计算弹性常数步骤:
第一步:将优化后得到的结果文件CONTCAR改为POSCAR作为下一步计算所需的POSCAR, KPOINTS就选择测试出来的参数,POTCAR不变。重要的是INCAR,如下为INCAR的内容,其他的保持不变。
general:
System = tetr Nd3Co29Si4B10 ISTART = 0; ICHARG = 2 ISMEAR = 0; SIGMA = 0.1 ENCUT = 380
IBRION = 6; ISIF = 3; NSW = 15(算弹性常数时,IBRION = 6; ISIF = 3) EDIFF = 0.1E-04 EDIFFG = -1E-3 PREC = Accurate
设置好之后,先按退出键ESC →→ 输入:wq回车,就是保存并退出。若是不保存只是退出为”:q”,强制退出“ :q! ”.
此时就可以进行运算了,运行指令:/opt/mpi/openmpi/1.6.5/bin/mpirun空 –n空10空vasp空>vasp.out空&
或者也可以采用脚本进行后台运行,即在计算文件夹中放入vasp.pbs脚本,然后直接输入qsub 空vasp.pbs回车就可以了
待计算结果完毕后,查看结果指令
第一种方法:可以用脚本来提取(即在计算的文件夹下放入提取弹性常数的脚本get-elastics.sh ,待计算完毕的时候,输入sh空get-elastics.sh ,在界面上就出现结果了。 第二种方法:
第一步:grep空ELA空OUTCAR回车
第二步:cat空-n空OUTCAR空|grep空“TOTAL ELASTIC MODULI”(将界面
上出现的结果文件粘贴到这儿)回车(就会显示一些有代码的结果文件),如:473711(矩阵行列起始)及文件名
第三步:sed空-n空“473711,473731”(弹性常数所处的行数)空 (就
会显示出弹性常数)回车
6、一些常用指令:
建立文件夹 mkdir空文件夹名 建立文件 touch空文件名 删除 rm 空-f 要删除的东西 移动 mv空文件名空文件夹名 回车 解压 tar空zxvf空被解压的东西回车 运行 sh空文件
编辑 vim空要编辑的文件 复制 cp空文件空文件夹名 删除多个文件,采用脚本clear.sh,具体步骤如下: 第一步、vim空clear.sh回车
第二步、先按一个i,再输入rm 空-f 空要删除的文件,把不需要删除的文件,在此delete掉,然后保存并推出“:wq”回车
第三步、sh空clear.sh回车即可
闭任务 killall空VASP或者是qdel空地址(213) 查看地址 qstat回车 在另一个节点下查看其中某一个节点是否有任务: ssh空192.9.200.212(IP地址)回车
输入password,回车 top就可以了 心得体会:
在对材料进行其他性质的计算之前,要对结构先进行优化包括能量最小化和结构稳定性优化。
Castep进行计算可包括三步:第一步,搭建结构,建立周期性晶胞;第二步,对建立的结构进行优化,其中包括电子能量最小化和几何结构稳定化(其实就是用能量最小化的方法来测试E-CUT和K 点,然后用测试出的良好参数进行几何优化);第三步,进行计算其他的性质。
这就是第一性原理的方法,VASP计算也是同样的步骤。