基因的作用机制,探索肿瘤治疗的可行途径等方面。在今后一段时间内,有关反义RNA的研究肯定将会有更加迅速的进展和更广阔的应用前景。 6反义RNA技术
随着分子生物学和遗传工程的发展,基因治疗应运而生,反义技术是其中一种,它的基础是根据核酸杂交原理设计针对特定靶序列的反义核酸,从而抑制特定基因的表达,包括反义RNA、反义DNA及核酶(Ribozyme),它们通过人工合成和生物合成获得。
(一)反义RNA,根据反义RNA的作用机制可将其分为3类:
Ⅰ类反义RNA直接作用于靶mRNA的S D序列和(或)部分编码区,直接抑制翻译,或与靶mRNA结合形成双链RNA,从而易被RNA酶Ⅲ 降解;
Ⅱ类反义RNA与mRNA的非编码区结合,引起mRNA构象变化,抑制翻译;Ⅲ类反义RNA则直接抑制靶mRNA的转录。
(二)反义DNA是指一段能与特定的DNA或RNA以碱基互补配对的方式结合,并阻止其转录和翻译的短核酸片段,主要指反义寡核苷酸,因更具药用价值而倍受重视。
(三)核酶(ribozyme)是具有酶活性的RNA,主要参加RNA的加工与成熟。天然核酶可分为四类:(1)异体催化剪切型,如RNaseP;(2)自体催化的剪切型,如植物类病毒、拟病毒和卫星RNA;(3)第一组内含子自我剪接型,如四膜虫大核26SrRNA;(4)第二组内含子自我剪接型。利用反义技术研制的药物称反义药物。反义药物作用于产生蛋白的基因,因此可广泛应用于多种疾病的治疗,如传染病、炎症、心血管疾病及肿瘤等。与传统药物比较反义药物更具选择性及效率,因此也更高效低毒。基于上述特点反义药物已成为药物研究和开发的热点。而且反义技术还可以应用于生物科学的基础研究。 7总结
经过长期盛衰沉浮,反义技术近年来得到越来越多的注意。对能够提高靶表亲和性和生物稳定性、降低毒性的修饰核苷的研究取得了重要进展。由于大多数新的DNA类似物不能激活RNaseH,对反义寡核苷酸的设计需要考虑靶mRNA是否需要保留,例如,是改变剪接方式,还是降解靶mRNA(这种情况下应该使用gapmer技术)。可以通过有系统的修饰天然核酶或者通过体外选择技术获得具有高催化活性的稳定核酶。一些反义寡核苷酸和核酶已经进入临床试验研究,一个反义药物已经在1998年获得批准。一个重要的突破是发现短的双链RNA分子可用于哺乳动物细胞中特异性沉默基因表达。这个方法与传统的反义技术比效率明显更高,并且一些体内实验的数据已经发表。因此,反义技术有望广泛应用
于对未知功能基因的研究、药物靶标的确认和治疗。 八、核仁小分子RNA(snoRNA)
核仁小RNA(small nucleolar RNA,snoRNA),如U3等,主要与有关PROTEIN协作剪接rRNA,并非所有的rRNA都是SELF-SPLICING。snoRNA由编码PROTEIN基因的intron编码。是近来生物学研究的热点,由内含子编码。已证明有多种功能,反义snoRNA指导rRNA核糖甲基化。
核仁小RNA与其它RNA的处理和修饰有关,如核糖体和剪接体核小RNA、gRNA(向导 RNA)等。核仁小RNA是一个与特性化的非编码RNA相关的大家族。
九、细胞质小分子RNA(scRNA)
scRNA(small cytoplasmic RNA)存在于真核细胞的cytoplasmic或者nuleus中,是细胞质小分子RNA。
现在研究甚热的、在GramPositive bacterium Bacillus subtilis(枯草杆菌)中发现的scRNA和human signal recognition particle 7S RNA和E.coli 4.5S RNA的功能类似。在蛋白质的合成中起重要作用。
由scRNA的缺失可以引起蛋白质合成的alpha-amylase(戊糖化)或者beta-lactamase(乳糖化),指导细胞死亡。 十、不均一核RNA(hnRNA)
核内不均一RNA( heterogeneous nuclear RNA系heterogeneous nuclear之缩写)简称hnRNA,存在于真核生物细胞核中的不稳定、大小不均的一组高分子RNA(分子量约为105~2×107,沉降系数约为30—100S)之总称。占细胞全部RNA之百分之几,在核内主要存在于核仁的外侧。认为hnRNA多属信使RNA(messenger ribonucleic acid,mRNA)之先驱体,包括各种基因的转录产物及其成为mRNA前的各中间阶段的分子,在5’末端多附有间隙结构,而3’的末端附有多聚腺苷酸聚合酶分子。这些hnR-NA在受到加工之后,移至细胞质,作为mRNA而发挥其功能。大部分的hnRNA在核内与各种特异的蛋白质形成复合体而存在着。
