答：A、你应该看看内存的使用率,一般如果内存不足,会造成你说的现象
B、所有节点空闲内存都在50%以上啊，发现只有一个节点的CPU占用的厉害 别的不超过10%
C、你选用的几个cpu进行计算,如果是一个,那就是你发生的问题原因,如果不是一个,而是选择几个cpu进行计算,那么应该是节点之间 的通讯问题了,这需要进行机群的的调节了
10、问：CASTEP能算pdos的自旋情况吗 答：可以计算体系的自旋态密度
alpha和beta分别为自旋向上和自旋向下 total spin是总自旋
计算的时候必须把自旋极化－spin polarized 选上才能画自旋态密度
11、问：大家帮忙看看这是什么问题
我再用demol计算动力学的时候,不管怎么设置参数它老出现这个提示 Error: SCF iterations not converged in 50 iterations
Message: SCF not converging. Choose \or set \
You may also need to change spin or use symmetry Resubmit DMol3
Message: DMol3 job failed Error: DMol3 exiting
请教高手这是什么原因啊?
答：SCF not converging. Choose \or set \无法收敛，加大计算步数。
你错误的原因是体系在50步内不能收敛,你可以增加收敛计算步数,比如增加到100
系统提示你改变\Smearing\和\的设置参数(这两个参数在设置对话框中),还提出建议让你改变自旋和对 称设置来试一试。
不收敛，解决方法一加大圈数，DMol3 calculations－》electronic标签下More选项－》SCF选项，中Max. SCF Cycles加大，最多 1000圈，如果1000圈收敛不了 就用方法二，加大smearing
在SCF标签下把orbital occypancy下面的勾打上，然后设置smearing
设置重小到大逐渐增大，smearing如果很大，虽然能收敛但是最后的构型有问题。
做MS计算，我的感觉是没有必要一步算到位，就是说你的计算精度（能量，力等等）可以一步一步来，或者是smearing慢慢变小，这 样容易收敛些。
12、新手请教几个不专业的问题 1.(1x1)CO中(1x1)是什么意思？
2.态密度、能态密度和电子态密度的区别？ 3. K││-resolved是什么意思？
4.如何在半导体上建金属表面？ 5.如何翻译？
supercell geometry
the Vienna ab-initio simulation package (VASP) the generalized gradient approximation the plane wave expansion structural relaxations
a tight-binding linear muffintin orbital (TB-LMTO) method the TB-LMTO method
the principal-layer Green’s function technique the K││-resolved transmission
6．K││-resolved DOS at the Fermi energy这句话怎么理解啊？ 7．用MS能不能计算一个体系的电导？如何去算？ 答：1. (1×1)表示的是表面的构型，2×2是(1×1)的四倍，也就是x和y上分别用两倍单位平移定义表面的晶格常数a和b，c轴与表面
方向平行，c的大小取决于原子层和真空层厚度 2.应该是没有区别，可能是称呼不同而已。 3.不清楚什么意思
4. 用ms里面的layer builder构建界面，基底为半导体，半导体上长金属层是通过layer builder构建的
5. supercell geometry——超胞结构
the Vienna ab-initio simulation package (VASP) ——维也纳从头算模拟软件包 the generalized gradient approximation——广义梯度近似 the plane wave expansion——平面波展开 structural relaxations——结构弛豫
a tight-binding linear muffintin orbital (TB-LMTO) method——紧束缚线性丸盒轨道 the TB-LMTO method——紧束缚线性丸盒轨道方法 the principal-layer Green’s function technique——？ the K││-resolved transmission——？ 6.不是很清楚，没有上下文
7 先计算出态密度。然后通过由玻尔兹曼方程推导出的电导率公式来算,见固体物理。提供两篇参考文献是做输运系数的计算的：
Georg K.H.Madsen, David J.Singh. Computer Physics Communications 175 (2006 67~71.
