水肥调控、病虫害防治、种苗的贮藏与运输等诸多环节，如果某一个环节控制不当，都会导致育苗失败。需要根据不同作物种类和不同地区的生态气候特点，制定相应的工厂化育苗操作规范，提高种苗生产的标准化水平。
4．工厂化育苗设施和配套装备开发需要加强 目前国内比较大型的育苗工厂都是采用从国外进口的精量播种流水生产线，尽管质量好，但价格高昂；国内研发的播种机尽管价格低，但又存在精度差的问题，而且开发的设备不配套，设备的故障率较高。加强对工厂化育苗关键设备特别是精密播种机的开发将是今后我国工厂化育苗设施开发的重点，此外尽快开发出与工厂化育苗相配套的田间移栽设施亦是今后需要重点解决的问题。