在真核生物中,转录形成的前体RNA中含有大量非编码序列,大约只有25%序列经加工成为mRNA,最后翻译为蛋白质。因为这种未经加工的前体mRNA(pre-mRNA)在分子大小上差别很大,所以通常称为不均一核RNA(heterogeneous nuclear RNA),简称hnRNA,携带遗传信息。
真核细胞DNA 上的结构基因最终会表达成各种相应的蛋白质,不过,结构基因 先在细胞核内转录初步生成hnRNA,hnRNA上有些核苷酸序列将来是不表达的
称为内含子,而且结构上也不完全,所以hnRNA只是mRNA的前体,hnRNA还要在细胞核内进行首尾修饰、切除内含子拼接外显子 等加工手续,之后才能形成成熟的mRNA ,而后mRNA 在细胞浆中作为蛋白质合成的模板,指导合成蛋白质。所以,hnRNA是mRNA的前体,而mRNA是蛋白质合成的模板。 十一、干扰mRNA的互补RNA(miRNA) 1概述
MicroRNA (mRNA enterfering complementaty RNA,miRNA):是含有茎环结构的miRNA前体,经过Dicer加工之后的一类非编码的小RNA分子(~21-23个核苷酸)。MiRNA,以及miRISCs(RNA-蛋白质复合物)在动物和植物中广泛表达。因之具有破坏目标特异性基因的转录产物或者诱导翻译抑制的功能,miRNA被认为在调控发育过程中有重要作用。
microRNAs(miRNAs)是一种小的,类似于siRNA的分子,由高等真核生物基因组编码,miRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。miRNAs在物种进化中相当保守,在植物、动物和真菌中发现的miRNAs只在特定的组织和发育阶段表达,miRNA组织特异性和时序性,决定组织和细胞的功能特异性,表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中起多种作用。尽管在10年前已经发表了第一篇关于miRNA的论文,直到最近miRNA的普遍性和重要性才逐渐被人们所认识。 2 miRNA 的特点
① 广泛存在于真核生物中,,是一组不编码蛋白质的短序列RNA ,,它本身不具有开放阅读框架(ORF) ;
② 通常的长度为20~24 nt , 但在3′端可以有1~2 个碱基的长度变化; ③成熟的miRNA 5′端有一磷酸基团,3′端为羟基, 这一特点使它与大多数寡核苷酸和功能RNA 的降解片段区别开来;
④多数miRNA 还具有高度保守性、时序性和组织特异性。 3 miRNA的产生和作用机理
miRNA基因通常是在核内由RNA聚合酶II(polII)转录的,最初产物为大的具有帽子结构(7MGpppG)和多聚腺苷酸尾巴(AAAAA)的pre-miRNA。
pre-miRNA在核酸酶Drosha和其辅助因子Pasha的作用下被处理成70个核苷酸组成的pre-miRNA。RAN–GTP和exportin 5将pre-miRNA输送到细胞质中。随后,另一个核酸酶Dicer将其剪切产生约为22个核苷酸长度的miRNA:miRNA*双链。这种双链很快被引导进入沉默复合体(RISC)复合体中,其中一条成熟的单
链miRNA保留在这一复合体中。成熟的miRNA结合到与其互补的mRNA的位点通过碱基配对调控基因表达。
与靶mRNA不完全互补的miRNA在蛋白质翻译水平上抑制其表达(哺乳动物中比较普遍)。然而,最近也有证据表明,这些miRNA也有可能影响mRNA的稳定性。使用这种机制的miRNA结合位点通常在mRNA的3’端非翻译区。如果miRNA与靶位点完全互补(或者几乎完全互补),那么这些miRNA的结合往往引起靶mRNA的降解(在植物中比较常见)。通过这种机制作用的miRNAs的结合位点通常都在mRNA的编码区或开放阅读框中。每个miRNA可以有多个靶基因,而几个miRNAs也可以调节同一个基因。这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个基因的表达,也可以通过几个miRNAs的组合来精细调控某个基因的表达。随着miRNA调控基因表达的研究的逐步深入,将帮助我们理解高等真核生物的基因组的复杂性和复杂的基因表达调控网络。 4 miRNA在正常生理过程中的作用
