自动化系生物信息学二级学科 攻读工学博士学位研究生培养基本要求
（适用于2009级博士生）
一、 适用学科
控制科学与工程 (Control Science and Engineering，工学门类，学科代码 081100) 下的生物信息学二级学科 (Bioinformatics Program，学科代码 081107)。
二、 培养目标
培养攻读“生物信息学”二级学科博士学位研究生应坚持德、智、体全面发展，要求他们做到：
1、进一步学习和掌握马列主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想；热爱祖国，遵纪守法，诚信公正，有社会责任感。
2、掌握“生物信息学”二级学科领域坚实宽广的基础理论和系统深入的专门知识；熟练地掌握一门外国语；具有独立从事学术研究工作的能力；在生物信息学领域做出创造性的成果。
3、具有健康的体格。
三、 培养方式
1、 博士生的培养方式以科学研究工作为主，重点培养博士生独立从事学术研究工作的能力，并使博士生通过完成一定学分的课程学习，包括跨学科课程的学习，系统掌握生物信息学领域的理论和方法，拓宽知识面，提高分析问题和解决问题的能力。
2、 博士生的培养工作由导师负责，并实行导师个别指导或导师负责与指导小组集体培养相结合的指导方式，一般不设副导师。如论文工作特殊需要，经审批同意后，导师可以聘任一名副教授及以上职称的专家担任其博士生的学位论文副指导教师。为适应生物信息学领域交叉学科研究的特点，导师可以成立有相关学科导师及校内外专家参加的指导小组，必要时可聘请相关学科的博士生导师作为联合指导教师，共同指导其博士生。
3、 副导师、联合指导教师、指导小组成员经系主管负责人审查批准后，报校学位办公室备案。
四、 知识结构及课程学习的基本要求
1、知识结构的基本要求
A、掌握生物信息学领域坚实宽广的基础理论，做到灵活应用，能够解决有关科学技术问题； B、掌握生物信息学领域必要的专业基础知识，做到融会贯通，能够创造性地解决问题； C、掌握生物信息学领域有关的前沿动态，在跟踪领域前沿的基础上提倡原创性的工作；
D、掌握一定的交叉学科知识，鼓励开展跨学科特别是新兴交叉学科的研究。 2、课程学习及学分组成
A、直博生。攻读博士学位期间，要完成本学科规定的各项培养环节和要求，需获得学位学分不少于35（考试学分不少于25）。自学课程学分另记。相关学分要求及课程设置见附录一。
B、普博生。攻读博士学位期间，要完成本学科规定的各项培养环节和要求，需获得学位学分不少于16（考试学分不少于11）。自学课程学分另记。相关学分要求及课程设置见附录二。
五、 主要培养环节及有关要求
1、制定个人培养计划
博士生培养计划包括课程计划和论文工作计划两部分。课程计划在入学三周内完成，经导师签字后报系业务办公室备案。计划执行过程中如因特殊情况需要变动，须征得导师同意后，在每学期选课期间修改。修改后的课程学习计划，经导师及系主管负责人签字后送系业务办公室备案。
论文工作计划在导师指导下完成。内容包括：研究方向、文献阅读、选题报告、科学研究、学术交流、学位论文及实践环节等方面的要求和进度计划。论文工作计划在入学后三个月内完成。
直博生的学习年限一般为4－5年，普博生的学习年限一般为3－4年。 2、选题报告与资格考试
博士生的资格考试结合选题报告主要以口试的方式进行，每学期组织一次，由博士生本人提交书面申请，业务办公室统一安排。资格考试委员会由5-7名具有高级技术职称的教师组成。博士生首先要作论文选题报告，由资格考试委员会就选题报告内容、基础理论、专业知识、学科发展方向及其它有关问题提问，对博士生应具备的学科知识（包括基础理论和专业知识）、综合素质和能力进行全面考核。详见《自动化系博士生资格考试方案》。
选题报告应包括文献综述、论文选题及其意义、主要研究内容、可行性、工作特色及难点、预期成果及可能的创新点、论文工作计划、发表文章计划等。评审通过的选题报告以书面形式交系业务办公室备案。在论文研究工作过程中，如果论文课题有重大变动，应重新做选题报告。
选题报告与资格考试一般在博士生入学后第三学期初（直博生在入学后第五学期初）完成。 3、社会实践
按照“清华大学研究生社会实践管理条例”执行。 4、学术活动与学术报告
实行博士生学术报告制度。博士生在学期间必须参加30次以上一级或二级学科的学术活动；至少有一次在全国性或国际学术会议上宣读自己撰写的论文。学术报告记录表由导师签字，申请答辩前交研究生科记载成绩。博士生完成规定的学术报告并取得要求的学分后方可申请答辩。 5、论文中期检查
学位论文实行中期检查制度。在研究生学位论文工作的中期，研究所组织考查小组（3-5人组成）对研究生的综合能力、论文工作进展以及工作态度、精力投入等进行全方位的考查。通过者，准予继续进行工作。博士生的论文中期检查可与学术报告统筹安排。
6、学术论文发表的要求
博士生在学期间应积极进行课题的研究工作，并及时将研究成果总结为学术论文进行发表。博士生在申请论文答辩时发表学术论文的质量及数量需达到下列标准之一：
1． 发表一篇学术论文，SCI收录，影响因子大于等于5；
2． 发表两篇学术论文，均为SCI收录，累计影响因子大于等于7；
3． 发表三篇学术论文，其中至少有两篇为SCI收录，其余为EI或核心刊物收录；
4． 在核心刊物上发表至少四篇论文。其中至少有一篇发表在SCI收录的期刊上，或有两篇发表在EI收录的期刊
上（其中一篇可以是已被EI收录的国际会议论文）。 发表的学术论文必须与博士学位论文工作有关，并以第一作者署名（当第一作者为导师时，可为第二作者）。详细
