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1、日志文件一共分成三部分：系统信息，能量最小化，能量平衡。下面我们将分别讲述： 2、第一部分系统信息以“Info：”为每行的开头（图）。它包括了运行动力学模拟所需的各种参数，以及其他关于整个系统的信息，比如原子数，各种键的类型和数目，总质量和总电荷量。注意：一直到最后一个“Info：”都是第一部分的内容，记录了分子动力学模拟过程的基本信息。
2、找到最后一个“Info：”，之后就是第二部分，给出的是关于系统能量最小化的信息（图）。
? 第二部分开头是“TCL: Minimizing for 100 steps”，说明能量最小化每循环进行100
步。每次循环输出一次图中矩形标注出的内容，包括：
PRESSURE
GPRESSURE ETITLE ENERGY INITIAL STEP GRADIENT TOLERANCE
? PRESSURE和GPRESSURE：给出的是系统的压力。本次动力学模拟的日志文件中，压力值
除第一个为步数（即系统所走过的的timestep）外，都显示为一排“0”，这是因为只有在定义周期边界条件之后，NAMD才会计算压力。在立方水体动力学模拟的日志文件中，我们将能看到计算得的压力值。
? ENTITLE和ENERGY: 给出的是力场相互作用能量的列表。ENTITLE后面列出的是相互作用
能的名称。TS是TimeStep，记录了动力学模拟进行了多少步；后面的能量包括BOND（键能），ANGLE（角度扭曲能）等等。下面一行以ENERGY开头，列出的是对应的各项能量的精确数值。
? INITIAL STEP 和GRADIENT TOLERANCE：这两项是记录能量最小化过程的两个参数。
GRADIENT TOLERANCE在能量最小化过程中会一直下降，可以用于粗略地判断是否能量已经达到最小。
3、向下翻页，一直找到“TCL：Running for 2500 steps”，从这一行向后就是第三部分：能量平衡（图）。
图中a中的数值为能量最小化终态时的数值，b中的数值为能量平衡开始100步时的输出数据，注意到二者在各项能量上已经有较大差异了。能量平衡时数据每100步输出一次，这是我们在配置文件中设定的。参见2.3.1配置文件中 –outputEnergies 和 –outputPressure两项，我们设定的数值是100。
b中有三行数据，分别记录了压力（PRESSURE, GPRESSURE） 和能量（ENERGY）。压力仍然为0。拖动左下方滚动条向右，可以看到动能（KINETIC）和温度（TEMP）值（图）。可以看到两项值都已经不为0了。而之前的所有输出的动能和温度都为0。
日志文件的结尾显示：
WRITING EXTENDED SYSTEM TO OUTPUT FILE AT STEP 2600 WRITING COORDINATES TO OUTPUT FILE AT STEP 2600 CLOSING COORDINATE DCD FILE
WRITING VELOCITIES TO OUTPUT FILE AT STEP 2600 ==========================================
WallClock: 569.015991 CPUTime: 569.015991 Memory: 0 kB Program finished.
说明程序正常结束了，最终进行了2600步运算（不是我们在配置文件中设定的2500是因为能量最小化100步也包括在内）。并给出了CPU时间以供参考。
2.5.2 计算整个蛋白的RMSD值
在动力学模拟分析中，很基本的一项分析就是RMSD值的求算。RMSD值即均方根偏差（Root Mean Square Deviation）。在统计学上，这个量就相当于标准差，反映的是数据偏离平均值的程度。在蛋白质结构解析，模建，结构联配（structure alignment）以及分子动力学模拟中，RMSD值是非常常用的一项参数，用于衡量原子偏离比对位置的程度。
在本例中，RMSD值反映的是泛素各个部分原子偏离平均位置的程度，也就是各原子运动
幅度的大小。RMSD值越大，说明该原子的运动的空间范围越大，原子的空间位阻也就越小。原子α在某一段时间Nt内的RMSD值求算公式为：
??r?(tj)上式中，Nα 是参与比较的原子数目，是原子α在tj时刻的位置，
时间段内原子α的平均位置。定义为：
Nt是时间段，以步长为单位。
VMD提供了很多分析工具。其中一个工具NAMD Plot 插件可以用于处理输出文件，然后由进行作图。我们下面就用这一工具分析动力学模拟过程中整个蛋白的RMSD值的变化。这个值是各原子RMSD值的总和。计算时，我们需要使用动力学模拟过程输出的轨迹文件：ubq_ws_eq.dcd
首先，让我们简单看一看NAMD plot是怎样作图的。 1、运行VMD主程序。
2、在VMD主窗口选择菜单项Extensions→Analysis→NAMD Plot。
3、在 NAMD Plot窗口选择File→Select NAMD Log File，在弹出的文件浏览窗口中找到namd-tutorial/1-2-sphere/bq_ws_eq.log，打开这个文件。
4、在NAMD plot 窗口中显示出很多热力学参量（图）。其中TS代表Time Step，BOND代表键能等等。这些变量都可以用于作图。例如：点击选择参数TEMP，然后选择 File → Plot Selected Data。这样我们就得到了随着时间变化温度的变化关系。