? 配置文件（configuration file）配置文件的目的是告知NAMD分子动力学模拟的
各种参数，比如PDB文件和PSF文件的储存位置，结果应当储存在哪里，体系的温度等等
上述四种文件中，PDB文件通常是从蛋白质结构数据库（Protein Data Bank）中获得。力场参数文件也可以从网上下载， 而PSF文件和用户配置文件是用户根据具体要求自己生成的。下面我们将首先制作蛋白质结构文件（PSF）。 2.2 生成蛋白质结构文件（PSF）
1、单击 开始菜单→程序 → VMD，打开VMD窗口
2、在VMD主窗口中，单击 File → New Molecule 打开Molecule File Browser对话框；单击Browse?按钮，在弹出的文件浏览中找到 namd-tutorial/1-1-build 文件夹，在此文件夹中选择1UBQ.pdb，单击Load按钮载入1UBQ.pdb。 提示：关于文件后缀名 如果浏览文件时看不到“.psf”“.pdb”等后缀名，可以在“我的电脑”中选择“工具”→“文件夹选项”，在“查看”选项卡中取消“隐藏已知文件类型的扩展名”。强烈推荐读者取消这一项，因为这还涉及到下文中的许多操作。 载入之后在图形窗口（VMD 1.8.5.OpenGL Display）中应当可以看到下图（图）：
可以看到，所有的氧原子用红色表示，碳原子以天蓝色表示（碳原子所连的键也是天蓝色，所以整个蛋白骨架为天蓝色），硫原子以黄色表示。注意到没有出现氢原子，这是因为此结构是由X射线晶体衍射得来的，而X射线衍射一般得不到氢原子的精确位置。注意：蛋白周围的红点实际上是水分子，由于没有氢，所以仅显示出一个一个的氧原子。
我们只需要蛋白质分子的结构，因此下面我们将首先除去pdb文件中带有的水分子。 4、单击 Extension → TK Console 菜单项，弹出VMD Tk Console窗口。首先用cd命令改变当前目录到namd-tutorial /1-1-build 下。然后输入下列命令：
set ubq [atomselect top protein] $ubq writepdb ubqp.pdb
(每输入一行命令后按回车键，下同。另外，尤其要注意空格的有无和空格的位置，否则空格位置不对可能造成命令执行错误)
提示：VMD TK Console（VMD控制台）中改变当前目录的方法 在Windows命令行模式中和VMD TK Console 中都是用cd命令改换当前目录的。但是注意二者的使用方法不同。这里简单说明VMD TK Console 中改变当前目录的方法，Windows命令行改变目录的方法将在后面说明。 在VMD TKConsole中，改变目录的命令十分简单。无论是改变到哪一个目录，只需要输入： cd 目标目录 比如本例中，假设需要改变目录到 E:/namd-tutorial/1-1-build ，无论当前目录是什么，只需要在VMD TKConsole中输入以下命令即可： cd e:/namd-tutorial/1-1build 输入以上命令之后，VMD已经在1-1-build目录下生成了文件 ubqp.pdb。这一PDB文件仅包含泛素蛋白，不含水分子。
5、在VMD主窗口中单击1UBQ.pdb，选择Molecule→Delete Molecule菜单项删除当前分子。
6、下面我们将生成泛素蛋白的psf文件。注意：VMD组件中实际上提供了一个全自动的psf文件生成器(选择Extensions→Modeling→Automatic PSF Builder菜单项)。但我们将人工制作所需要的psf文件，以让读者明白制作的详细流程。制作时，需要使用VMD提供的psfgen软件包。
7、首先，打开写字板，输入以下内容：
package require psfgen
topology top all27_prot_lipid.inp pdbalias residue HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD segment U {pdb ubqp.pdb} coordpdb ubqp.pdb U guesscoord writepdb ubq.pdb writepsf ubq.psf
8、输入完成之后，保存文件。注意文件保存在1-1-build目录中，文件名为ubq.pgn，文件类型选择文本文档。然后退出写字板。这样我们便制作了pgn文件，这一文件可以被psfgen软件包所识别，并处理成我们想要的psf文件。我们需要在VMD中使用该文件调用psfgen数据包
下面我们详细介绍一下刚刚输入的每一行命令的意义：
package require psfgen：通知VMD我们将要调用psfgen数据包
topology top all27_prot_lipid.inp：载入拓扑文件 top_all27_prot_lipid.inp pdbalias residue HIS HSE：改变组氨酸残基名，使得残基名称能够和拓扑文件中的一致。在pdb文件中组氨酸残基名是HIS,而在拓扑文件中组氨酸残基名为 HSE, HSD, HSP 三种。分别对应组氨酸的三个不同的带电荷形式。
pdbalias atom ILE CD1 CD：改变异亮氨酸中的原子名。pdb文件中异亮氨酸δ碳的
名称为CD1，而拓扑文件中原子名应该为CD。
segment U {pdb ubqp.pdb}：生成一个集合（segment）U，包含ubqp.pdb中的所有原
子。
coordpdb ubqp.pdb U：从ubqp.pdb中读取坐标，比较各个原子的名称是否对应，然
后旧的集合名被改换成新的名称“U”。
guesscoord：根据拓扑文件推测缺少的原子（氢原子）的空间位置。
writepdb ubq.pdb：生成新的pdb文件，包含所有原子的坐标，包括刚刚推测出的氢
原子。
writepsf ubq.psf：生成psf文件，该文件包含蛋白结构的全部信息。
知识链接：组氨酸的三种离子模式
知识链接：PDB文件中原子的命名方式 9、如果刚刚关闭了VMD，则重新打开，改变目录至1-1-build。然后输入以下命令： source ubq.pgn
这样我们就成功得到了含有氢原子的psf文件。同时，可以看到VMD TKConsole中显示出系统返回的信息。信息显示我们的系统中有1231个原子，631个原子的坐标是推测的（图）。
现在在你的1-1-build文件夹下应当有ubq.pdb和ubq.psf两个文件。到此为止，我们已经成功制作了下一步分子动力学模拟所需的psf文件。 2.2 蛋白质的溶质化
显然在真实情况下，蛋白质不是在真空中存在下面。所以我们需要把蛋白质放入一个水环境中，以更真实的模拟生物体内的环境。我们可以使用两种水体环境进行动力学模拟：
? 球状水体（water sphere）。水体包围蛋白质，四周则是真空，动力学模拟时没
有周期性边界条件（periodic boundary condition）
? 立方水体(water box)。立方水体是正六面体形状的水体（不一定是正立方体）。
使用立方水体需要我们设定周期性边界条件。
2.2.1 生成球状水体（water sphere）
我们将使用一个脚本文件建立球状水体。脚本文件在1-1-build目录下，文件名是wat_sphere.tcl。
1、如果刚刚关闭了VMD，则重新打开，改变目录至1-1-build。然后输入以下命令： source wat_sphere.tcl
输入之后VMD将会调用脚本文件，之后VMD会反馈一系列信息（图），
2、由所给的信息我们可以看出，VMD生成了两个文件：ubq_ws.pdb文件和ubq_ws.psf。 在最后两行还给出了生成的球状水体的质心坐标（center of mass of sphere）和球状水体的半径(radius of sphere)，精确到小数点后第十位。记下这些数字，以后我们还会用到。
这时在图形窗口中却会出现一个立方水体包围的蛋白质分子（图）。不过没有关系，在VMD主窗口中可见分子名为del_water，并不是我们所要的结果。我们的最终结果已经储存在1-1-build中，文件名分别为ubq_ws.pdb和ubq_ws.psf。