Philip B. Aleen ,Warren E.Pickett, Henry Karkauer. Physcical Review B 37 (1988) 2721~2726. 13、请问： 在用CASTEP计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位呢？ 答：降低对称性，再DELETE一个原子就可以了 在build下的symtrey有make P1 不是降低对称性，是构建超胞 make supper cell
然后就可以删去一个原子了
正常的话如果晶体是原胞，直接删除一个原子可能造成很大影响 可以建大一点的超晶胞(比如2×2×2超晶胞)然后删掉一个原子，这样比较合理， 毕竟缺陷浓度是很低的。
14、[求助] MS是否可以做原子数在10-20个左右的簇合物的结构模拟
我想得到一些原子数在10-20个左右的一元或二元原子簇合物的低能构型。 MS里的分子模拟功能是否可以模拟出一些能量局部最小化的构型？ 如果不行的话，麻烦熟悉这方面的虫子给推荐个软件，最好是免费的。 我的要求很简单，就只要找到低能量构型即可。 手动直接构建实在是太麻烦了，而且说服力很低。 谢谢指教！
答：A、可以，dmol模块可以达到你的要求 B、感谢楼上各位。
不过我琢磨了半天，好像无论是Gaussian还是MS,都是要给定基本定型的构型，然后进行优化后获得更精炼一些的构型。
我想做这样一件事： 已知原子数为 10 的构型，第 11 个原子任意放置，然后程序自动变化第11个原子的位置，甚至变化 11 个原
子的位置 （既第11个原子对其他10原子的构型进行微扰）得到不同能量的局部的低能构型。
自己琢磨的，肯定很多不足，不是否有相关的参考资料。还请赐教，
15、ms discover停电后如何处理
ms discover算了一个星期，还有三天就算完了，结果停电全没了
重开机，启动ms，提示有任务非正常关掉，载入auto recover，job explorer里面还显示未算完的任务，server console打不开，无 法查看是否正在算
查任务管理器，没有找到discover.exe进程，只有msstudio的进程，而且cpu占用高
手动停止job，然后从discover的dynamics模块下选中use restart result，但是结果显示完全从头开始算
没钱买ups，很不走运，两个星期内，这种停电出现两次了 请教大家有什么好的方法，从断电时的数据开始接着算 谢谢
答：如果你在dynamic中trajectory的选项里save选择了full，那么在重启动时，在restart选项里，选中use restart date选项，就 可以了。
16、求助：黄色和蓝色的电子云代表什么问题
请教各位一个问题，在MS的Dmol3下计算能量，在分析里查看HOMO和LUMO轨道的电子云的计算结果时，有两种颜色，默认的是黄色和 蓝色。这种颜色的不同代表什么意思？
还有一般用HOMO和LUMO轨道的电子云说明什么问题啊？我看很多文献说什么(π-π)派-派跃迁就是3.1415926所代表的那个希腊字母
，这里不知道怎么输入。还有（σ-σ)西格玛-西格玛等等，学习化学的人应该能够了解，可以从这上面看出来吗？
答：A、其实两种颜色的电子云不是代表homo和lumo的，只是说这个地方波函数是正号还是负号。因为对于电子云来说，其实是波函
数的平方，这个地方为了区别波函数的正负号，所以引进了两种颜色的电子云
B、在分子进行反应时，最高占据轨道（HOMO）和最低空轨道（LUMO）其有特别重要的作用。
分子轨道对称性守恒原理认为：在反应过程中，当有反应物分子轨道转变成产物的分子轨道
时，其对称性始终保持不变，即始终都属 于同一个不可约表示。
如果反应物基态的分子轨道变成的是产物的基态的分子轨道，那么反应就是热允许的。（意即温和加热就可进行）
如果变成的是激发态的分子轨道，就是热禁阻的（意即不可能用温和加热的方法促其进行）。 如果反应物受光激发后由电子占据的分子轨道（激发态轨道）转变成产物的基态分子轨道，这一过程就是光允许的（意即用适当的光 照就可使其进行）。
若转变成产物的更高激发态分子轨道，就是光禁阻的（意即无法用光照促其进行）。
