一是适用条件和目的不同。先行登记保存实施的先决条件是“在证据可能丢失或者以后难以取得的情况下”，是取证措施之一。查封扣留的前提是必须有相关法律法规的规定，可以根据具体情况，对与违法行为有直接关系的物品所采取的保全措施，属于保证行政执法得以顺利进行的强制措施之一。
“先行登记保存”的目的是为了保全证据，是在证据可能灭失，或者以后难以取得的情况下对证据进行登记保全。“封存、扣押”的目的是为了防止可能危害社会的物品、工具、场所、材料等潜在危害的扩大，以防止造成不应有的损害，保证行政执法的顺利实现而实施的行政强制措施。 二是实施对象不同。
三是数量不同。先行登记保存证据的数量不可能是大量的。查封扣留则涉及违法行为的大部分或全部物品。
四是时间不同。先行登记保存证据的期限为7日。查封扣留一般以行政机关查明违法事实为期限，但有的法规也规定了具体期限，如《无照经营查处取缔办法》规定实施查封扣留的最长期限为30日。
五是依据不同。先行登记保存的依据是《行政处罚法》第三十七条第二款。查封扣留必须根据相关法规的具体规定，依法实施，不得滥用。
六是性质不同。“先行登记保存”与“封存、扣押”的性质不同。“先行登记保存”是一种证据保全措施，而“封存、扣押”则是行政强制措施，是独立的一类具体行政行为。
七是法律后果不同。前者只是具体行政行为的一个环节，不算独立的具体行政行为，当事人不可由此提起诉讼或申请行政复议；后者则是一个独立的具体行政行为，《查封、扣押物品通知书》一经发出，则该行为已经完成，不管其最后是否导致进一步的行政处罚，当事人都可以由此直接提出诉讼或申请行政复议、国家赔偿等。