强调信用社主要为社员服务。具体规定了两条原则：一是社员有贷款优先权；二是社员享受贷款利率适当优惠权。（然而，在实际工作中，这些原则并没有得到有效遵守，信用社主要为社员服务的规定没有得到很好的落实。）
（2） 改革组织体制
在监管方面，由央行和县联社负责管理信用社。信用黑色与农行完全脱钩，不再接受农行的领导和管理。县联社完全独立于农业银行，充分发挥其对信用社的管理、协调等方面的只能。同时，由中国人民银行对信用社进行行政管理和监管。在信用社内部，全面建立“三会”制度。与“恢复三性”时相比，这时的“三会”制度建立得更加普及，同时，民主管理得到一定程度的加强。从理事长、监事长的人选来看，以前是“分别由理、监事会推选，报县联社批准”，说明最终的决定权在县联社。现在是理事长“由县联社提名，由理事会选举”，监事长则完全由监事会选举产生，说明最终的决定权在理事会。（这看起来只是程序发生了变化，但至少在理论上更加体现了民主管理。不过从实际来看，信用社管理人员的选举仍由少数人操纵。）
（3） 改革激励约束机制
就信用社来说，完全实行独立经营、独立核算、自负盈亏，有些地方还实行了信用社主任承包制。就职工来说，实行干部聘用制和岗位责任制。一般由县联社统一奖惩标准，奖优罚劣。与此同时，有些信用社还设立了职工股，将经营状况与职工利益联系起来。（从制度设计来看，农村信用社的改革方向是合作制。但人们普遍认为，改革后的农村信用社离合作制还相差甚远，还不是真正的合作制。但不可否认的是，改革至少使农村信用社向合作制方向前进了一步，更加接近合作制；从效率的角度看，改革不仅没有带来效率的提高，相反，还带来效率的降低。）
三、改革没有完全实现预期目标的原因
在这一阶段，最初的改革设想是按合作制原则规范农村信用社，但是，由于农村信用社
经济效益的下降，政府的预期目标不仅没有完全实现，而且改革目标本身的合理性也引起争论。出现上述情况的原因不在于合作制本身，而在于其他原因：
（1）改革理论和政策上的偏差
改革是要按合作制原则规范农村信用社，总体来说是十分正确的。但在具体改革过程中，
却出现了不少偏差，其中最突出的问题主要有两点：①农村信用社改革重点的偏差和对信用社利益的忽视。改革从形式上看是要按合作制原则规范农村信用社，其目的应该是兼顾公平
和效率，更加有效地实现社员的互助融资。但在实际操作中，往往更多的是强调合作原则，并试图通过建立“三会”制度来达到目的，然而，却忽视了民主管理的实现是一个相当长的过程，不可能一蹴而就。因此，当民主管理没有真正实现时，新的合作制就成为一种形式，没有建立有效的激励约束机制。另外，改革中也严重忽视了信用社的利益。信用社具有自身的利益，改革应该保护、尊重信用社的利益，但实际情况正好相反。关于这一点，可以从信用社较为严重的历史包袱重看出端倪。所谓的历史包袱包括三部分：农行和信用社脱钩时遗留的不良资产、保值储蓄的贴补支出以及合作基金会带进的不良资产。②农村金融体系整体构建布局上的偏差。按照既定的改革方针，是要“建立和完善以合作金融为基础，商业性金融和政策性金融分工合作的农村金融体系”。然而，在实际改革过程中，国有商业银行正逐步退出农村和农业，而政策性银行完全局限于农产品收购，因此，农村信用社一身多任，具有多元化经营目标：一是合作性目标，强调为社员服务；二是政策性目标，强调服务三农；三是商业性目标，强调盈利。缺乏单一目标的金融机构必然造成经营思维混乱和经营者的机会主义问题。
（2）相关利益主体的利益冲突和官僚行为
农村信用社的改革涉及农业银行、信用社职工及社员。农业银行一直视农村信用社为包
袱，也就乐于在趁机向农村信用社转移不良资产的同时与农村信用社脱钩。由于体制上的原因，信用社职工实际上控制着信用社，他们的利益也与信用社的经营紧密联系在一起，因此，农村信用社的改革实际上向符合他们利益的方面发展。
第三阶段：“花钱买机制”的产权改革（2003-2007）
