养，没有处理的，则没有用药物处理的细胞可设为标准样本Calibrator，其它用药组样本均与该样本进行比较。而这些处理组的样本类型均可以选定为Unkown，检测看家基因的孔位类型选为Reference Unknown，检测靶基因的孔位类型选为Target Unknown。阴性对照样本可根据其所用引物的不同选定类型为Reference Negative和Target Negative。 在Target Name一栏中填写检测的基因名，如以B-actin作为看家基因的话，在所有看家基因样本的Target Name一栏均填写B-actin；而靶基因以此类推，如上图。
Efficiency默认为2.00。将以上样本编辑完成后，设置PCR反应程序，即可运行仪器，进行实验。
实验结束后，可点击左侧的
按钮，进入分析界面，选择Relative Quantification
分析数据，点击按钮即可生成相对定量的数据。
注意，如果阴性对照Negative样本产生了扩增曲线，软件会判定该实验失败，采用SYBR Green I进行实验时，由于不可避免地产生一些非特异扩增和引物二聚体现象，往往会导致软件无法计算出结果，这个时候可以将阴性对照样本的类型改为Target
Unknown或Reference Unkown来看一下实验的分析结果。但出现阴性对照样本产生阳性扩增曲线的现象时，一定要进行Tm Calling分析，看一下熔解曲线峰，以进一步分析所造成的原因。如果其熔解曲线与PCR目标扩增产物峰的Tm值一致，即试剂被阳性PCR扩增片段污染，所得定量结果不准确，要解决该污染问题后重新进行实验；如果阴性样本的熔解曲线峰与PCR目标扩增产物峰的Tm值不一致，则有可能是引物二聚体或非特异扩增产物的原因，其同样影响定量结果，要想办法优化实验排除其影响。
另外，如果Calibrator标准样本的看家基因和靶基因无扩增的话，也会导致软件无法计算出结果。
2、准确相对定量
所谓准确相对定量是指采用PCR扩增效率校正的相对定量算法，其将看家基因和靶基因的PCR扩增效率的具体值计算出来后参与至定量计算中去，因而其结果更能够体现实际的情况。
其设置大致与相似相对定量相同，只是样本类型处多了标准品，如下：
样本检测中增加了STD1、STD2、STD3、STD4四个“标准品”，其在看家基因检测中的样本类型为Ref Standard，在靶基因检测中的样本类型为Target Standard，在
Concentration一栏中分别填写这些“标准品”的浓度（这些浓度不是准确的浓度，这些标准品的浓度也是未知的，可以仍选一个样本，进行十倍梯度稀释，分别用看家基因和靶基因的引物对这些稀释产生的模板进行扩增，而对这些在 Concentration中填写的浓度只要体现出这些样本的十倍浓度差即可，即1、10、100、1000或1、0.1、0.01、0.001等）。软件可以通过这些“标准品”作出标准曲线，计算得到相应引物的PCR扩增效率。
实验结束后同样点击软件界面左侧的按钮，进入分析界面，选择Relative
Quantification分析数据，点击按钮即可生成相对定量的数据。
注意，所选用的“标准品”如有几个低浓度的无扩增，会影响标准曲线的生成，导致软件无法生成数据，因而尽可能选用起始浓度较高样本进行梯度稀释。
也可以在进行相似相对定量实验以后，选用起始浓度最高的样本进行梯度稀释，计算出PCR的扩增效率，然后将该标准曲线保存（在标准曲线下方点击“Std Curve (In
run)”右侧的下拉箭头选择Save as external即可保存），打开前一轮相似相对
定量的实验结果，在分析界面中点击 “Std Curve (In run)”图标右侧的下拉箭头，选择“Std Curve (External)”调用已保存的标准曲线，以使得各引物的扩增效率参与相对定量计算。这样可避免重复实验。