AFIX, DFIX, HFIX, HIMP这些加氢的指令怎用阿(讨论一下加氢的基本步骤吧)
想请教有关加氢的问题(讨论一下加氢的基本步骤吧)
1. AFIX, DFIX, HFIX, HIMP这些加氢的指令怎用阿
2. 如果可以用Q峰加氢..要用哪个指令呢?指令怎样用?在哪个文件加?
3. 如果找不到Q峰,除了hadd之外，大家都是怎样加氢的??要用哪个指令?指令怎样用?在哪个文件加??
4. 除了这些指令...大家都是怎样加的...大家谈谈加氢的经验和过程吧...
有高手可以把加?做??劫...我想一定?成?精攘帖的...也可以?初?者?考...
感谢分享...这些都是我们初学者要学的阿...拜托...热心的人回答一下吧
brokenpoem 发表于 2011-1-27 11:20 跟帖学习，就用过AFIX 和DFIX，没闹明白到底是怎么回事，q峰加氢应该就是用name指令吧？找不到Q峰就就加大Q峰的数量，还是没有就可以基本判断没有H了吧？溶剂水的加氢一直没搞定。
st0627 发表于 2011-1-27 11:20 有高手知道???
loyalxuan 发表于 2011-1-27 11:20 怎?是?人???
kong540801 发表于 2011-1-27 11:20 老弟是不是没有shelx的说明书啊? 再次建议你静下心来好好看看.
1. AFIX, DFIX, HFIX, HIMP这些加氢的指令怎用阿
AFIX 内容比较多, 看书去.
DFIX DANG是分别固定键长键角的. 形式 DFIX 0.85 0.01 O1 H1 DANG 1.35 0.01 H1 H2
HFIX 和AFIX差不多, 但在没加氢前用在.ins中,修正后,回直接帮你把理论的氢产生好.
himp用来在xp中改变X-H的键长. 比如himp 0.82 h1
2. 如果可以用Q峰加氢..要用哪个指令呢?指令怎样用?在哪个文件加?
plan 300 在.ins文件中加
3. 如果找不到Q峰,除了hadd之外，大家都是怎样加氢的??要用哪个指令?指令怎样用?在哪个文件加??
碳上的氢, hadd足矣.
O上的氢, 一般从Dif-fourier map找, 就是把合适的Q命名为H. 在xp中
先用envi o1之类的命令找到合适的Q, 在用name q1 h1改名.
4. 除了这些指令...大家都是怎样加的...大家谈谈加氢的经验和过程吧...
没有秘诀, 反复尝试.
如果数据比较好, 可以找到H;
如果不好, 要按照尽可能形成氢键的原则.
pppppp 发表于 2011-1-27 11:20 我有个quick question....何时需要固定键长呢??哪些原子上的氢需要固定键长键角? 像是3.里面的O上加的氢...在指定名称之后...需要固定键长吗??怎固定??? 谢谢老师的回应阿....你人真的太好了
哀...凌晨快要三点了....看这些指令头都晕了.....
cxwpf200 发表于 2011-1-27 11:20 引用xi2004老?的:\这些加氢的指令怎用阿 AFIX 内容比较多, 看书去.
DFIX DANG是分别固定键长键角的. 形式 DFIX 0.85 0.01 O1 H1 DANG 1.35 0.01 H1 H2
HFIX 和AFIX差不多, 但在没加氢前用在.ins中,修正后,回直接帮你把理论的氢产生好. himp用来在xp中改变X-H的键长. 比如himp 0.82 h1\
?何要固定或是限制嫔樘嫔角呢? 固定完之後精修呃些嫔樘?被精修?? 呃?就好了??
很困惑AFIX,DFIX,HFIX,HIMP之间的关联性和使用的时机?? 到底何时需要用afix,dfix, hfix, himp???晕....
sunny03 发表于 2011-1-27 11:20 [quote]Originally posted by staphlee at 2009-7-11 17:53:
我有个quick question....何时需要固定键长呢??哪些原子上的氢需要固定键长键角?
理论加氢的就不说了, 其键长键角都是固定的.
象N. O上的H, 如果你既想修正之, 又容易跑, 就要用DFIX, DANG来固定. 如果不想修正, 用himp得到理想键长后, 直接AFIX 3得了.
像是3.里面的O上加的氢...在指定名称之后...需要固定键长吗??怎固定???
是要固定的. 如何固定同上.
