青海青海湖、新疆巴音布鲁克等45处国家级湿地类型自然保护区，加上地方级244处自然保护区，全国有湿地类型自然保护区289处，总面积达4945万公顷。这些湿地自然保护区的建立，对保护典型湿地生态系统、大江大河源头、主要河流入海口、候鸟繁殖和越冬栖息的等发挥了重要的保护作用。
加大已建40处国家级和100处省级湿地自然保护区的建设，使总面积为4000万公顷的湿地得到有效保护。加大这些自然保护区的基础设施投入，建立管理机构，加强巡护等措施，重点保护湿地和水源地以及湿地特殊野生动植物种的栖息地。在全国重点湿地生态系统类型地区再建160处湿地类型自然保护区，使总面积达到2000万公顷，强化对特有湿地生态系统功能和湿地生物多样性进行有效保护。 (2)长江、黄河和澜沧江源区湿地保护示范区
长江、黄河和澜沧江源区位于青藏高原腹地，总面积达36万多平方公里，平均海拔4000多米，是我国最大的天然湿地分布区，据科学家初步计算，长江总水量的25%、黄河总水量的49%和澜沧江总水量的15%都来自这一地区，素有“中华水塔”之称。近年来，三江源地区生态环境恶化严重。境内湖泊萎缩，湿地退化，径流量减少。草地严重退化，土地沙漠化剧烈发展，青藏高原生物多样性种类和数量锐减。科学预言，三江源地区是中国最主要的两大河流和一条国际河流的发源地，如果这一地区的生态环境恶化趋势得不到有效控制，脆弱的生态环境得不到保护和改善，三江流域上、中、下游地区的经济和社会的可持续发展将受到严重的影响。
为保护我们的母亲河和“中华水塔”，2000年8月青海建立了保护三个大江大河源头的自然保护区，国家主席江泽民为该保护区题名“三江源自然保护区”。该保护区总面积为31.8平方公里，是目前我国面积最大、世界高海拔地区生物多样性最集中的自然保护区。
对三江源保护区进行建设和综合治理，开展34项湿地保护示范区建设工程，对河源区约530万公顷的湿地及其生物多样性进行保护。在重要和脆弱的湿地区建立大面积的湿地自然保护区，将核心区居民有计划地搬迁；新建禁猎区以物种保护为重点，进行野外保护体系工程建设；通过引导当地牧民建立严格控制牲口数量、实施冬夏轮放、进行放牧合理规划、适度开发等湿地资源合理利用的模式，开展社区湿地资源保护示范项目；开展草地恢复示范，
通过植草和恢复现有草地对湿地区进行保护。 (3)长江中下游湿地保护示范区
长江中下游是我国河湖湿地分布最集中、最具代表性的地区。该区域的湿地主要由长江及其众多支流、湖泊组成。鄱阳湖、洞庭湖、洪湖、太湖、巢湖和洪泽湖等是本区著名湖泊，也是人工湿地(稻田)面积最集中的地区，是巨大的自然－人工复合湿地生态系统。由于人口集 中和过度利用湿地资源，该地区湿地面积显著减少，湿地生态环境质量严重退化。据初步统计，五十年代以来，该区湖泊面积丧失约1200万公顷，丧失率高达34％。另一方面，由于水土流失，泥沙含量大，造成泥沙大量淤积，明显降低了湿地的调蓄能力，减低了湿地抵御洪涝灾害的能力。1998年长江中下游特大洪水与该地区湿地退化有着密切的关系。 在长江中下游地区开展37项湿地保护示范工程，对大约860万公顷的湿地及其生物多样性进行保护和恢复。为该地区湿地进行恢复和重建并提供示范模式；通过建立禁猎区有效保护迁徙鸟类；初步建立湖区内湿地资源的生态开发模式；初步建立湿地资源合理利用模式。
在鄱阳湖、洞庭湖区内，开展“平垸行洪、退田还湖”后恢复自然湿地活动，面积各约为10万公顷；鄱阳湖、洞庭湖为众多的迁徙鸟类提供了越冬地和停歇地，为有效控制湖区内的鸟类狩猎偷猎以及投毒现象，拟在两大湖区各新建面积为2万公顷的禁猎区；在鄱阳湖、洞庭湖、洪湖、太湖、巢湖和洪泽湖等6大湖泊建立水产、农业、林业生态开发示范区；通过向当地提供扶持（资金或项目），引导建立湖区水产资源综合开发、湿地生态旅游、观鸟旅游等湿地资源合理利用的模式。
