个人所得税问题的通知》（财税〔2005〕35号）和《关于股票增值权所得和限制性股票所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税〔2009〕5号）的框架下已经解决了，即股权激励，员工应按工资薪金缴纳个人所得税。至于在集团间股权激励情况下，员工取得的不是自己公司的股票，而是股东的股票是否适用的问题，《国家税务总局关于股权激励有关个人所得税问题的通知》（国税函〔2009〕461号）第七条第一款已经规定：财税〔2005〕35号、国税函〔2006〕902号和财税〔2009〕5号以及本通知有关股权激励个人所得税政策，适用于上市公司（含所属分支机构）和上市公司控股企业的员工。至于控股层次的计算，国家税务总局2011年27号公告规定：企业由上市公司持股比例不低于30%的，其员工以股权激励方式持有上市公司股权的，可以按照《国家税务总局关于股权激励有关个人所得税问题的通知》（国税函[2009]461号）规定的计算方法，计算应扣缴的股权激励个人所得税，不再受上市公司控股企业层级限制。所以，第一个问题在现行个人所得税的框架下可以解决了。无非就是非上市公司股权激励，员工如何缴纳个人所得税的问题。这个在国税函[2009]461号被废止的情况下，只能在行权时一次性纳税。但建议总局考虑到纳税能力问题，最好能比照上市公司股权激励执行为好。但总体来看，第一个问题的税务处理基本是明确的。
第二个问题：究竟是哪个主体应该确认工资薪金支出在企业所得税税前扣除，是股东还是子公司？
明确了集团间股权激励模式下，实施股权激励计划的主体是在子公司，即员工因为取得股权激励，努力工作创造的收入是在子公司实现的。因此，从权责发生制和收入与成本配比的角度分析，集团间股权激励，税法上规定在员工实际工作的单位确认成本费用在税前扣除也是合理的。
第三个问题：子公司将股东的股票作为激励对价给自己的员工，但子公司却没有向股东支付任何对价，此时股东应该如何税务处理，子公司应该如何税务处理。
第三个问题是解决集团间股权激励税务处理的核心，也是最关键的地方。同时，第三个问题和第二个问题也是紧密相连的。要解决这个问题，我们应从股权激励的目的来分析交易的实质。这里，我们可以借鉴一下《财政部关于印发企业会计准则解释第4号的通知》（财会[2010]15号）的规定：企业集团（由母公司和其全部子公司构成）内发生的股份支付交易，应当按照以下规定进行会计处理：（一）结算企业以其本身权益工具结算的，应当将该股份支付交易作为权益结算的股份支付处理；除此之外，应当作为现金结算的股份支付处理。结算企业是接受服务企业的投资者的，应当按照授予日权益工具的公允价值或应承担负债的公允价值确认为对接受服务企业的长期股权投资，同时确认资本公积（其他资本公积）或负债。（二）接受服务企业没有结算义务或授予本企业职工的是其本身权益工具的，应当将该股份支付交易作为权益结算的股份支付处理；接受服务企业具有结算义务且授予本企业职工的是企业集团内其他企业权益工具的，应当将该股份支付交易作为现金结算的股份支付处理。
这里，子公司有结算义务，且授予本企业职工的是母公司的权益工具，会计上对于子公司而言应该将该交易作为现金结算的股份支付。这里，从交易的实质来看，我们可以这么理解：
员工实际在子公司服务，子公司在接受员工服务时，应该一方面确认管理费用，一方面确认负债。如果子公司在向员工支付对价时，是以其自身股