3.装饰装修、园林绿化工程由具有相应资质且账务健全的企业施工，但不能提供完整的工程施工图、竣工图、工程量清单、材料苗木清单，建安造价高于当地扣除项目金额标准且无正当理由的；装饰装修、园林绿化工程由无资质企业、个体工商户或个人施工，建安造价高于当地扣除项目金额标准且无正当理由的。
4.房地产开发企业与工程承包企业互为关联企业，建安造价高于当地扣除项目金额标准且无正当理由的。
5.大额工程款采取现金支付或支付资金流向异常的。 第二十三条 审核扣除项目是否符合下列要求：
（一）扣除项目金额应当准确地在各扣除项目中分别归集，不得混淆。
（二）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。
（三）纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用。
（四）对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。
（五）对于分期开发的房地产项目，各期成本费用的归集分配方式应保持一致；如未保持一致的，应根据有关规定作相应调整。 （六）纳税人在限期内未能完整提供扣除项目相关凭证资料且无正当理由的，按当地扣除项目金额标准扣除。
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第二十四条 审核取得土地使用权支付金额和土地征用及拆迁补偿费时应当重点关注：
（一）同一宗土地有多个开发项目，是否予以分摊，分摊办法是否合理、合规，具体金额的计算是否正确。
（二）是否存在将房地产开发费用记入取得土地使用权支付金额以及土地征用及拆迁补偿费的情形。
（三）拆迁补偿费是否实际发生，尤其是支付给个人的拆迁补偿款、拆迁（回迁）合同和签收花名册或签收凭证是否一一对应。
第二十五条 审核前期工程费、基础设施费时应当重点关注： （一）前期工程费、基础设施费是否真实发生，是否存在虚列情形。对房地产开发项目用地属于未“七通一平”的，应对前期工程、基础设施实体的实地审核，特别注意土石方、挡土墙、绿化等工程账实是否相符。
（二）是否将房地产开发费用记入前期工程费、基础设施费。 （三）多个（或分期）项目共同发生的前期工程费、基础设施费，是否按项目合理分摊。
第二十六条 审核公共配套设施费时应当重点关注：
（一）公共配套设施的界定是否准确，公共配套设施费是否真实发生，有无预提的公共配套设施费情况。
（二）是否将房地产开发费用记入公共配套设施费。
（三）多个（或分期）项目共同发生的公共配套设施费，是否按项目合理分摊。
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第二十七条 审核建筑安装工程费时应当重点关注：
（一）发生的费用是否与决算报告、审计报告、工程结算报告、工程施工合同记载的内容相符。
（二）房地产开发企业自购建筑材料时，自购建材费用是否重复计算扣除项目。
（三）按照当地建安造价标准，查核工程费支出是否异常，如有异常，应进一步详细审核房地产开发企业与建筑施工企业签订的建筑工程施工合同、施工企业送审的结算书及房地产开发企业与工程监理公司、施工企业三方签名盖章确认的竣工图等。
（四）对房地产开发企业采用自营方式自行施工建设的，还应当关注有无虚列、多列施工人工费、材料费、机械使用费等情况。
（五）建筑安装发票是否在项目所在地主管税务机关开具，是否存在虚开的情况。
第二十八条 审核开发间接费用时应当重点关注：
（一）是否存在将企业行政管理部门（总部）为组织和管理生产经营活动而发生的管理费用记入开发间接费用的情形。
（二）开发间接费用是否真实发生，有无预提开发间接费用的情况，取得的凭证是否合法有效。
第二十九条 审核利息支出时应当重点关注：
（一）是否将利息支出从房地产开发成本中调整至开发费用。 （二）分期开发项目或者同时开发多个项目的，其取得的一般性贷款的利息支出，是否按照项目合理分摊。
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（三）利用闲臵专项借款对外投资取得收益，其收益是否冲减利息支出。
第三十条 代收费用的审核。
对于县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，审核其代收费用是否计入房价并向购买方一并收取；当代收费用计入房价时，审核有无将代收费用计入加计扣除以及房地产开发费用计算基数的情形。
第三十一条 关联方交易行为的审核。
在审核收入和扣除项目时，应重点关注关联企业交易是否按照公允价值和营业常规进行业务往来。
应当关注企业大额应付款余额，审核交易行为是否真实。 第三十二条 与转让房地产有关税金的审核。应当确认与转让房地产有关税金及附加扣除的范围是否符合税收有关规定。对不属于清算范围或者不属于转让房地产时发生的税金及附加，不应作为清算扣除项目。
第三十三条 纳税人委托税务师事务所审核鉴证的清算项目，主管税务机关应当采取适当方法对有关鉴证报告的合法性、完整性、真实性进行审核。
第三十四条 土地增值税清算审核结束，主管税务机关应当将审核结果书面通知纳税人，并确定办理补、退税期限。
第五章 核定征收
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第三十五条 在土地增值税清算过程中，发现纳税人符合核定征收条件的，应按核定征收方式对房地产项目进行清算。
第三十六条 在审核中发现纳税人有下列情形之一的，经上一级税务机关核准后，实行核定征收。
（一）依照法律、行政法规的规定应当设臵但未设臵账簿的。 （二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的。
（三）虽设臵账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的。
（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的。
（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
第三十七条 主管税务机关应加强核定征收项目的调查核实，严格控制核定征收的范围。纳税人直接转让国有土地使用权的，原则上不得核定征收。
第三十八条 符合上述核定征收条件的，由主管税务机关发出核定征收的税务事项告知书，对房地产项目开展土地增值税核定征收核查，通过向国土部门查询项目土地价格、参照当地扣除项目金额标准、同期同类型房地产销售价格等因素对项目情况进行评估，经主管税务机关集体审议，核定税额后，报上一级税务机关备案，通知纳税人申报缴纳应补缴税款或办理退税。
第六章 清算鉴证
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