IRMOF1.Methane.res # Restart File to write to
IRMOF1.Methane.con # Configuration File
首先，这个文件里出现的，#后面的内容为标注内容，可有可无，但是推荐使用，因为便于日后检查，其次，里面有的空行是必须存在的，不知道理由，反正空了就不会错，不空有时会影响程序运行，反正按照这个贴出来的格式就不会错，最后，--------XXX-----------也是必须的，是用来标注不同的数据，以便于程序读取。此外，每个块的顺序最好不要改变。
总体信息： 1、任务的描述，这行随便写什么，自己能看懂就行，但是必须写，不然影响整体数据读入。（1，表示对应这个部分的第1行，下同）
2、循环的次数，这个数值是对应于文献里提到的“总共使用XX步MC尝试来计算”，数值越大，计算得到的结果越稳定，当你尝试程序是否可行时，使用较小的数字比较好；当用来计算写论文时，至少100万步以上比较合适。
3、每XX步写入一次日志文件，这里的日志文件使用来记录计算过程中的一些信息，个人感觉像飞机上的黑匣子，如果计算报错，或者结果匪夷所思，就可以查看日志文件。这个数值不宜过小，因为信息太多，写入硬盘很耗时，影响整体计算时间。一般每个计算记录1～10次即可，即总步数/记录次数=这个数值。
4、每XX步写入一次crash文件，这个文件是用于记录写入文件时正在进行计算的各个参数，如果你的计算机碰到了断电，死机，或者对计算结果不满意（由于总计算步数不足导致），均可以使用以这个文件为初始，继续算下去。这样可以节省很多时间。如果你不需要，那么和总步数一致就可以。
5、每XX步写入一次config文件，这个文件是用来计算迭代过程中，每若干步时整个分子的构型，是一个很重要的文件，后期计算吸附热，换算等温线都会使用到他，建议这个数值取为总步数/100000比较合适，当然，构型记录的越多，也费时。这个数值对应于文献中提到的“每XX步输出一次构型。”
6、这个数值是config文件与crash文件生成文件名的后缀，如果设置为1，那么运算时，生成XXX.1 YYY.1。在计算多个点的时候，这个数字比较有用。 7、随机函数的种子，一般随便娶个数字，固定不变就行。
8、这个数值在这个版本的music里已经没用了，但是需要写，随便放着就OK了。 9-10、生成的config文件与crash文件的名称的基础，实际生成的文件名会在后面加上6提到的数值.
------ Atomic Types -------------------------------------------------- 5 # number of atomic types
Methane # atom type
Methane.atm # basic atom info file
Carbon # atom type
Carbon.atm # basic atom info file
Oxygen # atom type Oxygen.atm # basic atom info file
Hydrogen # atom type
Hydrogen.atm # basic atom info file
Zinc Zinc.atm
原子类型：这个部分比较简单
1、这里的数字是计算所需要使用到的所有的原子文件的个数，包括吸附质和吸附剂，这里用的是5，甲烷，碳，氢，氧，锌。
2、原子的名称，这个名称得和前面提到的原子文件里的Atom_Name保持一致，不然会报错。
3、该原子文件的文件名，程序会在前面提到路径文件里设定路径里寻找，如果找到了调用，找不到就报错。
------ Molecule Types -------------------------------------------------
2 # number of sorbate types Methane # sorbate Methane.mol # sorbate coordinates file
IRMOF1 # sorbate
IRMOF1.mol # sorbate coordinates file 和原子类型一样，不再赘述。
------ Simulation Cell Information ------------------------------------
IRMOF1 # Fundamental cell file 2, 2, 2 # No. of unit cells in x, y, z direction 1, 1, 1 # (1 = Periodic) in x, y, z 模拟晶胞信息：
1、这个得和前面介绍的吸附剂的分子文件里Molecule Name保持一致。
2、计算时采用的晶胞个数，一般是越多，计算结果的稳定性越好，但是越费时，目前主流的水平是采用2×2×2，也就是这里的设置。 3、边界周期性设置，这个概念不详细说，只有1和0两种选择，1是采用周期性边界设置，0是不采用，如果采用，会减小计算量，一般推荐在3个方向均使用。
------ Forcefield Information ------------------------------------------- BASIC SPC
