对于政府投资项目，采用直接投资和资本金注入方式的，从投资决策角度只审批项目建议书和可行性研究报告，除特殊情况外不再审批开工报告；采用投资补助、转贷和贷款贴息方式的，只审核资金申请报告。
按中央和地方事权及投资来源实行分级审批制度：
中央项目：项目建议书、可研报告由发展和改革部门审批，初步设计由水行政主管部门审批。
地方政府项目需要中央预算内投资补助的执行《中央预算内投资补助和贴息项目管理暂行办法》。中央安排地方政府投资项目在2亿元以下的，且不超过项目投资50%的，只审批资金申请报告；超过2亿元的，由国家审批可研报告。
水利建设项目（需要中央投资的）特殊程序： 根据国家现行有关规定，不同类别的水利基本建设项目，其审批权限不尽相同。 （一）新建水库工程
国际河流和跨省（区）河流上的水库由中央审批；
大型水库由中央审批（经授权，初步设计可由地方审批）； 列入中型水库规划的中型水库由流域机构审查后省批复。
■根据《国家发展改革委、水利部关于加强对水库建设管理的通知》（发改农经〔2004〕1644号）规定：除大型水库仍由中央审批外，按照国务院关于中型水库建设项目审批权限上收中央的要求，中型水库项目的审批比照大型水库项目的审批程序办理。新建水库必须符合《水库建设规划》，在水库规划审批之前，不得审批或开工水库项目。
大型水库规划：由国家发展改革委会同水利部组织编制，报国务院审批（发改农经[2009]374号批复）。
中型水库规划：按流域由水利部商有关地方组织编制，由国家发展改革委审批（发改农经[2008]627号批复）。 文件：《国家发展改革委关于全国中型水库建设规划的批复》（发改农经[2008]627号） 水利部《关于转发〈国家发展改革委关于全国中型水库建设规划的批复〉的通知(水规计[2008]115号）
《国家发展改革委办公厅、水利部办公厅关于中型水库项目审核工作有关规定的通知》（发改办农经[2008]1092号）。 （二）河道防洪工程
在流域防洪规划基础上，对已有堤防实施的河道治理项目、堤防加高加固工程，可直接编写可行性研究报告并申请立项； （三）病险水库除险加固工程
病险水库除险加固工程立项工作，在流域机构或省（自治区、直辖市）水行政主管部门出具的三类坝鉴定意见和水利部大坝安全管理机构复核意见的基础上进行。总投资2亿元（含2亿元）以上或总库容大于10亿立方米的病险水库除险加固，必须编制可行性研究报告申请立项，国家发改委批；总投资2亿元以下的、1000万立方米及以上的病险水库除险加固，直接编制初步设计报告（水闸除险加固参照执行）水行政主管部门审批。 列入规划的小型病险水库，初设流域机构复核，地方审批。
（四）大型灌区改造工程、节水示范工程、农村饮水安全工程、生态建设工程工程
列入国家基本建设专项规划的大型灌区改造工程、节水示范工程、农村饮水安全工程、生态建设工程，可在限额之内（3000万元）直接编制应急可行性研究报告地方审批安排投资；
2009年后，对农村人饮等小型水利项目，《国家发展改革委、水利部关于改进中央补助地方小型水利项目投资管理方式的通知》（发改农经[2009]1981号），在规划基础上直接编制
项目实施方案，经水利部门提出审查意见后由发展改革部门审批。 （五）国境界河整治工程 国境界河整治工程，以省为单位编制近期治理规划，发改委审批后，由省编制初设报告，下达投资实施；
（六）海堤建设工程
海堤建设工程由地方审批规划和项目初设，中央补助建设资金。 （七）其它项目
大型灌排泵站改造初设由流域机构复核后地方审批。
使用农业综合开发资金建设的灌区骨干工程项目由地方审批。 节水灌溉示范县建设工程由地方审批。 文件：国家发展改革委、水利部《大型灌区续建配套和节水改造项目建设管理办法》（发改投资[2005]1506号），国家农业综合开发办公室、水利部《关于印发〈国家农业综合开发中型灌区节水配套改造项目管理实施办法〉的通知》（国农办[2005]26号）
五、水利基本建设前期工作审批条件
水利建设项目前期工作文件上报审批,必须严格执行水利部《水利基本建设投资计划管理暂行办法》（水规计[2003]344号）、《关于进一步加强水利建设项目前期工作中征地、移民、环评和水保等工作和完善立项报批程序的通知》（水规计[2005]199号）等有关规定。 ●项目建议书阶段
报送水利基本建设项目建议书时，需出具以下文件： 1.流域规划的审查或审批文件。
2.项目建设资金的筹集方案及投资来源意向，使用银行贷款要附具银行承诺文件。 文件：《国家发展改革委、中国银监会关于进一步改进固定资产投资项目落实银行贷款工作有关问题的通知》（发改投资[2004]1198号） 3.省级政府有关部门对水价、电价意向性文件。
4.由水行政主管部门会同同级发展改革部门提出项目在本级水利发展中的建设排序意见。
