2003年4月深航被广东省委 省政府评为“广东省先进企业”
2003年5月深航货运公司燕南路营业部被团中央、民航总局团委授予全国“青年文明号”称号 2003年8月深航被评为深圳市抗非典先进单位
2003年12月深航机务外场中队被评为深圳市青年文明号 2003年 深航被评为深圳市守法纳税大户
2004年2月深航被评为二○○三年度深圳交通系统先进单位，商务部、飞行部被评为深圳交通系统先进集体
2004年2月深航工会被评为二○○三年度深圳市工会重点工作先进单位 2004年4月深航国旅、商务金鹏俱乐部荣获驻深单位青年文明号 2004年7月 深航团委被评为十年全国青年文明号活动优秀组织奖
2005年1月 公司工会被深圳市工交工会授予\年工会重点工作考核先进单位\称号 2005年2月 公司工贸公司95080呼叫中心被中国民航工会评为2004年度民航系统女职工建功立业示范岗
2005年2月 公司荣获深圳市交通局颁发的“深圳市交通系统2004年度先进单位”称号，公司乘务部、地面服务部荣获“深圳市交通系统2004年度先进集体”称号
2005年2月 在“2004旅客话民航”用户满意评价活动中，公司在旅客运输量1500万人以下组中，获得“用户满意优质奖”和单项奖中的“航班不正常服务优秀奖”
2005年3月 公司在中华全国总工会和国家安全生产监督管理总局举办的2004年度全国\安康杯\竞赛活动中荣获优胜企业
2005年3月 公司被深圳市人民政府办公厅评为“深圳市2005年度春运工作先进集体” 2005年3月 深航货运有限公司被深圳市交通局、深圳市港务管理局评为2004年度深圳市交通系统先进集体光荣称号
2005年7月 深航国旅在2004年市旅游统计“百分制”评比活动中获得第五名的优异成绩 2005年9月 公司被民航总局规划发展财务司评为民航机场管理建设费征收与清算工作先进单位
2006年1月 公司在2005年度旅客话民航活动中获得旅客运输量1500万人次”用户满意优质奖” 2006年1月 在2005年度民航“旅客话民航”用户评价活动中,公司继2004年后再次喜获“用户满意优质奖”荣誉
2006年1月 深航锦江国际酒店餐饮部获得锦江国际酒店管理公司2005年度年终奖项最佳服务奖
2006年1月 深航大连营业部于2004年、2005年连续两年被大连工商行政管理局评为“免检企业”的光荣称号，并授予牌匾
2006年2月 公司被深圳海关、深圳市贸易工业局评为《深圳海关客户协调员制度企业》 2006年3月 深航货运公司获得“深圳市十大最具成长型物流企业”称号
2006年5月 深航国旅团支部被深圳市驻深单位团工委评为“2005年度深圳市五四红旗团支部”荣誉称号
2006年6月 公司被中华全国总工会、国家安全生产监督管理总局授予2005年度全国“安康杯”竞赛优胜企业称号
2006年7月 公司足球队获2006深圳模拟世界杯“体育道德风尚奖”称号
2006年7月 深航国旅在2005年深圳市旅游统计“百分制”评比中荣获第三名的优异成绩 2006年8月 深航货运公司获得第二届深圳机场物流园“美邦杯”羽毛球联谊赛亚军
2006年9月 深航锦江国际酒店喜获绿色酒店称号
2006年10月 公司乒乓球代表队勇夺第三届“空港杯”团体友谊赛女子冠军、男子季军 2006年11月 公司篮球队荣获“中国民航第二届职工篮球赛”优秀组织奖
2006年12月 继连续八年被评为全国民航“旅客话民航”第一名后，深航在全国满意服务评选中再次获得2006年“全国用户满意服务”奖
2006年12月 公司荣获亚太航空中心年度最佳经营优秀奖
2006年12月 我公司在2005-2006年度交通邮电系统统计”百分制”考核评比中获一等奖
2007年1月 公司荣获海口市人民政府组织的2006年度国内航空运营商表彰 2007年3月 公司荣获交通局颁发的春运“先进单位”称号 2007年4月 公司计财部被授予“全国民航先进集体”称号 2007年4月 公司荣获“深圳市企业安全文化建设示范单位”称号
2007年5月 公司工会职工之家获深圳市“先进职工之家”荣誉称号，维修工程部荣获深圳市群众性经济技术创新“示范岗”称号，计财部荣获2005-2006年度“深圳市工会财务先进单位”称号 2007年9月 深航荣获2007年度深圳市市长质量奖 2007年 荣获“中国企业文化示范基地”称号
2004—2007年 连续四年荣获全国“安康杯”优胜企业
2008年 荣膺“国际五星钻石奖” 2008年 荣膺“深圳市知名品牌”
2008年 荣膺 “中国500最具价值品牌”称号，位列国内民航前三甲
2008年 通过ISO14001环境管理体系、OHSAS18001职业健康安全管理体系认证 2008年 荣获中华全国总工会抗震救灾“工人先锋号” 2008年 荣获广东省抗震救灾先进集体 2008年 荣获深圳市先进基层党组织 2008年 荣获“中国10大雇主品牌”
2008年 荣膺“亚洲品牌500强”，位列国内民航第二名 2008年 荣膺“30年影响深圳人生活的功勋品牌” 2008年 荣获党建、企业文化双十佳 2009年 荣膺“深圳企业百强”
2009年 荣获“飞行安全一星奖”
2009年 荣膺 “中国500最具价值品牌”称号，位列国内民航第二名 2009年 首次跻身“中国企业五百强”
2009年 再度荣膺“亚洲品牌500强”，位列国内民航第二名
航空伙伴
深圳航空与全日空航空以代码共享方式进行厦门─东京、大阪-东京、深圳-福州-大阪等中日定期航线合作，提供旅客来往日本更完整便捷的运输服务。
双方合作内容包括代码共享、常旅客积分累积与免票兑换、机场贵宾室以及订位系统互通等全面合作。全日空航空公司的旅客可通过我公司之营运网络衔接中国内地60多城市以及东南亚，同时，我公司航空旅客，亦可通过全日空航空之网络顺利衔接东京、福冈、札幌等日本国内航线。
深圳航空与韩国韩亚航空以代码共享模式串联深圳首尔航线，为乘客提供了更密集的班次及更快捷服务。