虽然农村信用社经过多次改革，也取得了一定的成效，然而，由于各种原因，农村信用社发展仍处于难以为继的危险境地。2001年底，全国信用社不良贷款5290亿元，占贷款总额的44%，当年46%的信用社亏损，亏损金额167亿元，历年累计亏损挂账1250亿元，58%的信用社已经资不抵债，总计资不抵债2361亿元，其中严重资不抵债的信用社1万个，占总数的27%。如果不能有效解决农村信用社的历史包袱问题，不仅会危及农村信用社的生存问题，也将危及到农村经济的持续发展。因此，任何关于农村信用社的改革方案首先必须面对且无法绕过的问题是：如何处理农村信用社累计下来的历史包袱为既有体制埋单，通过财务重组来缓解危机，并更新炉灶、“打扫干净屋子”，为进一步的机制改革和体制重构做好准备。2003年，我国农村信用社开始新一轮的改革，这次改革被很多学者、媒体称之为“花
钱买机制”。 一、改革的主要文件
2003年6月27日，国务院下发了《深化农村信用社改革试点实施方案》，方案要求，加快农村信用社管理体制和产权制度改革，把农村信用社逐渐办成由农民、农村工商户和各类经济组织入股，为农民、农业和农村经济发展服务的社区性地方金融机构。
2003年12月，时任国务院副总理黄菊在听取改革试点进展情况汇报时提出要求，在具体实施中，要突出信用社转换经营机制、完善法人治理以及增强服务功能等重点。
2004年5月24日，贵州花溪农村合作银行成立，这是深化农村信用社试点改革启动后成立的第一家农村合作银行，也是全国第二家农村合作银行（第一家为浙江鄞州农村合作银行）。第一批农村信用社试点省（市）的产权制度改革陆续取得成果。
2004年8月13日，江苏省吴江农村商业银行成立。这是深化农村信用社改革试点启动后成立的一家农村商业银行，也是全国第四家农村商业银行（前三家分别为江苏省常熟、江阴、张家港农村商业银行）。
2005年11月，随着第一批试点工作整体进展顺利和阶段性成果的取得，国家第一批试点的8个省（市）改革向纵深推进的过程中，扩大推出了第二批21省（区、市）农村信用社改革试点。
2006年底，中国银监会发布《关于调整放宽农村地区银行也金融机构准入政策更好支持社会主义新农村建设的若干意见》，从机构种类、资本限制等方面，大幅度放宽农村金融机构的准入政策，并决定在四川、内蒙古、吉林等六省（区）进行试点。
2007年8月，随着全国最后一家挂牌开业的省级联社——海难农村信用社联合社在海口诞生，标志着农村信用社新的管理体制框架已经全面建立，从2003年开始的农村信用社改革试点第一阶段工作任务基本完成。
二、改革的主要内容
2003年6月，国务院选择江苏等8个省（市）开展深化农村信用社改革试点工作，其目的就是改进和完善农村信用社的管理方式、管理体制、经营模式、产权制度、服务方式、风险防范等方面存在的诸多不适，根据“明晰产权关系、强化约束机制，增强服务功能，国家适当扶持，地方政府负责”的总体要求，从而形成“国家宏观调控，加强监管；省级人民政府依法管理，落实责任；信用社自我约束，自担风险”的监督管理体制和“自主经营、自我约束、自担风险、自我发展”的良性循环经营机制。
新一轮农村信用社改革的主要内容：①依法人为单位，改革农村信用社产权制度，明晰产权关系，完善法人治理结构，区别各类情况，确定不同的产权关系。②改革农村信用社的管理体制，将农村信用社交由省政府负责。为了配个此次改革，国家出台了四项配套措施予以支持：
（1）对亏损农村信用社执行国家宏观政策开办保值储蓄而多支付保值贴补息给予补贴。具体办法是有财政部核定1994—1997年间农村信用社实付保值贴补息数额，由国家财政分期予以拨补。
（2）从2003年1月1日起至2005年底，对西部地区试点的农村信用社一律免征企业所得税；对其他地区试点的农村信用社，一律按照其应纳税额减半征收企业所得税；从2003年1月1日起，对试点地区所有信用社的营业税按3%的税率征收。
（3）对试点地区的农村信用社，中国人民银行采取两种方式给予适当的资金支持和政策扶持。①由人民银行安排一部分专项再贷款，由省级政府统借统还。②由人民银行发行专项中央银行票据，用于置换农村信用社的不良贷款和亏损挂账。上述两种方式由试点地区和农村信用社自主选择。（中央银行“花钱买机制”是有条件的，主要的有两条：①资本充足率。要求以市（县）为单位考核，农村信用社申请兑付专项票据时，二级法人体制的农村信用社，其资本充足率应达到2%，统一法人体制的农村信用社应达到4%，农村商业银行或农村合作一行应达到8%。②不良贷款下降比率。要求在申请兑付专项票据时，按“一逾二呆”口径考核，与2002年12月末相比，其不良贷款比例的降幅应不低于50%。此外，中央银行还对法人治理结构、内控制度、信息披露制度的监测提出了相应的要求。）