17、请问MS计算能带的问题
由CASTEP或DMol计算得到的能带，要看能带的带系宽度，是怎样看？ 是默认费米能级为0吗？那就是只看0附近的宽度吗？
答：A、0两边的宽度，最高占据和最低未占据之间的宽度就是带隙 B、我没有仔细的看过castep的能带，但是看过课题组的人做过报告。
我印象中，对于非金属，castep的费米能级是在价带顶，找出价带顶最大的那个能量和导带底对应的最小的能量之差，就是带隙吧。
至于有的说dos看带隙，这个不大可靠，要看你取了多大的展宽因子，展宽因子大，非金属也变成金属了，没带隙。
另外对于dmol来说，何来什么能带 全部分子能级，不过可能有gap，要从homo-lumo的差值去算gap
C、横轴是布里渊区的高对称点，与晶体的对称性有关 纵轴表示能带的能量。
带隙可以分成直接带隙和间接带隙
直接带隙就是0eV上下最高和最低两个能带在某个高对称点(如G，X、R点等)之间的能量差。
间接带隙就是0eV上能量最低的能带上的最低点的能量值减去0eV下能量最高的能带的最高点的能量值。
18、什么是Overlap populations？ 在一篇文章上看见
Table 2 Bond distances (A? ) and Overlap populations (/E/in brackets)
TiO2 TiO2/Sn6c TiO2/Sn5c TiO2/Sn6-in TiO2/Sn5-in
Ob–Me6c 1.831 (172) 1.963 (220) 1.83 (165) 1.831 (172) 1.832 (171)
Op–Me6c 2.066 (86) 2.107 (32) 1.989 (64) 2.070 (84) 2.069 (83)
Op–Me5c 1.938 (122) 1.912 (114) 1.995 (139) 1.988 (123) 1.933 (120)
O1–Me6c 2.065 (86) 2.165 (86) 2.097 (117) 2.072 (115) 2.086 (119)
O2–Me5c 1.853 (130) 1.854 (119) 2.006 (122) 1.865
(134) 1.890 (112)
O1–Me6-in 1.936 (160) 1.950 (142) 1.983 (163) 2.056 (177) 1.968 (161)
O2–Me5-in 1.968 (83) 1.961 (84) 1.950 (96) 1.976 (86) 2.047 (90)
请问Overlap populations 是什么？如何得到的？ 答：A、Overlap populations 重叠布居
CASTEP计算性质时的population选项可以算 B、重叠布居
相当于键级的概念
一般来说，正值表示成共价键，正值越大，共价性越强 0表示纯离子键。 负值表示反键。
主要用于定性分析。不同的赝势、泛函计算的结果可能有差别 19、请教一下 这些数据在那？
您能把您算过的这部分给贴上来吗？
CASTEP计算性质时的population选项这个我已经算了 但是我找不到它在那 谢谢
答：CASTEP 中计算的时候选择properties里面的population analysis下面的
bond population 计算得到的结果除了有atomic population以外还有就是bond population 也可以叫overlap population
在.CST或者.CASTEP文件最后部分。 20、用MS需要什么样的配置？谢谢！ 老师打算买一台新的电脑做计算，我不知道一般需要什么样的配置就可以了！希望大家多提供点信息！谢谢了！
答：A、双核 至少奔D 2.8GHz 1G内存 高分子结构 最好准备买服务器！！！！ B、楼上的，没那么夸张吧？
CPU好像用不太多啊，一般的30-60原子有个普通双核也够用了吧？我没感觉出来双核比P2.8快多少啊？
你非要算蛋白质的话，那服务器也肯定不够。。。 内存大些倒是真是，应该需要2G也不嫌多的！ C、我觉得看你做什么体系 你如果做简单的分子体系 用demol可以解决的 谱图电脑夜可以的 如果算晶体
那必须是搞配置的机子
D、关键是cpu，内存，和硬盘