项目部管理总公司还是分公司 直属于总公司的项目部，跨省施工的需要预缴企业所得税，跨地级行政区施工的需要预缴增值税；直属于分公司的项目部，通过分公司预缴企业所得税，除预收款外，无需在当地预缴增值税。具体操作详见：异地施工的税会处理：直接管理的项目部 异地施工的税会处理：分公司直接管理的项目部 那么这两种模式到底哪个更好？对于这个问题，不能一概而论。
1、如果建筑业企业能够自行决定组织模式，总公司直接管理项目部显然更佳，中标后成立项目部，只需要预缴增值税及其附加和企业所得税，最多再加一个预征个人所得税，干完活儿就可以撤退走人，干净清爽省心。
项目部的增值税进销项，不是以项目部为纳税主体，而是统一汇总到总公司进行计算抵扣，增值税的基本原理告诉我们，计算税款的空间范围越大，对纳税人就越有利。
按照0.2%在当地预缴企业所得税，默认的应税所得率只有0.8%，大大低于建筑业核定征收应税所得率8%的下限。 2、也正是因为总公司直接管理的项目部，所得税税源绝大部分向总公司机构地转移，为数不少的地方政府要求建筑业企业必须在当地成立分公司，甚至子公司。
因此，现实情况是，很多建筑业企业都在异地设立了分公司，初衷是为了施工所需，但实际上工程完工以后，想注销基本是不可能的。
增值税只能在分公司范围内计算抵扣，企业所得税要按照三因素进行分摊，一般情况下，预缴的金额要高于总公司直接管理的项目部。
3、那是不是说，由分公司直接管理项目部就一点好处都没有了呢？答案是，也不一定。
直接管理的项目部，是按照收入的一定比例预缴企业所得税，无论是亏损还是盈利都需要就地缴纳，而二级分支机构则是先由总公司统一计算应纳税额，再进行分摊。
如果建筑业企业本身存在亏损，分公司管理项目部模式在所得税方面对纳税人更为有利。 4、小结：
如果当地政府没有要求一定要成立分公司，建筑业企业以项目部形式施工最佳，但要注意做好跨区域涉税事项报验手续，建议在成立项目部时，由总公司下发文件中标明「XXX项目部为总公司直属项目」字样。
如果当地政府一定要成立分公司，且由分公司向业主开具发票，建筑业企业要注意：
一是，要按照总局公告2017年第11号的规定，总公司、分公司、业主签订三方协议，或者由总公司出具内部授权书，
注明由分公司向业主提供建筑服务，办理结算，开具发票。这样就无需在当地预缴增值税。
二是，成立项目部时，总公司下发文件中标明「XXX项目部由XX分公司直接管理」，这样就无需按照0.2%在当地预缴企业所得税。