不固定, 一般都会跑掉. 除非数据特别好.标题: 怎么将分裂处理？
作者: alusia 时间: 2007-9-27 08:43 标题: 怎么将分裂处理？
一个羧基上的氧原子无序，请问怎样加指令进行分裂？谢谢大家
PLAT241_ALERT_2_A Check High Ueq as Compared to Neighbors for O1
PLAT080_ALERT_2_B Maximum Shift/Error ............................ 0.20 PLAT241_ALERT_2_B Check High Ueq as Compared to Neighbors for O2B PLAT242_ALERT_2_B Check Low Ueq as Compared to Neighbors for C25
[ 本帖最后由 alusia 于 2007-9-27 10:17 编辑 ]
作者: crystalsnet 时间: 2007-9-27 09:45
至少画出图片吧
作者: alusia 时间: 2007-9-27 10:19
请大哥指导。：）。结构请见附件。这是没有分裂前的，分裂后，O2分成O2A O2B但是还是有如上所述错误。不知道分裂到底用那些指令，我也没人指导，自己在乱弄，所以搞不好，麻烦了。谢谢。。。。 原来lst文件中提示O2分裂，分裂后，LST文件中没有提示分裂了但是还是有这么多错误，可能我指令弄得不好。
[ 本帖最后由 alusia 于 2007-9-27 10:20 编辑 ]
作者: crystalsnet 时间: 2007-9-27 23:25
O1, O2都是有问题的，这种情况比较少见，因为和重原子配位时，一般不会无序。 至于处理方法：
（1）在O1, O2附近找出合适的Q峰，定出来无序 （2）从LST文件决定如何裂分 （3）直接在O1, O2上进行裂分 比如对于O1
O1 n x y z 11.00000 ............. 改为(两个坐标相同)
O1a n x y z 1.00000 ............. O1b n x y z 1.00000 ............. 精修完毕，在进行无序处理
学习解晶体最初的动力肯定是想了解自己搞得那堆东西是怎么回事
第一：要了解的就是cif文件， cif文件只是格式比较麻烦一些，他要在很短的篇幅中介绍您的结构，必定需要告诉：样品名称，分子式，对称性，元素种类，收集数据的条件，原子的三维坐标，热震动的大小，数据质量等等，这个呢可以去读一下陈小明老师的那本书，有一节专门讲了cif里各个条目的意思，如有不懂的可发帖向大家询问。
第二：目前解单晶软件最好用的并不是shelx系列的，但是shelx系列是最广泛的。初学者最好用带xshell版本的（软件网上很多地方都可以下载，当然我也可以“非法“提供给您）。由于衍射数据的信息无法直接读取，我们有必要将其含有的结构信息通过一定的软件还原并表达出来。比较通用的方法就是最小二乘法，最小二乘法的核心就是通俗的说法”逐步逼近“，这样就需要提供一个最初始得结构模型，本步骤可有shelx程序包中的xperp及xs来完成。xs出来的初始模型需要进一步的精修（逐步逼近）直到计算出来的模型和衍射数据所反映的理论模型相差很小时，结构也就修完了。接下来就要使用xshell了，该子程序可以自动读入您刚才的初始模型，根据您化学方面的知识判定模型是否正确，模型中原子的种类等等是否合理，再稍微确定出更正确的结构，refine（精修一下），再看看新出来的模型，是否还有原子没有确定（即将鬼峰q指认成合适的原子），多次上面的循环，我们的结构就越完美，一直修到出现的q峰接近1.0左右（有时会稍大）。但是在前面我们忽略了一个问题，就是原子包括化学键在非绝对零度都是有震动的，因此它的电子云就肯定不是球状，也就是说原子表现出来的是各项异性而非各向同性，那么只需加入anis命令（在xshell中只需在选项前面打个勾就可以了），在修几轮，这时结构就差不多了。多练习几次，碰到具体问题可以向大家请教。
如何在shlex软件中直接用鼠标点选改原子名字
在shelx里，除了XP子程序可以为原子命名以外，还可以用xshell子程序，这种情况下，你可以一手点住键盘上的s，一手用鼠标去点选原子（注意，是同一类原子，最好按顺序点），然后用菜单上的群命名，选中原子类型，它就可以自动将原子按序号命名好了。
总的过程：
1挑选直径大约为0.1–1.0mm的单晶。 CCD的准直管直径有0.3mm，0.5mm，0.8mm；分别对应得晶体大小是0-0.3mm, 0.3-0.5mm, 0.5-0.8mm. 2 选择用铜靶还是钼靶？
铜靶要求θmax〉=66度，最大分辨率是0.77埃 钼靶要求θmax〉=25度，最大分辨率是0.36埃 3 用smart程序收集衍射数据
得到大约一千张倒易空间的衍射图像，300M大小。其中matrix图像45张，分成三组，每组15张，用以判定晶体能否解析。 4 用saint程序还原衍射数据
得到很多文件，但是只有三个文件是我们需要的：-ls，p4p，raw。 -ls文件中包含有最大的和最小的θ角，有效地精修衍射点数目。 好像不同的机器或者还原程序得到的文件不同，有的是hkl，abs。 5 用shelxtl程序处理上述数据，并画出需要的图形。 6 用platon程序检测cif文件，解决掉不可忽略的错误