埃尔一世的侄孙女玛丽亚·科穆宁。公元1168年，曼努埃尔与将来的大主教提尔的威廉正式签订盟约，并在第二年与阿马尔里克一同远征埃及。曼努埃尔带了超过200艘装载着围城器械和希
[73]腊火的舰船，威廉也帮助运送了大量科穆宁王朝军队的装备。
曼努埃尔的策略是把十字军作为自己帝国的屏障。因为他相信控制埃及是第二次十字军东征决定行性的因素，所以他打算介入埃及事务。这将会巩固十字军在圣地的统治，也会为帝国收回丰饶的粮食产地。[74]
科穆宁王朝末期，阿拉伯-拜占庭战争结束。图为公元1180年，
拜占庭帝国为图中紫色区域。
此外，这也使得十字军与拜占庭帝国的联系更加紧密。阿马尔里克国王将他的耶路撒冷王国置于拜占庭帝国的保护之下，甚至整个王国都是拜占庭的一部分。但这只是私人协定，只在这一代统治者上生过效。
这次进攻埃及本可以取得当地信仰基督的科普特人的支持，因为他们已在伊斯兰统治下作为二等公民生活五百多年了。然而，拜
占庭帝国与十字军合作的失败葬送了这一次大好机会。拜占庭舰队的粮草只支撑了三个月，等到十字军准备就绪，供给基本上耗光了。最终，舰队在一次对杜姆亚特不成功的进攻之后撤退了。两国在这次失败后都责怪对方，却都知道要依赖对方。双方的盟友关系得以维持。他们还制定了其它计划，但都没有实现。[73] 塞尔柱苏丹基利杰阿尔斯兰二世利用这段时间扫除了对手，在小亚细亚崛起，东地中海地区的平衡发生了改变。曼努埃尔进攻埃及失败的影响在他死后仍持续存在。萨拉丁在公元1171年声称自己是埃及苏丹，他团结起埃及和叙利亚，导致了第三次十字军东征。同时，拜占庭帝国与拉丁王国的联盟随着1180年曼努埃尔一世的去世而结束。他也是最后一位对十字军有好感的皇帝。
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影响
拜占庭-阿拉伯战争给中世纪欧洲的封建制度提供了发展的空
间。
就跟这场旷日持久的阿拉伯-拜占庭战争一样，它对参战双方的影响也十分久远。拜占庭帝国遭受了大量领土损失，同时阿拉伯人在中东站稳了脚跟。这期间，拜占庭帝国的重点由查士丁尼时代收复西部故土转变为防守以阻止伊斯兰的进犯。由于没有了拜占庭帝国的干预侵扰，这一局面极大刺激了西方天主教国家封建制度的成熟和经济上的自给自足。[76]
此外，一些现代史学家认为这场战争一个重要的影响是加剧了罗马与君士坦丁堡的紧张关系。当拜占庭帝国在为抵抗穆斯林而奋斗时，它已无法再提供曾经给予教皇的保护。托马斯·伍兹认为，拜占庭皇帝“不断地干涉教会，而自己国家的能力有限”。[77]公元8世纪和9世纪的破坏圣像之争是“罗马天主教会投入法兰克人怀抱”的关键因素。[57] 所以，有人认为查理大帝是穆罕默德的间接产物：“若没有伊斯兰教，就不会有法兰克王国的存在；没有穆罕默德就没有查理曼大帝。”[78]
神圣罗马帝国与拜占庭帝国的关系之后十分紧张。巴西尔写了封非常愤怒的信给神罗皇帝，谴责他篡取了罗马皇帝的称号[79]，法兰克人的统治者最多只能是个国王，只有东部帝国的统治者，也就巴西尔他自己，才可以用罗马皇帝的称号。