⒒ 出现了“多票不决”的怪现象。许多地方领导为了体现重视某项工作，动辄就搞“一票否决”制，造成具体工作与“一票否决”制的实际脱节，结果出现多票也未能否决的怪现象，最终削弱行政制度的执行力和严肃性。以综合治理工作为例，上级综治部门要求乡镇综合治理部门签订责任状，搞“一票否决”制，而实际上农村经常发生偷盗等事件，尽管基层非常重视这一工作，也在所难免每年发生多起事故。结果造成年终考核时，几乎所有基层单位尽管有多起事故发生，但念及基层工作的辛苦还会大加褒奖，“一票否决”制形同虚设。 ⒓ 影响了各项工作的整体推进。搞“一票否决”的目的不是为了否决某个单位或某个干部，而是为了更有效地推进各项的落实。但如果“一票否决”的项目过多，容易让干部难以应付，这就必然导致基层干部忙于应付“一票否决”的工作项目，顾此失彼，应付检查，没有精力和时间去抓别的事情，不利于各项工作的整体推进。
⒔ 造成了各类资源的浪费。“一票否决制”的高压态势下，一些官员为了不被否决，完全不考虑本地条件的具体承受能力，不计成本地调动大量的人力、物力和财力来完成“一票否决”的工作项目，甚至举全市（区、县、乡、镇）之力、砸锅卖铁也要确保“一票否决”工作项目的完成。如此一来，行政资源未能得到合理有效的配臵，造成了各类资源的严重浪费，行政成本也不同程度地增加。
⒕ 出现了追责不公的问题。在“一票否决”的过程中，大多是上级否决下级而不否决本级，否决单位不否决个人，否决现任而不否决
前任。如在对计划生育工作实施“一票否决”时，往往把所有的责任全部推到下级分管计划生育工作的领导和具体从事计划生育工作的工作人员，对本级的主管部门计生局长、分管计划生育工作的副市（区、县）长更是从不追究责任。再如有一些本是前任官员留下的历史问题，但往往不对前任领导进行否决，而把所有的帐都算到现任领导的头上，出现追责主体不合理的现象。
⒖ 出现了下级忙于接待的困窘。“上面千斤担，下级一肩挑。检查天天有，事事能摘帽。”每个“一票否决”绩效考核指标对于下级而言都是非常重要的。此外，每设立一个“一票否决”绩效考核指标后，上级都会去下级单位进行多次检查与督促，下级单位必然要进行相应的热情接待，致使下级疲于应付接待工作。
⒗ 扭曲了下级的自身工作。当上级部门的“一票否决”考核指标越多越滥时，下级部门为了应付这些指标的考核检查，其自身工作就可能会偏离中心越远，基层变成了单纯完成上级任务的工作机器，有限的人力资源大部分只能用来应付上级下达的各项指标任务。这就必然会扭曲下级部门应有的自身工作。
⒘ 规避了依法行政的原则。政府部门应提高的是对法律的执行力度，明明相关政府部门有法不依、执法不严，却不能用法律的手段加以处理，反而退缩到行政层面用行政机关的“一票否决”制度来解决，靠赋予更高层级机构审核相关部门业务时享有“一票否决”权，以此来起到一点震慑作用。这在一定程度上是对依法行政的规避，是
对行政不作为的无奈。如计划生育问题，本应由相应的法律体系进行规范和管理，然而，由于这些法律规范得不到有效执行或者根本就不执行，再加上背后的腐败或地方利益支撑，因此，“一票否决”制的行政指令在效力和震慑力上自然就大过了对法律法规的执行，其实这是法治环境未得到充分改善的体现。
⒙ 暴露了上级管理能力差的实质。上级的管理能力在相当大的程度上决定了对下级的管理方式。当上级的能力较低时，会更多地借助于直接的、强制性的管理方式。目前，由于一些上级部门的管理能力不高，只好对下级部门过多过滥地采用“一票否决”的管理方式，这种行政命令式的管理方式，并不符合科学、合理、效率的原则。
⒚ 出现了惩罚过度的现象。不管什么时候，一部分人发生违法违纪事件是必然的，单位内外的教育、管理、制约、监督、惩罚再严，也不可能杜绝其发生。就如刑事法律设定的处罚相当严厉，每年刑事案件的发生仍然有一个较大的数量一样。现实是，一个单位发生严重违纪违法案件，或发生重特大责任事故、恶性事件受到党政纪查处的；领导班子集体违纪受到立案查处，或领导班子成员受到党纪政纪处分的等等，则对单位的总考核实行“一票否决”，不再评优评先。在文明单位创建、争创单位荣誉称号中，也会因此被“一票否决”，直接影响职工经济利益。人们把这种将责任扩大化，让没有责任的人为别人负责任的现象称为“一人得病、全体吃药”。
⒛ 导致了单位“捂盖子”现象的蔓延。有的单位发生违法违纪事件后，对外隐瞒不报，立足内部消化，大事化小、小事化了。有的单位非但不主动向执法执纪机关报案，反而在相关机关前来调查处理时不积极配合、或请求免予处理，或以影响稳定、影响工作、保护干部为由说动上级领导出面打招呼。怕的就是单位人员被查处后影响单位考核、影响领导政绩、影响职工收入。
本来，实施“一票否决”制是确保政令畅通的“上方剑”，是形成齐抓共管的“军令状”，是工作强力推进的“助推器”，是提升工作效率的“外动力”。实施“一票否决制”是促进各级各部门及领导干部抓落实最有效的机制。但是任何一项机制都存在着两面性的特征，有利必有弊，这是辩证法的要领。因此，希望官员们看清其弊端，在管理工作中慎用“一票否决”制！