atom_atom_file_UFF # atom-atom interaction file sorb_sorb_file_UFF # sorbate-sorbate interaction file
intramolecular_file # intramolecular interaction file/specification 力场信息：
1、不做解释，一般都是用BASIC这个关键词。
2、表明计算时储存的等级，至今也不明白具体含义，反正SPC就行。
3-5、分别写出前面提到的原子-原子文件、分子-分子文件，分子内部作用文件的文件名。
------ Ideal Parameters -----------------------------------------------
Ideal # Equation of State 1 # no. of sorbates Methane # Sorbate Name
理想气体参数：
1、采用的状态方程的名称，目前似乎只有Ideal可用
2、吸附质的个数，这里是1，如果计算多组分，有几个组分就填几，记住，不包括吸附剂。
3、吸附质的名称，多组分情况会日后介绍。
------ GCMC Information ----------------------------------------------- 1 # No. of iterations
298. # temperature
Ideal Parameters # Tag for the equation of state (NULL = Ideal Gas) 15 # No. of simulation points 5000 # Block size for statistics 1 # no. of sorbates -------------------------
Methane # Sorbate Name
1,1000 # pressure
Null # sitemap filename (Null = no sitemap) 3 # no of gcmc movetypes 1.0, 1.0, 1.0 # move type weights RINSERT # type of move.1 RDELETE # type of move.2 RTRANSLATE # type of move.4
0.2, 0 # Delta Translate, adjust delta option (0=NO, 1=YES) GCMC信息：
1、迭代的次数，一般就是1，这个和总体信息的迭代次数不同，设置1就行了。 2、吸附时的温度，单位是K。
3、状态方程的标签，默认就是用Ideal Parameters。
4、计算的点数，如果是1，就是计算单点吸附情况，如果是多个，就是计算吸附等温线。
5、统计的块，块分的多，有利于对迭代过程中的数值进行数值统计，有利于统计平均更加稳定，但是前提是足够多的迭代步数。
6、吸附质的个数
7、这段横线是必须的，保留就行。
8、吸附剂的名称
9、这里的压力，其实是逸度，关于逸度解释可以看我的这个帖子：http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=1112118。
这里不做多数，当前面的计算点数是1时，这里就应该是一个数，如果前面的点是N个的话，这里如果给出两个数，那么程序会自动以这两个数为下限和上限，进行对数插值，生成N个对应的数据点。一般如果点太多的话，建议使用fugacity.dat文件，这个以后再讲。
10、一般就写NULL，个人也没弄清具体含义。 11、采用GCMC尝试的种类，有几种就写几。前提是必须和下面的对应上，不然会报错。
12、采用的随机插入尝试，MUSIC提供了3中插入尝试，随机插入RINSERT，偏倚插入BINSERT，构型偏倚插入CBINSERT，第一种适用于小分子吸附；第二种适合比较大的分子，如苯这些原子较多的分子，但是需要使用map，这个之后讲；第三种常用于长链烷烃，
包括直链烷烃和支链烷烃。（后两种插入方式以后讲，这次用RINSERT足够，书写格式就是上面所示的）
13、对应的删除分子的尝试，和插入方式要对应，上面用什么方式，下面就是什么方式，有RDELETE，BDELETE，CBDELETE三种。
14、平移一个分子，这里有RTRANSLATE和FTRANSLATE可用。后者是只能移动一定范围，前者是随机位置的平移。针对于具体体系使用不同的尝试方式。
15、移动的幅度，是否矫正。一般移动的幅度不易过大，不宜收敛稳定，移动幅度过小，费时。0.2比较合适，随机平移时，一般不采用矫正移动。
因为甲烷被假设为一个伪原子，所以不存在旋转。这里一共是3中MC尝试。
------ Configuration Initialization ------------------------------------- Methane # Sorbate_Type GCMC NULL
IRMOF1 # Sorbate_Type FIXED NULL 构型初始化：
这里是写入构型初始化信息，需要罗列每个物质。
1、吸附质的名称
