gaussian基本概念和用法(4)

2019-03-27 22:35

3。无法收敛、优化和频率计算出错,这就很多了,比如L502,L716,L9999。这就只好具体问题具体分析了。 Range of M.O.s used for correlation: 20 167

NBasis= 167 NAE= 57 NBE= 57 NFC= 19 NFV= 0 NROrb= 148 NOA= 38 NOB= 38 NVA= 110 NVB= 110 Semi-Direct transformation.

ModeAB= 4 MOrb= 38 LenV= 38809382 LASXX= 49931981 LTotXX= 49931981 LenRXX= 101093547 LTotAB= 51161566 MaxLAS= 65294640 LenRXY= 0 NonZer= 151025528 LenScr= 265347674 LnRSAI= 65294640 LnScr1= 136751342 MaxDsk= -1 Total= 568487203 SrtSym= T ITran= 4

File extend in NtrExt1 failed; probably out of disk space. ************************* 呵呵,老大, LINK DIE容易找

但是,比如我上面的出错信息是什么意思啊?

硬盘空间不够了,哥们。 不过你说的对,像NtrExt1之类的,我的确看不懂:( 我在用OPT的一个参数STEPSIZE的时候,从来没有成功过,不知道是为什么? # UHF/6-31 OPT(Stepsize=30) ---------------------------

QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE. # UHF/6-31 OPT(STEPSIZE=30) ' Last state=\TCursr= 9023 LCursr= 15

Error termination via Lnk1e in D:\\G98W\\l1.exe. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.0 seconds.

File lengths (MBytes): RWF= 6 Int= 0 D2E= 0 Chk= 5 Scr= 1 这个贴子最后由helpme在 2004/03/29 04:58pm 第 1 次编辑]

我试了一下,OPT(STEPSIZE=30) 确实不可以用。(网上有人说过)可以用IOp(1/8)来实现。默认的IOP(1/8=30) IOp(1/8)

L103, L109, L112: MAXIMUM STEP SIZE ALLOWED DURING OPT.

0 DXMAXT = 0.1 BOHR OR RADIAN (L103, Estm or UnitFC). = 0.3 Bohr or Radian (L103, Read or CalcFC). = 0.2 Bohr or Radian (L105). = 0.3 Bohr or Radian (L113, L114). N DXMAXT = 0.01 * N

Davidson Disk Diagonalization: ConvIn= 1.00D-03 SkipCon=T Conv= 1.00D-03. Max sub-space: 200 roots to seek: 100 dimension of matrix: ****** Iteration 1 Dimension 100 NMult 100

PrmDim-Cnvrt allocation failure: iend,mxcore= 249095914 104856200

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Error termination via Lnk1e in /usr/local/g03/l914.exe at Fri Feb 27 12:07:12 2004.

这个错误提示是什么意思,我是在SGI工作站上算的,应该没有硬盘问题,我给的内存是1G,NBasis是:1600。哪位大侠能说一下,我用的是zindo来算的。 半经验的方法不一定是内存越大越好

2,你用ZINDO算什么体系啊,很大吗?我也在用,是用来SCAN PES的,没有任何经验,如果您有什么感想,我们分享吧,呵呵

Optimization stopped.

-- Wrong number of Negative eigenvalues: Desired= 1 Actual= 0 -- Flag reset to prevent archiving.

负本征值数目不对,我做过渡态优化时也常遇到。我加上了noeigen,就解决了这个问题,结果也还可以。可是不知道根据是什么,请各位大虾指点

Gaussian98高级注释

Gaussian98高级注释

Mark A. Zottola,David C. Young(阿拉巴马超级计算中心) ****************** 目录

******************

计算电子激发态; 收敛问题的调整 ;自旋污染; 使用赝势; 耦合簇; Gaussian和CBS理论; 精度和CPU时间比较; 练习 计算电子激发态 有很多方法可以计算电子激发态,其中有些就在Gaussian中,虽然它并不是完成这项任务最好的程序。它们在精度、易用性和计算资源需求方面各不相同。全部考虑,有下面这些: 1. 通过改变多重度,计算不同于基态自旋的第一激发态。

2. CIS计算,使用CIS关键字。不用选择,自动包含Density关键字,所以布居数分析将反映激发态。对于闭壳层基态,你可以定义计算单重激发态还是三重激发态或是都计算 (CIS=Singlets, CIS=Triplets, CIS=50-50)。使用CIS=(Root=N)定义哪一个激发态用于几何优化,其中N 为1是第一激发态。

