第四章 FlowJo软件荧光补偿
在做多色流式实验的时候，荧光补偿是必需进行的步骤。FlowJo可以根据荧光补偿单染对照管的数据生成补偿矩阵，并可以对补偿矩阵进行调整。
一、用FlowJo做荧光补偿并进行数据分析的步骤
1. 在补偿编辑器中导入单染管的数据并生成荧光补偿矩阵 2. 将补偿矩阵应用到组，对组里面的所有数据进行荧光补偿 3. 对补偿过的参数轴启用双指数转换功能
二、FlowJo荧光补偿的具体步骤
如果荧光补偿单染对照的数据很好，阴性细胞群和阳性细胞群的分群很明显，只需要将单染管的数据导入FlowJo的补偿编辑器里，FlowJo能自动设门，界定出阴性细胞群和阳性细胞群，并计算出荧光补偿矩阵。操作非常简单，下面的4个步骤便可完成荧光补偿： 视频教程可以在线观看：
http://www.video.flowjochina.com/v75 Compensation_conv.html 1. 将数据拖入FlowJo工作台。
演示数据为：3 color comp数据，为三色实验的数据。Cy5PE comp.fcs, FITC
comp.fcs, PE comp.fcs为单染对照管数据；3-COLOR.FCS为样本数据，同时染了Cy5PE, FITC, PE
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2. 到工作台菜单栏的“窗口”栏选择“打开补偿编辑器”，打开后如下图所示。点
击单染管对应的Sample列，在弹出的下拉列表中选择对应的单染管数据。比如在下图的例子中，在Flour单染管中导入FITC comp.fcs
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3. 按照步骤2中的方法，在3个单染管中都导入对应的数据之后，FlowJo能自动
进行设门，界定出阳性细胞群和阴性细胞群，并计算出荧光补偿矩阵。如下图所示：
4. 将补偿矩阵应用到所有样本进行荧光补偿：在工作台的组空间中选中需要进
行荧光补偿的组，到补偿编辑器的菜单栏中选择“补偿 > 添加到组”，
对该组的所有数据进行荧光补偿，补偿过的数据前面带有所示：
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标志，如下图
如果某个单染管的数据不是很理想(poor control )，FlowJo不能自动界定出阴性细胞群和阳性细胞群，比如下面的实例： 操作步骤：
1. 按照上面的步骤1,2,3操作之后，如果出现一些设门的意外情况的话，如此组
数据中：FlowJo没能自动界定出PE单染管的阴性细胞群和阳性细胞群。
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1) 2)
单击选中工作台样本空间中PE单染管下的cw_Size节点，将其删除 右键单击补偿编辑器中的单染管出，点击“Clear”，将错误添加进去的单染管数据清除，如下图所示：
2. 将错误界定的细胞群以及错误添加到补偿编辑器的数据清除之后，我们需要
自己手动设门，界定出单染管的阴性细胞群和阳性细胞群，并手动将其添加到补偿编辑器。按以下步骤操作： 1)
在工作台样本空间中双击PE单染管，在FSC/SSC点图中，界定出目标细胞群（淋巴细胞）
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