（4）在民间借贷比较活跃的地方实行灵活的利率政策。允许农村信用社贷款利率浮动、贷款利率可在基准贷款利率的1~2倍范围内浮动。对农户小额信用贷款利率上浮，个别风险大的可小幅（不超过1.2倍）上浮，对受灾地区的农户贷款还可适当上浮。
三、农村信用社仍然存在的突出问题
新一轮的改革已经取得了较大的成效，但随着改革的逐步深入，农村信用社各种矛盾与
问题也不断凸现，仍然存在以下三方面的突出问题：
（1）“三会一层”制度的虚位问题严重
目前，虽然全国各省、市、自治区的农村信用社都以县（市、区）级联社为单位进行了
同意的法人改革，但由于这种改革模式基本属于一种行政化、被动式改革方式，所以许多联社其实只是实现了形式上的改革，而事实上却并未真正从运行体制和决策机制上落实“三会
一层”制度。
（2）法人治理接哦股的错位问题突出
省联社对各县级联社的管理和指导过度依赖于行政干预手段，而缺乏有效的经济纽带关
系做基础。各县级联社的股金是由企业法人和自然人构成，而省联社股金则有辖内各县级联社缴纳构成。从理论上将，县联社是省联社的股东，应该有县（市、区）联社管理省联社。但实际上恰恰相反，省联社在吸收各县（市、区）联社的股金之后，还对各种联社实行管理、指导和服务职能；同时，各县（市、区）联社还要按照营业收入的一定比例向省联社缴纳管理费，这无疑是当前法人治理接哦股方面存在的最大错位。
（3）多头管理的问题明显
银行业监管体制改革给农村信用社发展带来了新的问题，在由中国银行业监督管理委员
会进行进行金融监管的同时，各省联社也受省政府委托，对各省农村信用社进行集中化统一管理，事实上形成了人民银行、银监部门和省联社对农村信用社多头管理的格局，而且在好多诸如人事任免、财务审批、业务授权和部门设置等方面，上述三家监管机构存在许多口径不一致的地方，导致个基层信用社的业务发展和正常运行受到很大程度的影响。
现阶段：
2003年以来深化农村信用社改革的总体部署和具体措施是符合农村经济金融发展规律的，也契合农村信用社自身发展要求，取得了重大进展和阶段成果。但是，由于多方面因素的影响和制约，农村信用社一些深层次的体制机制问题还没有根本解决，改革发展逐渐步入“深水期”。
按照中央十七届三中全会和全国金融工作会议的战略部署，银监会明确提出，从2011年开始，要通过五年左右时间的努力达到以下目标，即高风险机构全面处置，历史亏损挂账全面消化，股份制改革全面完成，现代农村银行制度基本建立，主要监管指标达到并持续符合审慎监管要求农村金融服务功能与核心竞争力显著提升。
为实现上述目标，银监会将重点做好以下几个方面工作：
一是继续推进产权制度和管理体制改革。全面取消资格股，鼓励符合条件的农村信用社改制组建为农村商业银行。不再组建新的农村合作银行，现有农村合作银行要全部改制为农村商业银行。要在保持县(市)法人地位总体稳定前提下，稳步推进省联社改革，逐步构建以产权为纽带、以股权为联接、以规制来约束的省联社与基层法人社之间的新型关系，真正形成省联社与基层法人社的利益共同体。
二是打造现代农村银行制度。指导农村信用社优化人力资源结构，着力构建符合小法人特点的公司治理机制，加强流程银行建设，建立全面风险管理体系和符合现代农村金融企业要求的经营机制。
三是持续加强支农服务能力建设。指导农村信用社在经济欠发达的农村地区，特别是金融机构空白乡镇增设网点，延伸提供服务。引导优化信贷投向和结构，持续增加涉农信贷投放，切实增加农村资金供给。鼓励和支持在有效防范风险前提下加大金融服务创新力度，提高服务质量，不断提高农村金融服务的可得性、透明度和便捷性。
四是健全分类监管体系。制定符合农村信用社机构和业务特点的差异化监管政策，强化实施分类监管和差别指导。深入开展主要监管指标达标升级，进一步改善经营状况和风险管控能力。建立针对服务“三农”的特殊业务领域的贷款风险容忍度、弹性存贷比监管方法、特殊尽职免责办法，以及适度宽松市场准入政策，支持提升金融服务能力。
五是完善政策扶持体系。积极协调有关部门，出台协调性和配套性强、长期激励导向明确的农村金融扶持政策。根据现代农业功能区建设规划和不同机构服务贡献度，在政策力度上有所倾斜和侧重，支持发展现代农业，更好地帮助广大农民致富奔小康。