目前只有一小部分miRNAs生物学功能得到阐明。这些miRNAs调节了细胞生长,组织分化,因而与生命过程中发育、疾病有关。通过对基因组上miRNA的位点分析,显示其在发育和疾病中起了非常重要的作用。一系列的研究表明:miRNAs在细胞生长和凋亡,血细胞分化,同源异形盒基因调节,神经元的极性,胰岛素分泌,大脑形态形成,心脏发生,胚胎后期发育等过程中发挥重要作用。例如,miR-273和lys-6编码的miRNA,参与线虫的神经系统发育过程;miR-430参与斑马鱼的大脑发育;miR-181控制哺乳动物血细胞分化为B细胞;miR-375调节哺乳动物胰岛细胞发育和胰岛素分泌;miR-143在脂肪细胞分化起作用;miR-196参与了哺乳动物四肢形成,miR-1与心脏发育有关。另有研究人员发现许多神经系统的miRNAs在大脑皮层培养中受到时序调节,表明其可能控制着区域化的mRNA翻译。对于新的miRNA基因的分析,可能发现新的参与器官形成、胚胎发育和生长的调节因子,促进对癌症等人类疾病发病机制的理解。 5 miRNAs与癌症
最近的研究发现,miRNA表达与多种癌症相关,大约50%得到注解的miRNAs在基因组上定位于与肿瘤相关的脆性位点(fragile site)。这说明miRNAs在肿瘤发生过程中起至关重要的作用,这些miRNAs所起的作用类似于抑癌基因和癌基因的功能,有研究人员将miRNA命名为―oncomirs‖。 充当抑癌基因作用的miRNA:
? mir-125b-1,位于染色体的11q24脆性位点,乳腺癌、肺癌、卵巢癌、子宫癌病人中11q924位点常有缺失,而这一位点并不存在已知的抑癌基因。
? 65%B细胞慢性淋巴型白血病(CLL)病人,50%的套细胞淋巴瘤病人,16-40%的骨髓瘤病人、60%的前列腺癌病人中有13q14位点的缺失。因此,在这个30Kb的区域中必定有一个肿瘤抑制基因的存在。而mir-15a和mir-16-1位于这一区域中一个功能未知的被称为LEU2的非编码蛋白的RNA基因的内含子区域。Climmino等最近报道,miR-15a和miR-16-1负调控BCL2,一个抗凋亡基因,因此,这两个miRNAs的缺失或下调,导致了BCL2表达的升高,促进了白血病、淋巴瘤和前列腺癌的发生。
? 有研究报道,mir-143和mir-145在结肠癌中明显下调。有趣的是,其发夹结构的前体分子在肿瘤和正常组织中含量相似,这表明,可能是由于其成熟过程受到破坏。mir-143和mir-145的肿瘤抑制基因功能不仅仅局限于结肠癌,在乳腺癌、前列腺癌、子宫癌、淋巴癌等细胞系中其表达量也明显下调。 ? Takamizawa等发现肺癌病人的let-7表达显著降低,并且这导致这些病人更差的预后,非小细胞肺癌病人的let-7表达水平越低,其预后越差,术后生存期越短。体外组织培养实验表明,在人的肺癌细胞中瞬时的表达let-7可以抑制细胞的增殖,这也说明let-7在肺组织中可能是一个抑癌基因。实验表明,在人类细胞中let-7通过3’非翻译区域直接抑制癌基因Ras的表达。大约有15-30%的人类肿瘤都含有Ras突变,而激活的突变导致这个蛋白表达上升可以引起细胞转化。因此,能够调节Ras蛋白表达的let-7,可以控制细胞的增殖速度。 充当癌基因作用的miRNA:
? miR-21在胶质母细胞瘤中表达增加。这个基因在肿瘤组织中表达量比正常组织高5-100倍。反义核酸的研究发现这个miRNA通过抑制凋亡而并非影响细胞增殖控制细胞生长,这预示着这个miRNA具有癌基因的功能。另一项独立研究,利用芯片来检测肿瘤和正常组织的245个miRNAs的表达水平,也发现胶质母细胞瘤中miR-21表达升高。由于mir-21不是一个大脑特异性的基因,在乳腺癌样品中表达也有增加,这个基因可能在肿瘤发生中起到广泛的作用。 ? Metzler等人发现,在BIC基因上具有一段138个核苷酸的保守序列,编码mir-155的发夹结构。该研究组还发现在Burkitt淋巴瘤中,miR-155表达量上升了100倍,此外的研究也发现,Hodgkin淋巴瘤等肿瘤中miR-155水平也有提高。因此,mir-155可能是作为一个癌基因和MYC协同作用,而其正常功能是在B细胞的分化中起作用,其可能的靶基因是那些对抗MYC信号通路的基因。
? He等人最近发表的论文发现在散布的B细胞淋巴瘤、滤泡型淋巴瘤、套细胞淋巴瘤等肿瘤中常常有13q31位点的扩增。而在这一扩增区域的唯一的基