生物产生的代谢产物(具有絮凝功能且能被 自然降解的高分子有机物)像糖蛋白、粘多糖、纤维素、DNA等，分子量多在105以上；有些则直接利用微生物细胞，比如某些大量存在于土壤、活性污泥和沉积物中的细菌、霉菌、放线菌和酵母菌等，本身即可用作絮凝剂；还有些是从细胞壁提取的，像葡聚糖、甘露聚糖、蛋白质和N乙酰葡萄糖胺等均可作为絮凝剂使用．能够分泌絮凝剂的微生物称为絮凝剂产生菌，至今发现的具有絮凝性的微生物至少有19种引，其中霉菌8种，细菌5种，放线菌1种，最具代表性的有酱油曲霉 用其生产的絮凝剂为AJ7002；有拟青霉属微生物，生产的絮凝剂为PF101；另外还有目前最好的絮凝剂红平红球菌，生产的絮凝剂为 NOC1已问世。絮凝剂应用主要体现在以下几个方面：
(1) 畜产废水的处理。畜产废水的BOD高，处理困难，用高分子絮凝剂处理，虽有较好的处理效果，但存在二次污染。用微生物絮凝剂可以有效地去除畜产废水中的TOC和T N，去除率分别在70%和40%左右，并且处理后的废水是无色澄清的。
(2)废水的脱色。目前废水处理技术虽能将BOD降低，但对可溶性色素溶液的脱色还缺乏有效的方法。采用 R.erythroplis 生产的微生物絮凝剂不仅具有絮凝沉淀效果，而且对高分子絮凝剂不能去除的着色物质也有优异的脱色效果。
(3)污水沉降生能的改善。微生物絮凝剂能有效改善污泥沉降性能，防止污泥解絮，提高整个处理系统的效率。由红平红球菌制得的微生物絮凝剂加入已发生膨胀的活性污泥中，可以使得污泥的SVI-1从290降到50，可以应用到给水处理，饮料以及食品医疗的发酵的处理工艺，其它更广泛的领域有待开发。