头处插入章、节号（注意：如果是连续章节编号，则选“New Chapter Number”，自动延续章节编号，修改起来就方便了），论文一般只需要按章编号，所以插入章编号即可，插入时应放在正文中第一个公式的编号处，以方便查找，不要放在标题处，否则自动生成目录时要手工删除。
公式编号的引用只需把把光标放在要引用的地方，点“Insert Equation Reference”按钮，然后双击要引用的公式编辑器生成的编号即可。
另外，Mathtype有一个“Insert Right-Numbered Display Equation”按钮，可以直接插入公式和公式编号，公式居中，编号右对齐。
四、目录的制作
目录是用来列出文档中的各级标题及标题在文档中相对应的页码。首先介绍Word的一个概念：大纲级别。Word使用层次结构来组织文档，大纲级别就是段落所处层次的级别编号，Word提供9级大纲级别，对一般的文档来说足够使用了。Word的目录提取是基于大纲级别和段落样式的，在Normal模板中已经提供了内置的标题样式，命名为“标题1”、“标题2”，?，“标题9”，分别对应大纲级别的1－9。我们也可以不使用内置的标题样式而采用自定义样式，但有点麻烦。下文中的目录制作方法直接使用Word的内置标题样式，关于自定义
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样式的方法请参阅Word的帮助文档（视图菜单→文档结构可显示与将要生成目录结构相同的文档结构）。 目录的制作分三步进行。
1) 修改标题样式的格式。通常Word内置的标题样式不符合论文格式要求，需要手动修改。在菜单栏上点“格式︱样式”，列表下拉框中选“所有样式”，点击相应的标题样式，然后点“更改”。可修改的内容包括字体、段落、制表位和编号等，按论文格式的要求分别修改标题1－3的格式。
2) 在各个章节的标题段落应用相应的格式。章的标题使用“标题1”样式，节标题使用“标题2”，第三层次标题使用“标题3”。使用样式来设置标题的格式还有一个优点，就是更改标题的格式非常方便。假如要把所有一级标题的字号改为小三，只需更改“标题1”样式的格式设置，然后自动更新，所有章的标题字号都变为小三号，不用手工去一一修改，即麻烦又容易出错。关于如何应用样式和自动更新样式，请参考Word帮助。
3) 提取目录。按论文格式要求，目录放在正文的前面。在正文前插入一新页（在第一章的标题前插入一个分页符），光标移到新页的开始，添加“目录”二字，并设置好格式。新起一段落，菜单栏选“插入→引用→索引和目录”，点“目录”选项卡，“显示级别”为3级，其他不用改，确定后Word就自动生成目录。若有章节标题不在目录中，肯定是没有使用标题样式或使用不当，不是Word的目录生成有问题，请去相应章节检查。此后若章节标题改变，或页码发生变化，
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只需更新目录即可。
注：目录生成后有时目录文字会有灰色的底纹，这是Word的域底纹，打印时是不会打印出来的。在“工具︱选项”的“视图”选项卡可以设置域底纹的显示方式。
五、参考文献的编号和引用
参考文献的标注最好用EndNote9.0，支持中文，自动更新，修改方便快捷，一劳永逸。Endnote安装后也会在word中有一个工具条，如果没有，在工具条上点右键，选中即可。
参考文献的标注分为文后的参考文献和文中的参考文献引用，在endnote中表示为：参考文献（Bibilogrphay）和引用（Citation），endnote有很多参考文献样式，但不一定符合自己的需要，可根据自己需要建立自己的样式。参考文献以数据库的方式保存，所以要先建立自己的参考文献数据库（.enl）。参考文献建立好后，在endnote数据库中选中要插入的数据记录（Ctrl和Shift多选），然后返回word将光标置于要插入的地方，点“Insert Selected Citations”即根据设置好的参考文献和引用样式进行标注，并在文档末尾自动生成参考文献。
参考文献样式定义：Edit菜单→Output Styles→New Style打开新建样式窗口，然后根据自己的要求建立参考文献和引用的样式进行定义：
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新建一个样式，在Bibliography的Templates中进行如下定义： Journal Article
Author. Title[J].. Journal. Year, Vol. Volume (Issue) : Pages Thesis
Author. Title[D]: [Degree学位论文]. City: University, Year
Conference Proceedings
Author. Title[C]. Editor, Conference Name. Conference Location: Publisher, Year of Conference. Pages
Book Section
Author. Title
. Book Title. City: Publisher, Year
在Citation的Templates中进行如下定义：
(Author, Year)，这是在正文中标出作者和年月，最终只需要编号即可。
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数据库中新建参考文献，按照不同类型输入相关信息 输出结果：
城市外围的限定[1](Mark W., 2001) （最好标记为红色以方便查找） 参考文献
Horner Mark W., Grubesic Tony H. A GIS-based planning approach to locating urban rail terminals[J]. Transportation. 2001, Vol.12(5): 55-77
每次插入新的参考文献编号都会自动更新，导致运行变慢，如果不要自动更新而是在所有做好后一次全部更新，可在格式设置中仅用更新。
参考文献样式可以导出，Edit菜单→Output Style→Edit 要编辑的样式，然后File菜单选另存为即可（.ens格式），如果要调用保存的样式，需要把样式文件放到endnote安装目录下的style目录（C: Program Files EndNote 9 Styles ）。Edit菜单→Preference→Libaries可以设置自己定义的数据库为默认数据库(Add Open libraries并点
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