说明参见《研究生在学期间发表论文基本要求》。
7、最终学术报告
在博士学位论文工作基本完成以后，至迟于正式申请答辩前三个月，做一次论文工作总结报告，具体要求见《清华大学攻读博士学位研究生培养工作规定》。
六、 学位论文工作及要求
1、 博士学位论文是博士生培养质量和学术水平的集中反映，应在导师指导下由博士生独立完成。
2、 博士学位论文应是系统完整的学术论文，应在科学上或专门技术上作出创造性的学术成果，应能反映出博士生已经掌握了生物信息学领域坚实宽广的基础理论和系统深入的专门知识，具备了独立从事教学或科学研究工作的能力。
3、 学位论文工作时间按研究生院的有关规定执行。
附录一、直博生修读科目及学分要求
攻读博士学位期间，研究生需获得学位要求学分不少于35（考试学分不少于25）。 1、公共必修课程（6学分）
（1）马克思主义理论课程（≥4学分，考试）
? 自然辩证法
? 现代科学技术革命与马克思主义 （2）第一外国语（2学分，考试）
? 博士生英语（或其他语种）
2、学科专业要求课程（学分不少于24）
（1）基础理论课（至少2门，≥ 7学分，考试）
? 应用随机过程 （60420094） 4学分 （考试） ? 基础泛函分析 （60420144） 4学分 （考试） ? 随机过程 （60230014） 4学分 （考试） ? 系统与控制理论中的线性代数 （60250013） 3学分 （考试） ? 矩阵分析与应用 （60250113） 3学分 （考试） ? 组合数学 （60240013） 3学分 （考试） ? 高等数值分析 （60420024） 4学分 （考试） ? 应用近世代数 （60420153） 3学分 （考试） ? 分形几何 （80420123） 4学分 （考试） 注：经学位分委员会主席批准，可在导师指导下选择数学、物理、及生物类研究生课程。 （2）专业基础课（≥ 7学分，考试）
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实验设计与数据处理 统计学方法及其应用 模式识别 智能技术基础 信息论基础
最优化理论与应用 线性系统理论 非线性系统理论 系统辨识理论与实践
（60420123） （70250383） （70250043） (90250072) （70250222） （70250293） （70250023） （70250253） （70250283）
3学分 3学分 3学分 2学分 2学分 3学分 3学分 3学分 3学分
（考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试）
（90640012） 2学分
（考试）
（60610012） 2学分 （90610042） 2学分
（考试）
（考试）
多传感器融合理论与应用 （70250302） 2学分 （考试） 自动测试理论 （70250273） 3学分 （考试） 现代信号处理 （70250033） 3学分 （考试） 系统与控制中的随机方法 （70250362） 2学分 （考试） 应用软件系统分析与设计 （60250023） 3学分 （考试） 系统学 （70250063） 3学分 （考试） 系统分析理论与方法 （70250262） 2学分 （考试） 系统建模理论与方法 （70250212） 2学分 （考试） ? 凸优化 （70250403） 3学分 （考试） ? 离散优化 （70250413） 3学分 （考试） 注：经学位分委员会主席批准，可在导师指导下选择其它相关的研究生课程。 （3）专业课程（≥ 6学分，其中考试学分≥3）
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生物信息学与功能基因组学 基因分子生物学 蛋白质折叠机理 生物物理前沿 生物工程前沿 发育生物学进展
生物大分子结构与功能
细胞信号转导与疾病的发生 药理学与药理实验技术 生物波普学 基因分子生物学
肿瘤生物学专题讨论课
细胞骨架、细胞运动及人类疾病 现代生命科学与生物技术实验 生物医药工程前沿
医学免疫新技术与新发展 算法与算法复杂度理论 统计学习理论导论 计算分子生物学引论 生物信息学专题
科学精神、道德与表达
英文科技论文写作与学术报告
（80450252） （70450022） （80450192） （70450043） （70450083） （80450232） （70450033） （80450222） （80450242） （70450013） （70450022） （90450041） （70450162） （60450014） （84000052） （84000032） （70240193） （80250272） （80250553） （80250682） （70250371） （60250101）
2学分 2学分 2学分 3学分 3学分 2学分 3学分 2学分 2学分 3学分 2学分 1学分 2学分 4学分 2学分 2学分 3学分 2学分 3学分 2学分 1学分 1学分
（考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （报告） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考试） （考查） （考查）
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