查、野生动植物调查和鱼类调查为重点。
1、野生动植物调查
调查对象：栖息在崇明岛的国家重点保护野生动植物；数量达到或超过全球种群数量1%的水禽物种；列入上海市重点保护的野生动物；列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》和中日、中澳《保护候鸟及其栖息环境协定》并在崇明岛栖息的野生动物；有重要经济、科研和生态价值的野生动植物。
调查内容：野生动植物资源的分布、数量及其栖息环境；影响野生动植物生存主要因素；野生动植物保护管理及科研情况；野生动植物驯养繁殖（培植）及经营利用情况；社会经济情况。
调查点位：重点考虑农田生境、林地（绿地）生境和湿地生境。对东平森林公园、北湖、东滩湿地、前卫村、军用机场等区域开展重点调查。同时在调查的基础上，通过高精度GPS定位，确定长期跟踪观测点。
根据野生动植物调查需要及现有监测能力，野生动植物调查以3年为周期。
2、水生生态监测
水生生态监测主要以生物群落监测为主。
湖泊生态系统监测主要以明珠湖、北湖为重点，其中明珠湖设置2个监测点、北湖设置3个监测点；
河流水生生态调查以一环（南横引河、北横引河）为重点，同时选择代表性竖河开展相关监测，共设5个监测点。
湖泊、河流生态监测项目为微生物指标：细菌总数、总大肠菌群和粪大肠菌群3个监测指标。生物群落学指标：叶绿素a、浮游植物、浮游动物、底栖动物。
湿地生态监测主要以崇明岛东滩、北滩及东风西沙为重点。其中崇明岛东滩设置2个监测断面，北滩设置3个监测断面，东风西沙设置1个监测断面。每个监测断面布设高潮区、中潮区、低潮区9个监测点位，共计设置6个监测断面54个监测点位。
湿地生态监测项目为生物群落学指标：底栖大型无脊椎生物、湿地植被。
崇明岛水生生态监测在枯水期、丰水期各进行1次监测，全年共进行2次监测，生物监测每3年开展一次。
3、鱼类资源调查
在明珠湖、北湖、南横引河、北横引河及八滧港、堡镇港和庙镇港各设5个采样点。
采用单拖网、地龙网和丝网等定量采样方法以及社会走访、市场渔获物调查（包括渔政和水闸渔获物调查）等定性采集手段分析崇明岛内陆河流和湖泊鱼类资源的捕捞强度。主要分析每个网具内的渔获物组成，包括种类、体长、体重、性腺成熟度和胃含物组成等指标。考虑到崇明岛内陆河流和湖泊鱼类资源需要及现有监测能力，鱼类资源调查和监测频率为3年一次。
八、土地利用与生态遥感评价
基于遥感和GIS 技术调查和评价崇明岛土地利用现状，为土地利用规划、区域土地利用格局优化等提供研究基础。
1、土地利用特征
以最新的卫星遥感影像（精度≥30米）解译结果为基础，基于国家土地利用分类标准并结合本地实际情况进行土地利用分类，分析崇明岛各种土地利用类型的空间分布特征（包括分布面积、分布区域等）。重点关注城镇建设用地、滩涂、水体等敏感类型的分布情况。
2、土地利用变化
基于多年卫星影像遥感解译结果，通过土地利用/覆盖类型的遥感解译、数据计算和统一分析，探讨土地利用类型组成变化以识别崇明岛区域土地利用变化的总体特征；采用单一土地利用类型动态度来分析滩涂、城镇建设用地、农田等各种土地利用类型的变化速率；并进一步通过土地利用转移矩阵定量分析各种土地利用类型间的相互转化，以反映土地利用结构调整的方向和特征。
3、区域生态环境监测评估
针对区域生态环境质量监测与评估目标，依照相关技术要求与标准，以遥感影像数据为基础，通过对土地利用/覆盖类型的遥感解译、数据计算和统计分析，结合野外核查以及相关环境质量数据的查询和收集，对区域生态环境状况进行综合分析和评价。评价结果给出生态环境状况指数和评价等级，描述区域内植被覆盖度、生物多样指数和人类生存适宜性状况。
九、生态环境质量评估
根据崇明岛生态环境预警监测方案，结合崇明生态岛生态环境类指标体系要求，对崇明生态岛生态环境质量开展综合评估，基本实现一年一小评，三年一大评的目标。其中土地利用格局、水文水质、环境空气、声环境等指标一年一评价，对土壤环境、地下水、生态系统等指标三年一评价。针对《纲要》中的22个生态环境类指标中需要监测的7个指标，提出以下评估方法，其余生态环境类指标均采用统计数据或调查数据进行评估。
十、生态环境预警监控信息平台建设 1、生态环境预警监控信息平台
以水环境、大气环境、声环境、土壤环境、地下水环境质量监测
数据为基础，将预警监测体系、管理平台系统等技术有机结合，构建基于Web-GIS技术的崇明岛生态环境预警监控信息平台，涵盖水、气、声、土壤、地下水、生物/生态等各类环境要素的在线监测数据和人工监测数据，将崇明岛区域内各生态环境要素监测数据进行存储和统一管理，形成满足生态环境预警需求的可视化、可共享的公共信息平台，集综合信息管理与共享、预警决策、应急响应和信息发布等为一体，为区域的环境风险管理提供数据支持。该预警监控信息平台应兼具数据储存、分析、评价、预警以及监控等功能，实现监测数据图形化，评价结果可视化，预警监控实时化，为崇明生态岛建设提供基础数据资料和预警监控手段。
同时应建立市环保局、市规划国土资源局、市水务局、市绿化市容局、市气象局等各委办局之间的数据标准化规范、数据交换规则和共享机制，实现基础数据的统一上报和数据共享。
2、构建崇明岛生态环境预警会商机制
由崇明县政府和市环保局牵头，市规划和国土资源局、市水务局、市绿化市容局、市农委、市气象局等相关单位人员组成专家会商小组，定期讨论崇明岛生态环境质量监测与评估结果，以及生态环境预警监控信息平台反馈的综合信息，对人工监测或自动监测数据的异常变化作出综合预警，并共同研判引起环境要素变化的可能原因，提出相应的对策措施和建议，从而指导崇明县政府的下一步工作。