（1）《办法》仅适用于企业所得税法第三条第二款规定的非居民企业，外国企业常驻代表机构企业所得税核定办法按照有关规定办理。
（2）非居民企业因会计账簿不健全，资料残缺难以查账，或者其他原因不能准确计算并据实申报其应纳税所得额的，税务机关有权采取以下方法核定其应纳税所得额。 ①按收入总额核定应纳税所得额，公式如下： 应纳税所得额＝收入总额×经税务机关核定的利润率 此办法适用于能够正确核算收入或通过合理方法推定收入总额，但不能正确核算成本费用的非居民企业。 ②按成本费用核定应纳税所得额，公式如下： 应纳税所得额＝成本费用总额/（1－经税务机关核定的利润率）×经税务机关核定的利润率
此办法适用于能够正确核算成本费用，但不能正确核算收入总额的非居民企业。
③按经费支出换算收入核定应纳税所得额，公式如下： 应纳税所得额＝经费支出总额/（1－经税务机关核定的利润率－营业税税率）×经税务机关核定的利润率
此办法适用于能够正确核算经费支出总额，但不能正确核算收入总额和成本费用的非居民企业。 （3）非居民企业应纳税所得额利润率如下：
①从事承包工程作业、设计和咨询劳务的，利润率为15%～30%；
②从事管理服务的，利润率为30%～50%；
③从事其他劳务或劳务以外经营活动的，利润率不低于15%。
税务机关有根据认为非居民企业的实际利润率明显高于上述标准的，可以按照比上述标准更高的利润率核定其应纳税所得额。
（4）非居民企业与中国居民企业签订机器设备或货物销售合同，同时提供设备安装、装配、技术培训、指导、监督服务等劳务，其销售货物合同中未列明提供《办法》中列举的劳务服务项目，或者计价不合理的，主管税务机关可以根据实际情况，参照相同或相近业务的计价标准核定劳务收入。无参照标准的，以不低于销售货物合同总价款的10%为原则确定非居民企业的劳务收入。
（5）非居民企业为中国境内客户提供劳务取得的收入，凡其提供的服务全部发生在中国境内的，应全额在中国境内申报缴纳企业所得税。凡其提供的服务同时发生在中国境内外的，应以劳务发生地为原则划分其境内外收入，并就其在中国境内取得的劳务收入申报缴纳企业所得税。税务机关对其境内外收入划分的合理性和真实性有疑义的，可以要求非居民企业提供真实有效的证明，并根据工作量、工作时间、成本费用等因素合理划分其境内外收入；如非居民企业不能提供真实有效的证明，税务机关可视同其提供的服务全部发生在中国境内，确定其劳务收入并据以征收企业所得税。 （6）采取核定征收方式征收企业所得税的非居民企业，在中国境内从事适用不同核定利润率的经营活动，并取得应税所得的，应分别核算并适用相应的利润率计算缴纳企业所得税；凡不能分别核算的，应从高适用利润率计算缴纳企业所得税。
6、《国家税务总局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》（国税函[2010]148号）明确：
（1）在计算应纳税所得额及应纳所得税时，企业财务、会计处理办法与税法规定不一致的，应按照企业所得税法规定计算。企业所得税法规定不明确的，在没有明确规定之前，暂按企业财务、会计规定计算。
（2）允许在企业所得税税前扣除的各类准备金，填报在企业所得税年度纳税申报表附表三“纳税调整项目明细表”第40行“20、其他”第4列“调减金额”。企业所得税年度纳税申报表附表十“资产减值准备项目调整明细表”填报口径不变。
（3）企业资产损失发生年度扣除追补确认的损失后如出现亏损，应调整资产损失发生年度的亏损额，并填报企业所得税年度纳税申报表附表四“弥补亏损明细表”对应亏损年度的相应行次。
（4）企业发生的符合规定的不征税收入，填报企业所得税年度纳税申报表附表三“纳税调整明细表”“一、收入类调整项目”第14行“13、不征税收入”对应列次。不征税收入用于支出形成的费用和资产，不得税前扣除或折旧、摊销，作相应纳税调整。其中，用于支出形成的费用，填报该表第38行“不征税收入用于所支出形成的费用；其用于支出形成的资产，填报该表第41行项目下对应行次。
（5）确认为免税收入的期货保障基金公司取得的相关收入，填报企业所得税年度纳税申报表附表五“税收优惠明细表”“一、免税收入”第5行“4、其他”。
（6）企业发生的投资（转让）损失应按实际确认或发生的当期扣除，填报企业所得税年度纳税申报表附表三“纳税调整明细表”相关行次，对于长期股权投资发生的损失，企业所得税年度纳税申报表附表十一“长期股权投资所得损失”“投资损失补充资料”的相关内容不再填报。
（7）企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损；当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。
（8）总机构弥补分支机构2007年及以前年度尚未弥补完的亏损时，填报企业所得税年度纳税申报表附表四“弥补亏损明细表”第三列“合并分立企业转入可弥补亏损额”对应行次。
⑼企业处置外购资产按购入时的价格确定销售收入，是指企业处置该项资产不是以销售为目的，而是具有替代职工福利等费用支出性质，且购买后一般在一个纳税年度内处置。
⑽核定定额征收企业所得税的纳税人不进行汇算清缴。但为全面反映企业所得税税源状况、所得税收入等情况，从2009年开始，各地税务机关在企业所得税汇算清缴汇总、分