2、如果是全新开始算，吸附质对应的就填写GCMC，表示用GCMC插入获得构型，如果接着之前的结果继续算（由于断电等因素），这里就填写
RESTARTFILE XXX
XXX前面提到的crash文件的文件名。
3、吸附剂的名称
4、如果把吸附剂认为是刚性的结果，就选择FIXED，一般选择FIXED。 -------- Main Datafile Information --------
Energy, position, pair_energy # contents of datafile
写在config文件里的内容，对于MC计算，包括能量，原子的位置坐标等
好了，计算这个实例所使用到的文件基本介绍完了，如果你也想尝试，我可以把这写文件压缩上传。
下面我们开始计算，打开一个终端，进入到控制文件和gcmc.exe共同存在的文件夹下,下载得到的分子分子作用文件还得改一下，上下都改成一样的。路径也得改成自己机器的路径。
>> $ source set_path
>> $ ./gcmc.exe gcmc.Methane.IRMOF1 >out.log
这样程序就会开始运行。贴上我计算的结果，和文献中的数据比较情况。
298K下IRMOF-1吸附甲烷的吸附等温线比较，Snurr就是我们说的Snurr课题组的文献，Yang and Zhong是北京化工大学的阳庆元和仲崇立课题组。
文献参考如下：
(1) Yang, Q. Y.; Zhong, C. L. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 17776. (2) Duren, T.; Snurr, R. Q. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15703.
至于我说的这个实例的文件包，大家可以到这个网盘上下载 http://www.163pan.com/files/30700020y.html
文件名称:
gcmc.zip Quote:
Originally posted by chengxuan at 2010-03-09 14:39:03: 天啊，写的太详细了，太好了。忍不住顶一下。
请教你一个小问题哦！你提到在断电时可以用crash文件接着算，我这就断过两次电，结果都是从第一步开始算的，那样很浪费时间，今天看到你这个贴，真的很开心，又学到 ...
恩，改成这样，就可以从上次计算的结束时开始计算下去，比较省事。 Methane # Sorbate_Type RESTARTFILE XXX
IRMOF1 # Sorbate_Type FIXED NULL
Extra section in control file
不少虫子都问我如何用music求snapshot，那么就借着这个机会，将music控制文件中的extra部分介绍一下，当然，这部分有很多，我主要介绍和MC有关的部分。
A、movie information
这部分是用来获得MC过程中截图的，如果你只取少量的几个截图，并且一次只展示一个瞬间的构型，那么就是文献中所说的snapshot，如果你将几百几千个截图放在一起展示，那么就是文献中通常展示的density distribution图，其实原理是一样的，如果你做的吸附剂吸附量比较大，某一瞬间的截图中包含的吸附质分子比较多，便于研究优先吸附位等规律的时候，就用snapshot，如果吸附量比较小，假设一个吸附剂总共就有两个吸附质分子（在吸附大分子时尤为明显），那一个瞬间的截图肯定是无法研究规律的，那么就需要使用density distribution图，通过统计大量的截图中吸附质的位置，来研究这些性质。
如果你要计算这个，那么就不能计算一个等温线，建议在压力那行只写上一个数字，做fixed pressure计算。其他的不用改变，在gcmc.ctr文件最后放加上这么一块内容： ------ Movie Information ---------------------------------------------- movie.xyz # Movie filename
10000, 2000 # Starting step, ending step 100 # Steps between frames Yes # Include zeolite in movie
1, 1, 1 # Number of unit cells to dump in x, y, z directions 首先这个标题还是一样不可或缺，不然系统无法识别
1、Movie文件名，这个随便定义，只要自己识别就好，后缀其实无所谓，但是为了在Windows在使用可视化软件方便，推荐用xyz后缀。
2、开始做截图的起始和结束步数，一般不推荐从第一步开始，因为还没有平衡，推荐从一半后开始，取多少步随便你，哪怕是10001到10002也行。 3、每多少步写入movie.xyz文件一次，这里就是做density distribution图的人要用到的了，你所获得的截图数是(ending-starting)/steps between frames，这和前面写入con文件的道理是一样的。 4、Movie文件里是否包含骨架原子的坐标，写yes/no，一般做snapshot选择yes，做density