3. 对角区域哈密顿量允许定义每个对称性有多少电子态。但不能用于Gaussian。

4. 关键字ZINDO定义了ZINDO-1半经验方法。它的选项和上面CIS列出的相同。在Gaussian 98中,ZINDO不能用于几何优化。

5. 多重行列式计算中更高的根。在Gaussian中用于CASSCF,使用关键字CASSCF(NRoot=N)。Opt=Conical与CASSCF结合,寻找避免交叉或圆锥交叉点。关键字StateAverage可以给出更精确的激发能。关键字Spin在计算中包含两个态之间近似的自旋-轨道耦合。

6. 含时计算考虑两个态间的谐振,因而给出了得到激发态信息的方法。关键字TD 使用和上面CIS相同的选项。它可以用于HF和DFT计算。

7. 选择初始猜测。使用SCF=NoDIIS选项。

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在Gaussian中,激发态优化不再利用冗余内坐标。因此,激发态优化对Z-矩阵结构非常敏感。 研究分子激发态的计算通常要多步处理,分别为 1. 寻找存在哪些激发态,以及要研究哪些。 2. 几何优化,如果需要的话。 3. 进行频率计算,以校验结构。 4. 特性的计算。 参见:

J. B. Foresman, ?. Frisch, \Chemistry with Electronic Structure Methods Second Edition\Gaussian, Pittsburgh (1996).

Adv. Chem. Phys. J. W. McGowan, Ed. vol. 45 (1981).

S. D. Peyerimhoff, R. J. Buenker, Adv. Quantum Chem. 9, 69 (1975). \

收敛问题的调整 如果SCF计算收敛失败,你首先会采取哪些技巧呢?这里是我们强烈推荐的首选方法。 1. 在Guess关键字中使用Core,Huckel或Mix选项,试验不同的初始猜测。

2. 对开壳层体系,尝试收敛到同一分子的闭壳层离子,接下来用作开壳层计算的初始猜测。添加电子可以给出更合理的虚轨道,但是作为普遍的经验规则,阳离子比阴离子更容易收敛。选项Guess=Read定义初始猜测从Gaussian计算生成的checkpoint文件中读取。

3. 另一个初始猜测方法是首先用小基组进行计算,由前一个波函得到用于大基组计算的初始猜测(Guess=Read自动进行)。 4. 尝试能级移动(SCF=Vshift)。

5. 如果接近SCF但未达到,收敛标准就会放松或者忽略收敛标准。这通常用于不是在初始猜测而是在平衡结构收敛的几何优化。SCF=Sleazy 放松收敛标准,Conver选项给出更多的控制。

6. 一些程序通过减小积分精度加速SCF。对于使用弥散函数,长程作用或者低能量激发态的体系,必须使用高积分精度:SCF=NoVarAcc。

7. 尝试改变结构。首先略微减小键长,接下来略微增加键长,接下来再对结构作一点改变。 8. 考虑使用不同的基组。

9. 考虑使用不同理论级别的计算。这并不总是实用的,但除此之外,增加迭代数量总是使得计算时间和使用更高理论级别差

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不多。

10. 关闭DIIS外推(SCF=NoDIIS)。同时进行更多的迭代( SCF=(MaxCycle=N) )。

11. 更多的SCF迭代( SCF(MaxCycle=N),其中N是迭代数)。这很少有帮助,但值得一试。

12. 使用强制的收敛方法。SCF=QC通常最佳,但在极少数情况下SCF=DM 更快。不要忘记给计算额外增加一千个左右的迭代。应当测试这个方法获得的波函,保证它最小,并且正好不是稳定点(使用Stable关键字)。 13. 试着改用DIIS之外其它方法(SCF=SD或SCF=SSD)。

自旋污染 自旋污染是在非限制从头计算中的误差,通常在总能量中轻微出现。这是由于基态波函和更高能态发生混合。高的自旋污染会影响结构和布居数分析,并极大地影响自旋密度。它还会影响收敛,特别是MPn任务。 可以通过比较总自旋S的预期值和计算值验证自旋污染。S应当等于s(s+1)。对于有机分子,偏差不超过正确值10%的计算通常是可接受的。 未成对电子数 s 预期S值 0 0 0 1 0.5 0.75 2 1.0 2.00 3 1.5 3.75 4 2.0 6.00 5 2.5 8.75

