选择主操作界面“Distance”中的“Compute Pairwise”选项，可以计算样本之间的遗传距离的大小，其操作界面如下图所示：
“Data Type”显示数据的类型，图中为“Nucleotide”。
“Analysis”显示计算分分析的类型，图中为“Pairwise Distance Calculation”（配对差异距离计算）。
“Compute”显示所要运行的对象，又两个选项：“Distance only”（仅计算遗传距离）和“Distance&Std.Err”（计算遗传距离和其标准误）。
“Include Sites”显示利用哪些位点来计算，如果数据类型是不编码蛋白质的核苷酸序列，则全部参与计算，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则可以选择哪些位点（如密码子的第2位等）来参与运算。
“Substitution Model”是替代的模型 ，在下边“Model”中可以进行选择。 “Substitutions to Inclued”选择哪些替代类型（如下图所示）被用于运算，d选项将转换和颠换全部包括在内，s选项仅包括转换，v选项仅包括颠换，R为转换和颠换的比值，L为所有有效的普通位点的个数。
“Pattern among Lineages”和“Rates among sites”上文已有介绍，不再详述。 点击“Compute”按钮，即可开始计算。其显示运算结果的界面如下图所示：
上图是计算出的各个样本之间的遗传距离的矩阵。在最下端的状态栏，显示的是所利用的遗传距离模型，如图中所示：Nucleotide：Kimura 2-parameter。
“File”按钮共有四个下拉菜单：“Show Input Data Title”（显示输入数据的标题）、“Show Analysis Description”（显示分析信息的描述）、“Export/Print Distance”（输出或打印距离矩阵）、“Quit viewer”（退出此操作界面）。
“Display”按钮共有四个下拉菜单：“Show Pair Name”（显示配对序列的名字）、“Sort Sequence”（用何种方式对序列进行排序）、“Show Names”（显示序列的名字）、“Change Font”（改变字体）。“Sort Sequence”有两个选项：“Original”（按原先输入的顺序）和“By Name”（通过序列的名字）。
点击“Average”按钮可以计算平均的遗传距离，此按钮提供了四个下拉菜单：“Overall”（所有样本之间的平均遗传距离）、“Within Groups”（组内平均遗传距离）、“Between Groups”（组间平均遗传距离）、“Net Between Groups”（组间平均净遗传距离）。
在上述按钮下方还有六个按钮，如下图所示。
点击第一个按钮可以使数据以下三角矩阵的方式显示；点击第二个按钮可以使数据以上三角矩阵的方式显示；选中第三个按钮可以显示配对的序列的名字，点击第四个按钮，可以减少数据小数点后的位数；点击第五个按钮，可以增加数据小数点后的位数；拖动第六个按钮中的小竖条可以改变数据显示的宽度。
点击“File”下拉菜单中的“Export/Print Distance”选项，会弹出如下图所示的对话框：
“Output Format”选项可以确定输出数据的格式：“Publication”（一般格式）和“Mega”（Mega格式，把此数据保存可直接由Mega程序打开，进行构建系统发育书等遗传分析）。
Decimal Places（小数位的大小），“Max Entries per line”（每一行最多能显示的数据的个数）。
通过“Matrix”可以选择输出数据矩阵的方式：“Lower-left”（下三角矩阵）和“Upper-right”（上三角矩阵）。
点击“Print/Save Matrix”按钮，可以输出数，会弹出如下图所示的操作界面：
在上图中的数据和文字可以直接进行拷贝，粘贴到文本文档或Microsoft Word文档中。在此操作界面中，首先显示数据文件的一些信息，如数据文件的标题、总的样本个数、核苷酸替代的距离模型等。然后是每个序列的名字，之后是序列之间的距离矩阵。将此距离矩阵保存，可以用Mega或其他系统发育分析软件来做系统树。
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute Overall Mean”选项，可以计算所有序列的所有位点的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute Within Group Means”选项，可以计算每个组组内的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute between Group Means”选项，可以计算分组之间的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute net between Group Means”选项，可以计算分组之间的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute Sequence Diversity”选项中的“Mean Diversity Within Subpopulations”，可以计算亚组之间的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute Sequence Diversity”选项中的“Mean Diversity for Entire Population”，可以计算整个群体的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute Sequence Diversity”选项中的“Mean InterPopulation Diversity”，可以计算群体内部的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：