(4)三江平原、松嫩平原和嫩江源头湿地保护示范区
三江平原位于黑龙江省东北部，面积约为11.59万平方公里，是由黑龙江、松花江和乌苏里江冲积的低平原与穆棱－兴凯湖冲积、湖积形成的低平原组成。松嫩平原湖群位于吉林省西部、黑龙江省的西南部。本区地势平坦、水系发达、河流纵横交织，由河流、湖泊、沼泽形成了特殊的湿地景观复合体，总面积约为17万平方公里，湿地面积为87万公顷（沼泽和湖泊面积）。嫩江源于大兴安岭东坡，源头以上为韩家园境内的二根河和松岭境内的南翁河，源头以下流经大兴安岭地区280公里，流域面积1.93万平方公里，年平均径流量28亿立方米。
在该区开展20项湿地保护示范工程对约530万公顷的湿地进行保护。提供东北地区湿地生态系统恢复模式；开展渔、苇生态开发示范以及生态、物理示范；初步提供东北地区湿地资源保护与合理利用模式；动态监测径流、水位、水质污染。
在三江平原湿地区内，选择地势低洼、排水不畅、易受洪涝灾害影响、产量很低的耕地，通过引水、种植植被等方式，逐步进行湿地生态系统恢复，计划将12万公顷的耕地改造为水稻田；在松嫩平原湿地区，以大庆油田的工业废水为主的污染越来越重，现污染面积已达5000平方公里，涉及的湖泊达170余个，确定2个渔、苇生态开发和生态、物理工程示范区；在大庆开展湿地资源保护和湿地生态旅游开发项目；在嫩江源头设立水文站、水质化验中心、计算机中心以及与各场站相联的网络系统，对嫩江源头的径流、水位、水质进行动态监测。
(5)高原湖泊湿地保护示范区云南省境内大小湖泊有30余个，总面积为1066平方公里，集水面积约9000多平方公里，占全省总面积的2.28%。绝大部分湖泊在高原区内。这些湖泊由于人口增加，森林面积减少，对水资源的过度利用等原因，导致了湿地栖息地生态环境恶化，生物多样性降低。青海湖位于青藏高原东北部，深居中亚大陆腹地，属高寒半干旱草原气候，面积达4340平方公里，蓄水量77.8亿立方米。目前，青海湖湖泊水位下降，生态环境日益恶化。
在这两个高原湖泊地区开展20项示范区建设对大约1100万公顷的湿地进行保护和恢复。建设期末，初步缓解青海湖水位下降趋势；提供青海湖湖区及其周边地区的合理放牧模式；对高原湖泊湿地及其生物多样性保护进行示范；探讨在民族地区开展生态旅游为主的湿地资源合理利用模式。
在青海湖湿地人工植草12万亩，建设围栏5000米，根治沙化；对青海湖湖周的湿地资源和畜牧数量进行调查，对青海湖地区的放牧模式进行合理规划，通过实行冬夏轮放、控制畜牧数量、减少冬季载畜量等措施，有力控制过度放牧问题，在湖区及其周边地区开展放牧的合理利用示范工程；在滇西北高原湖泊建立禁猎区，面积为6万公顷；在滇西北高原湖泊生物多样性受威胁严重地区，进行湿地及其生物多样性保护和可持续利用示范；建立科学有序开发高原湖泊生态旅游并结合特种民族文化旅游为主体的资源合理利用示范模式。
(6)澜沧江流域保护工程示范区
澜沧江(湄公河)是一条著名的国际河流，干流全长4661公里，我国位于澜沧江的上游，在云南省境内的干流长1240公里，占干流总长的26.6%。
在该区开展13项示范工程对大约480万公顷的湿地进行保护和恢复。在流域的生物多样性丰富地区，开展保护和可持续利用示范活动。