5.对除险加固水利建设项目，须附具主管部门的病险工程鉴定意见。
6.对征地和移民数量较大的水利建设项目，必须提出相应的专题报告及有关省、市主管部门同意建设该项目的意见。
7. 对生态环境问题比较突出的水利建设项目，必须提出相应的专题报告及有关省、市主管部门同意建设该项目的意见。
8.项目业主（项目法人）组建方案文件，项目建设与运行管理初步方案。 9.其他需要出具的文件（如涉及省际、市际间水事矛盾的项目，则需要有关地区主管部门提出同意建设该项目的意见）。 ●可行性研究阶段
上报水利基本建设工程可行性研究报告时，在完成项目建议书阶段要求的各项文件基础上，要出具以下文件：
1.水行政主管部门或流域机构签署的规划同意书。 文件：《水法》、《防洪法》，《水工程建设规划同意书制度管理办法（试行）》（2007年水利部令第31号），水利部关于明确由流域机构负责审查并签署水工程建设规划同意书的河流（河段）湖泊名录和范围的文件
2.项目建议书批准文件。
3.资金筹措方案及有关各方的资金承诺文件。 文件：《国务院关于固定资产投资项目试行资本金制度的通知》（国发[1996]35号），《国务院关于调整部分行业固定资产投资项目资本金比例的通知》（国发[2004]13号），《国务院关于调整固定资产投资项目资本金比例的通知》（国发[2009]27号），《国家发展改革委办公厅关于调整内资项目进口设备免税确认书出具依据等事项的通知》（发改办规划[2005]682号），《国家发展改革委办公厅关于进一步加强内资项目进口设备免税确认管理工作的通知》（发改办规划[2005]1537号）
4.省级政府有关部门对水价、电价的承诺文件以及承诺水量、电量销售的协议文件。
5.根据《防洪法》等法律、法规要求编制的专题报告等文件及主管部门的审查意见。 文件：《防洪法》，水利部、国家发展改革委《河道管理范围内建设项目管理的有关规定》（水政[1992]7号），《水利部关于进一步加强和规范河道管理范围内建设项目审批管理的通知》（水建管[2001]618号），水利部《关于印发〈河道管理范围内建设项目防洪评价报告编制导则〉（试行）的通知》（办建管[2004]109号）
6.需办理取水许可的水利建设项目，要附具对取水许可申请的书面审查意见，以及经审查的建设项目水资源论证报告书。 文件：国家发展改革委、水利部令第15号《建设项目水资源论证办法》（2002年3月），2006年4月国务院令第460号《取水许可和水资源费征收管理条例》 7.根据水行政主管部门确定的水土保持方案编制要求，提交建设工程（不含移民安置）水土保持方案报告书（或水土保持方案报告表）及审查意见。
文件：1993年8月国务院令第120号《中华人民共和国水土保持法实施条例》，1995年5月水利部令第5号《水利部关于修改开发建设项目水土保持方案编报审批管理规定》（根据2005年7月《水利部关于修改部分水利行政许可规章的决定》修改）
8.征地和移民数量较大的项目，要附具移民安置规划大纲批准文件，移民安置规划报告随工程可研报告或项目申请报告一并报部审批。
文件：2006年7月国务院令第471号《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》 ，水利部《关于印发大中型水利水电工程移民安置前期工作管理暂行办法的通知》(水规计［2010］33号
9.根据环境保护部门确定的环境影响评价要求，提交经批准的环境影响评价报告书（或环境影响登记表）及审查意见。 文件：《环境影响评价法》，《国家环保总局、国家发展改革委关于加强建设项目环境影响评价分级审批的通知》（环发[2004]164号），《关于发布〈环境保护部直接审批环境影响评价文件的建设项目目录〉》及《环境保护部委托省级环境保护部门审批环境环境影响评价文件的建设项目目录》的公告》（环境保护部公告2009年第7号），《水利部关于印发〈农村水电建设项目环境保护管理办法〉的通知》（水电[2006]274号
10.根据国土资源部门要求，提出水利建设项目用地预审申请及国土资源部门的用地预审意见。 文件：《中华人民共和国土地管理法实施条例》（1998年12月国务院令第256
号），国土资源部《关于水利水电工程建设用地有关问题的通知》（国土资发[2001]355号），国土资源部《建设项目用地预审管理办法》（2008年11月国土资源部令第42号）
11.建设与运行管理体制、机构及管护经费落实方案。
文件：国家计委、财政部、水利部、建设部《关于加强公益性水利工程建设管理若干意见》（国发[2004]20号） 12. 其他需要出具的文件（如在海防堤建设过程中涉及用海、围海、填海的，应按有关要求报政府批准）。 文件：《国务院办公厅关于沿海省、自治区、直辖市审批项目用海有关问题的通知》（国办发[2002]36号