1、 UCSC
（1）网址：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear
在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go （2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它 （3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence
（4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream，即表示启动子-2000～＋100区域
（5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN - phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了
2、Ensembl
（1）网址：http://www.ensembl.org/index.html
在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），for框中输入基因名PTEN，点击Go
（2）出现的新页面中比较乱，但不要管它，直接寻找“Ensembl protein coding gene ”字样的，对，也就是第二个，点击它
（3）新出现的页面也很乱，不过依然不用管它，看到左侧有点肉色（实在不知道怎么描述了）的那些选项了吗，对，就是“Your Ensembl”下面那一堆，在里面找“Genomic sequence”，点它
（4）现在的界面就一目了然了，在“5' Flanking sequence”中输入数值确定启动子长度（默认为600），比如1000，点击update；
（5）出现的序列中，标为红色的就是基因的外显子，红色之间黑色的序列就是内含子，而第一个红色自然就是第一外显子了，那么从开始的碱基一直到第一个红色的碱基间自然就是启动子-1000~+1的序列啦
这样，你不仅查到了启动子，连它的外显子、内含子序列也全部搞定了
3、SIB-EPD
（1）网址：http://www.epd.isb-sib.ch/
（2）具体使用方法大同小异，就是输入物种名、基因名，限定启动子序列区域
不过有了前两个，我想已经足够用了，个人感觉SIB-EPD的库容量太小，很多基因查不到
我以前回的贴，总结一下
ensembl一般也和NCBI的一致，你的情况可能例外。这就不清楚了。ensembl有七个外显子可能有它自己的理由。
另外，NCBI的基因中gene库中同时有ensembl和genbank的链接，不如从这个链接看看。 此外，还可以看一看这个基因在物种间的同源性，以及其它物种有几个外显子，做为参考。综合考虑一下。
给你提供几个启动子区域查找的网站，慢慢摸索会学到更多的。 http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html 果蝇的 PROMOTER 2.0 http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
通常确定启动子的算法可以分成两种,一种根据启动子区各种转录信号,如TATA 盒、CCAAT 盒,结合对这些保守信号及信号间保守的空间排列顺序的识别进行预测。如PROMOTER 2.0, 用神经网络方法确定TATA 盒、CCAAT盒、加帽位点(cap site) 和GC 盒(GCbox) 的位置和距离,