窗口受理人员应审核纳税人提供的海关缴款书原件收取复印件，查看申请时间是否在产生稽核结果的180日内，并与海关专用缴款书稽核系统中对应的海关缴款书稽核结果及明细作认真比对，再修改对应数据；窗口审核人员应认证审核电子数据与纸质资料，再进行稽核申请。
附图五：申请海关缴款书数据核对流程
复核不通过： 该第一联数据返回到“核对申请修改”，修改后再次提交复核。 复核通过： 该第一联数据写入第一联已核对数据的数据库中，参与之后的缴款书稽核比对。 核对申请复核 并输入复核意见 核对申请 修改 需核对修改第一联清单 核对申请 受理 申请数据修改或者核对后，纳税人应通过电子申报系统自行对申请数据核对的海关缴款书的稽核结果进行查询并确认，比对相符的在稽核结果产生当月进行进项申报。
稽核比对结果不属于数据采集错误的，纳税人如申请数据核对的同时还需向管理所专管员申请海关专用缴款书核查。
申请海关缴款书核查需提供材料：《海关专用缴款书核查申请单》（加盖企业公章，一式三份，纳税人、管理所、货劳科各留一份），
《稽核结果通知书》（加盖企业公章），需进行数据核对的海关缴款书原件及复印件（加盖企业公章）。
税务机关依纳税人申请会同海关进项核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到《海关专用缴款书核查结果通知书》的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
（三）对于稽核比对结果为重号的海关缴款书
对于稽核比对结果为重号的海关缴款书，由税务机关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到《海关专用缴款书核查结果通知书》的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
（四）对于稽核比对结果为滞留的海关缴款书
对于稽核比对结果为滞留的海关缴款书，可继续参与稽核比对，纳税人不需申请数据核对。
五、会计处理规范
纳税人应在“应交税金”科目下设“待抵扣进项税额”明细科目，用于核算已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额。纳税人取得海关缴款书后，应借记“应交税金—待抵扣进项税额”明细科目，贷记相关科目；稽核比对相符以及核查后允许抵扣的，应借记“应交税金—应交增值税（进项税额）”专栏，贷记“应交税金—待抵扣进项税额”科目。经核查不得抵扣的进项税额，红字借记“应交税金—待抵扣进项税额”，红字贷记相关科目。
六、注意事项
（一）收到海关专用缴款书后应改变以往月底前集中录入方式，即时录入海关专用缴款书数据，及时参加比对，以免影响抵扣。
（二）新办法要求纳税人必须根据稽核比对结果进行申报抵扣，因此企业在征期内对稽核结果通知书进行实时确认和下载前，应通过查询系统及时掌握已比对相符的海关专用缴款书（允许抵扣的海关专用缴款书），不要急于确认，以免疏漏稽核结果。 重点强调：纳税人每月只能确认一次。
（三）对于稽核比对结果为不符、缺联的海关专用缴款书，纳税人应于产生稽核结果的180日内，持海关专用缴款书原件向主管税务机关申请数据修改或者核对，逾期的其进项税额不予抵扣。
（四）新的操作办法可能会推迟个别企业的海关缴款书的抵扣时间，影响其资金周转。 纳税人缴纳进口增值税，从报关到完成税款入库，大致需要企业报关、海关打印缴款书、企业银行缴税、海关一次核销缴款书、银行税款划转国库、国库将缴款书转海关、海关二次核销缴款书等7个环节，入库缴款书数据的正常运转需要一定的时间。对于月底缴税后立即申请稽核比对的少数纳税人，难以立即取得稽核结果并抵扣税款。企业应相应做好财务处理上的规划和调整。
附件一：2012年来有海关缴款书业务企业名单 附件二：税务事项告知书
附件三：海关进口增值税专用缴款书抵扣方法培训课程安排表
附件四：海关专用缴款书数据核对申请单 附件五：海关专用缴款书核查申请单 附件六：海关专用缴款书核查结果通知书
长宁区税务局 2013-7-16
附件二：
税务事项告知书
纳税人：
您好！
长宁区税务局将于2013年7月1日（所属期）按照国家税务总局海关总署公告2013年第31号文件的规定，推广实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”的管理办法。
具体操作办法可在长宁税务子网站（http://78.20.32.145/cntax/）查询，并应于2013年7月22日-7月26日根据《海关进口增值税专用缴款书抵扣方法培训课程安排表》参加纳税人培训。
长宁区税务局
2013-7-15
回执
长宁区税务局：
我已知悉海关进口增值税专用缴款书将于2013年7月1日（所属期）实行“先比对后抵扣”的管理办法，并将在规定时间参加纳税人培训。
企业名称（公章）： 时 间：