补偿机制、政府补贴、其他非政府组织的捐助来筹集项目启动经费，但如果可以形成一个市场化的交易模式，市场化的途径应成为一种有效的生态补偿手段。(4) 做好周围居民的退耕安抚工作，如在三峡水库生态工程建设中，对愿意退耕的农民进行调查，其退耕后所希望得到的受偿形式，结果显示：36.7%的人选择了现金扶持，45.3%的人希望被招工获得稳定工作，14.6%的人希望参加职业技能培训，3.4%的人希望政府提供柑橘种植、农家乐等方面的创业优惠政策[24]，由此可知，可以从多个方面对周边居民进行退耕补偿，不仅激励周围的人主动参与到湿地保护行动中来，也解决了在迁移居民过程中浪费大量的人力和物力的问题[25]。(5) 要注意湿地生态补偿的内涵与外延界定清楚、扩大补偿范围、补偿标准合理不宜过低、补偿渠道丰富化[5]。(6) 生态环境补偿费的征收标准，要充分考虑到我国的具体国情，既要能够起到为保护和改善生态环境积累一定资金的作用，又不能影响国民经济发展和人民生活水平[26]。
目前，生态补偿框架理论性过强，所以需要将理论与实践相结合起来，同时借助法律法规的约束和监督，在实施过程中对补偿行为进行规范，即：建立主客体责任协议制度、逐步扩大补偿面积、合理规划资金的使用，减少不必要的支出、树立新的经济理念，合理开发利用资源，保证经济与湿地保护工作协调发展[6]。
3.3.3湿地恢复后期的保护管理工作
首先是管护站建设及设备配置问题，在湿地恢复后期，管护站的基础建设应该得到完善，应具备全天候巡护的基本条件，维修和新修巡护路，建设湿地了望塔，增加湿地巡护车、望远镜、摄像器具等。这些设施设备的增加，可以提高巡护工作的能力，扩大了巡护半径，延续了巡护时间，保证巡护工作能够立体、快速、全天候进行。
其次是管护工作的多层并举，在管护执法上，可采取管护站依法行政具体主抓，执法大队严格监督堵漏洞,公安派出所依法立案处刑罚的依法行政办法。在管护责任方面，管护科与管护站签责任状，管护站给管护员划责任区层层落实责任制。管护机制可采取与周边市、县、场建立联防机制,可在流域内跨界执法。各级电话举报，书面举报，查实奖励的方式；联合执法、集中清理、多清网多奖励的方式,加强打击偷捕滥猎行为。多项管护措施并举，为湿地生境恢复的持续进行创造坚实的基础条件。
最后是野生动物物种和植被资源的恢复，在以上两点的顺利进行的基础上，时刻对野生动物进行检测，及时整理发现野生动物监测数据的变化。在湿地补偿进行到可以进行自我修复的程度时，应重点关注自然资源的恢复，即及时将区内农业开发时期遗留的护地沟渠进行平整，填堵堤坝防护损毁处，使区内水源处于正常流泻，春秋季水源充沛时，退耕地恢复到了沼泽状态，可使整个湿地保护区处于同一种生境状态。同时，清除人为活动对自然环境的干扰，为野生动植物资源的恢复创造了优良的生境。
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