制定流域宣教和技能培训计划，为流域管理机构、自然保护区管理机构提供湿地保护与合理利用、生物多样性保护以及流域管理、生态恢复等方面的理论、技能培训；在湿地资源利用和开发混乱地区，进行生态恢复示范；采用参与式乡村评估的方法，选择不同社区，进行湿地生物多样性保护公众意识教育，并进行流域保护与可持续利用示范活动。 (7)沿海湿地保护工程示范区
我国的海岸线绵长曲折，长达18000公里，分布于12个省(市、区)的188个县(市、区)内；海岛达6500个，海岛线约13000公里。潮间带滩涂面积达217万公顷，浅水海域面积约270万公顷。
在沿海地区开展34项示范工程对大约430万公顷的湿地进行保护和恢复。要探索出适合中国实际的滩涂、河口及浅水海域保护及其利用的措施与途径，为中国滩涂与河口湿地的全方 位保护及其资源的可持续利用提供科学依据。
在辽河三角洲开展生物多样性保护前提下的资源合理利用示范；在辽河三角洲－辽东湾浅海水域湿地制定保护生物多样性和土地利用发展规划及实施方案，以保护为主，同时发展生态农业、水产养殖业的综合经营示范；在广东珠江三角洲开展水产养殖、景区旅游项目建设、滩涂多种经营、资源产品综合利用的示范。 (8) 红树林湿地保护
红树林湿地是热带海岸重要的湿地生态系统。我国红树林主要分布在海南、广东、广西、福建、台湾等省(区)的沿海地区以及香港和澳门地区，总面积约1.4万公顷。
加强现有7个红树林保护区的建设；实施8项红树林湿地示范工程；新建红树林自然保护区１个，面积5000公顷；建立和完善红树林保护网络系统；在海南、广东和福建等省建立红树林育苗基地，营造红树林4万公顷；新建8处物种保存基地，建立红树林资源立体综合开
发利用示范区5处，面积1万公顷；对现存的天然红树林进行保护规划，建立天然红树林野外保护体系。
(9)国际重要湿地保护区建设
我国政府自1992年加入了《湿地公约》以来，履行国际义务，相继有黑龙江扎龙、吉林向海、海南东寨港、青海鸟岛、江西鄱阳湖、湖南东洞庭湖、香港米埔等7处湿地被列入国际重要湿地名录。江苏盐城海滩湿地保护区被列入国际人与生物圈保护区网络；山东黄河三角洲自然保护区、辽宁双台河口国家级自然保护区和上海崇明东滩自然保护区加入“东亚－澳大利亚涉禽保护网络”；兴凯湖、黄河三角洲、鄱阳湖、盐城国家级自然保护区加入“东北亚鹤类保护网络”。
在列入国际重要湿地的自然保护区开展示范工程，提高这些保护区的监测和管理水平，直接受益范围大约为200万公顷。计划到2005年，将黑龙江省三江自然保护区等20个湿地自然保护区列入“国际重要湿地名录”；已列入《国际重要湿地名录》的7处湿地和待列入名录的上海崇明东滩等20个湿地自然保护区，将建立湿地定位监测占，对重要湿地的生态系统特性进行动态跟踪、研究；拟在新建的国际重要湿地自然保护区中，增加科研设施和基本建设投入。
4、自然保护小区建设和生物多样性保护小区
建立自然保护小区，是针对我国南方人口稠密地区实施对生物多样性和珍稀动植物栖息地保护的一种有效方法和措施。它可以在全社会范围内，进一步改善自然生态环境和人民群众生活环境，从身边做起保护自然资源，提高全民保护生态环境意识，进行两个精神文明的一项有深远意义的社会公益事业。
凡有条件的地方都要因地制宜，都要采取多种形式建立各种类型自然保护小区，政府应当组织、批准和建立自然保护小区。自然保护小区的类型主要应当包括：国家重点保护野生动植物的主要栖息地、繁殖地和原生地；有益的和有重要经济、科学研究价值的野生动物栖息繁殖地；候鸟越冬的和迁徙停歇地；有保存价值的原始森林、原始次生林和水源涵养林；有特殊保护价值的地形地貌、人文景观、历史遗迹地带；烈士纪念碑、烈士陵园林地；机关、部队、企事业单位的风景林、绿化带；自然村的绿化林、风景林等。