如果你是用上次的工程文件，则会出现如下图红圈的
选中它，点击右键
出现了下图的，点击Delect
然后选第一个 点击yes
重复上面的方法删掉另一个文件，只留下（如图）：
没有上次工程的，就要新建立一个软件工程，操作方案如下图所示，File->New->Project
点击后，会出现工程向导界面，如下图所示，选中红圈处的内容，Nios II C/C++ Application，
点击Next，会出现下图所示内容，
红圈2处是工程名，我将其修改为LED_test， 红圈 3 处是目标硬件文件，点击 Browse，找到我们上面生成的 NIOS 软核的位置，这个文件是以.ptf 为后缀的，如果大家跟我的地址一样的话，地址应该是在D:\\projectname\\hello_word.ptf。在
红圈1 处选中BlankProject，这个地方是空工程模块。 红圈 4，这个地方是改变工程所放位置的，如果不修改，软件工程的位置就在 Quartus工程目录下得software 下面，再这里不需要点击。 （按下图选择）
点击Next，这里不用修改，点击 Finish，完成工程向导.
在工程目录区中的LED_test项单击鼠标右键后，
点击红圈处的位置 System Library Properties