自旋污染经常在非限制Hartree-Fock (UHF)计算以及非限制M?ller-Plesset (UMP2, UMP3, UMP4)计算中遇到。而在DFT,CI 或CC计算中几乎见不到任何显著的自旋污染。在包含金属原子的体系中和在过渡结构中,出现高自旋污染是很平常的。非限制计算

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经常与自旋猝灭步骤结合,它能从某些点计算的波函中删除相当比例的自旋污染。这使得自旋污染最小,但不能彻底防止。在Gaussian中,选项\通知程序使用猝灭波函产生布居数分析。 可以进行自旋限制开壳层计算(ROHF, ROMP2)。它的优势是没有自旋污染。缺点是需要额外的CPU时间,用于正确控制单占据轨道和双占据轨道以及它们的相互作用。 这个数学方法的结果是,ROHF计算给出很好的总能量和波函,但是单占据轨道能量不严格服从 Koopman理论。前缀RO可以用在HF,所有的DFT方法,AM1,MINDO3,MNDO,和MP2波函中。ROMP2方法尚不支持分析梯度。 另一个方法是运行非限制计算,在获得波函(即Gaussian输出文件中打印的 PUHF和PMP2值)之后,接着投影除去自旋污染。这给出的是对能量而不是对波函的修正。自旋投影结果不会给出使用限制开壳层计算得到的能量。这是因为优化的非限制轨道描述污染态而不是自旋投影态。 半经验程序经常对原子团计算使用半电子方法。半电子方法是一种数学技巧,用于处理RHF计算中的单占据轨道。这个结果依靠近似波函和轨道能量,与总能量一致。由于使用了单重行列式计算,所以没有自旋污染。总能量的一致使得它可以对单重态用RHF,对三重态用半电子计算单重-三重裂距。半电子计算不服从Koopman定理。同样,也不能得到自旋密度。而Mulliken布居数分析通常还算是合理的。 如果自选污染小,对自旋猝灭波函和自旋投影能量更适宜使用非限制方法。不要对DFT使用自旋投影。其中自旋污染的总和对使用限制开壳层方法更加重要。 参见:

J. Baker, A. Scheiner, J. Andzelm, Chem. Phys. Lett. 216, 380 (1993). M. W. Wong, L. Radom, J. Phys. Chem. 99, 8582 (1995).

H. B. Schlegel, \

使用赝势 从头计算不能仅仅忽略核电子,但它们可以被哈密顿量中的势能项代替。这称为核势,有效核势(ECP)或相对论有效核势(RECP)。核势必须连同相应的价电子基组一起使用。这不仅减少了计算时间,核势还可以包含相对论质量亏损和对重原子近核区非常重要的自旋耦合项的影响。这对Rb和更高的重元素是首选。 有些使用赝势的计算结果不同于全电子计算的结果,输出的总能量是价电子能量。这个能量的大小依赖于核势模拟多少个电子壳层,其中电子明确描述为价电子和价电子-1壳层,计算一般更准确。同样,维里定理的检查是没有意义的。

Gaussian中的ECP基组有CEP-4G,CEP-31G,CEP-121G,LanL2MB,LanL2DZ,LP-31G,SDD。关键字Pseudo用于输入程序之外的ECP基。

参见 M. Krauss, W. J. Stevens, Annu. Rev. Phys. Chem. 35, 357 (1984).

K. Balasubramanian, \ 基于网络获得基组 http://www.emsl.pnl.gov:2080/forms/basisform.html http://www.theochem.uni-stuttgart.de/pseudopotentiale/

耦合簇 耦合簇计算类似于组态相关计算,波函是多个行列式的线性组合。然而,耦合簇计算选择行列式的方法比CI选择行列式的方法更加复杂。进行耦合簇计算的优点在于它是大尺寸方法。耦合簇的结果经常比同等尺寸的组态相关计算结果更准确一些。执行耦合簇计算可以使用关键字CCD,CCSD,和CCSD(T)来选择方法的类型。 二次CI方法也是一种耦合簇计算类型 (QCISD,QCISD(T),QCISD(TQ) )。Brueckner Doubles (BD)也类似。

Gaussian和CBS理论 Gaussian 1 (G1)和Gaussian 2 (G2, G2MP2)方法是类型独特的计算。这些方法是通过观察某些从头方法系统误差的趋势产生的,用于预测有机份子基态的能量。它建立修正方程,使用了从几个不同的从头计算得到的能量,用来外推非

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