清 初，全椒县属江南行省。康熙六年（公元1667年），设安徽省，全椒县属之。后分属安庐滁和道。 民国 元年（公元1912年）4月，全椒县直属安徽省。三年至十七年，属淮泗道。十七年至二十一年，属安徽省。二十一年以后，属安徽省第五专区。
1949年元月25日，全椒县解放。4月21日改属皖北行署滁县专区。1952年4月12日改属安徽省滁县专区。1956年元月12日改属安徽省蚌埠专区。1961年4月13日蚌埠专区仍划分为滁县、宿县两
专区，全椒县属滁县专区。1971年3月29日，滁县专区改名为滁县地区，全椒县隶属不变。1993年元月5日，撤销滁县地区，设立滁州市（地级），全椒县属其管辖。