含燧石结核的生物碎屑灰岩
孤峰组（P2g）：
按岩性可分为三部分，下部和上部主要为黄、灰色薄层泥岩或页岩，中部为黑色薄层硅质岩。本组以放射虫硅质岩发育及泥岩沉积为特征，生物主要以营漂浮生活的硅质放射虫和游泳生物菊石为主，显示沉积环境水动力条件弱，水体深，应为海洋深水盆地相。发现菊石化石。
实习区厚25米，与下伏栖霞组整合接触。 龙潭组（P3l）：
按岩性、化石及含煤情况分成上下两段。
下段厚约54米，可分为三部分。下部灰黄、黄褐、棕色中薄层泥岩、粉砂质泥岩、细粒岩屑长石石英砂岩，上部夹红褐色薄层硅质结核层，厚约23.5m。上部灰黄、灰黑色薄层泥岩、页岩、顶部为一厚约0.5米的薄煤层，厚约27.5米。顶部黄褐、红褐色薄层铁质细粒石英砂岩，局部相变为灰岩透镜体，厚约3米。
上段以灰紫色页岩、黑色薄层硅质岩、薄层含铁质泥岩为主，局部夹黄褐色钙质细纱岩、含铁质粉沙岩，厚约11米。
本组在实习区厚度为77.67m，与下伏孤峰组整合接触，上以大隆组紫色页岩出露为界。
大隆组（P3d）：
本组与龙潭组、孤峰组主要分布于实习区向斜核部，易风化形成低洼地形。 本组按岩性可分为三部分：
下段灰黑色薄层硅质岩、碳质硅质岩夹紫色页岩、碳质页岩，底层有一薄层岩屑，中部紫灰色泥岩夹深灰。灰黑色碳质页岩、硅质页岩，上部灰黑色薄层硅质碳质泥岩，近顶部夹灰质白云质泥灰岩。
本组与下伏龙潭组为整合接触，在实习区厚20.48m。
2.3中生界地层
2.3.1三叠系（T） 殷坑组（T1y）：
岩性主要以黄绿色页岩、钙质泥岩为主，局部夹灰色薄层泥灰岩。发育韵律层理、水平层理，富含动物化石菊石双壳类等。沉积环境为陆鹏浅海较深水沉积。
实习区厚度为83.76m，与下伏大隆组整合接触。 和龙山组（T1h）：
本组岩性主要为灰色薄—中厚层微晶灰岩、瘤状微晶灰岩与黄绿色钙质页岩互层，灰岩中水平层理发育
实习区本组厚度为21.24m，与下伏殷坑组整合接触。 南陵湖组（T1n）：
本组岩性主要为中厚—厚层微晶石灰岩，局部夹薄层泥灰岩、瘤状灰岩。生物以游泳的鱼龙类、菊石类为特征，属陆棚斜坡环境沉积。
实习区厚度为170m，与下伏和龙山组整合接触。
链状泥晶灰岩
2.3.2侏罗系（J）
巢湖地区侏罗系主要为陆相碎屑岩、火山碎屑岩。 磨山组（J1m）：
岩性主要为灰白、灰黄中厚—厚层中细粒、粗粒长石砂岩、长石石英砂岩、岩屑砂岩、岩屑长石砂岩，夹粉砂岩、粉砂质泥岩。
实习区内，侏罗系出露零星，仅铸造厂附近，俞府大村出露部分地层，但现已大多被建筑物覆盖。
磨山组岩屑砂岩
2.4新生界地层
第四系沉积在巢湖市地区覆盖了一定的面积，沉积类型较多为：早更新世的残积与冲积、中更新世的冰川、冰水堆积、晚更新世的冲积物以及全新世的冲积与湖积类型，其中尢以早一中更新世的洞穴堆积更为重要，近年来在巢北地区的猫耳洞、巢南地区的银小村后山坡皆发现重要的动物群化石，对确定时代及了解第四世早、中期下扬子区古生态、古气候、古地理具有重要意义。
巢湖北部地区第四系一般发育于南侧，山区内有坡积物（受溪流切割可见完整剖面）。由含砾石或砾块及含砂砾粘土组成，可达3-4m厚；山坡边的倒石堆，河谷中及四康医院附近的冲积物、砾石或含砾粘土、粘土呈层状排列。近巢湖湖滨有河流-湖泊沉积物，以含砂或砾石亚粘土、亚砂土、亚粘土等组成。由于化石发现不多，因此其时代根据邻区对比而定。另外碳酸盐区含不少洞穴堆积。
表1巢湖凤凰山地区地层划分简表
界 系 统 新第生四 界 系 组 代号 厚度m 岩性及化石 ＞10 Q 河湖相砂、砾、粘土及坡积物。 侏磨山组 下J1m ＞450 罗统 系 河流沼泽相岩屑长石砂岩、石英砂岩、泥岩及煤线，底部为石英砾岩。含植物、鱼类等化石。 中生界 中东马鞍T2d ＞18 统 山组 三叠系 下南陵湖T1n 统 组 156~258 下段：灰白色或紫色薄—中厚层泥晶粉晶白云岩夹薄层微晶石灰岩，见多层膏溶白云质角砾石灰岩。 中－厚层微晶灰岩，局部夹薄层泥灰岩、瘤状灰岩及砾屑灰岩。 下段：黄绿色、紫红色薄层瘤状灰岩与钙质泥岩互层； 和龙山T1h 组 21~36 上段：深灰色薄至中厚层灰岩夹黄绿色薄层泥质灰岩及页岩。 殷坑组 T1y 84 黄绿色页岩、钙质泥岩为主，局部下段：黑色页岩夹黄褐色薄层硅质岩； 上段：灰黑色页岩与泥灰岩互层。夹薄层泥质灰岩。 大隆组 P3d 13~24 下段：黑色页岩夹黄褐色薄层硅质岩；上段：灰黑色页岩与泥灰岩互层。 龙潭组 P3l 二上叠统 系 孤峰组 P2g上古生界 65~131 下段：砂岩夹碳质页岩及煤线；中段：粉砂质泥岩、泥质粉砂岩夹煤线；上段：生物碎屑灰岩。 28~54 下段：灰色泥岩或页岩，含有磷结核；中段：黑色薄层放射虫硅质岩夹紫色泥页岩互层；上段：泥页岩段，顶部为一层磷结核。菊石化石丰富。 下段：下部：碎屑岩夹劣质煤；上部：臭灰岩层； 栖霞组 P1q 148~234 上段：下部：下硅质层；中部：含生物泥晶灰岩层； 上部：上硅质层；顶部：灰岩层。蜓类、珊瑚、腕足类。 船山组 C2c 7~8 石上炭统 系 黄龙组 亮晶生物碎屑灰岩、亮晶球粒石灰岩，夹泥晶灰岩。 C2h 40~50 上部紫红色亮晶生物碎屑灰岩，下部浅灰、肉红色生物碎屑灰岩与微晶灰岩。