铁路公司采用三级调度管理方式。
高速铁路车站一般都不设车站值班员，实行调度集中控制。较大车站设外勤值班员，负责确认旅客上下完毕，车门关闭后，显示发车信号。无外勤值班员车站由列车长确认旅客上下完毕并关闭车门后，显示发车信号。
在法兰克福设一个调度中心协调各区域控制中心的调度工作。法兰克福调度指挥中心属路网公司运行部管理，负责指挥跨区域、国际的客货列车按图行车，主要对1000列长途旅客列车和1300列重点货物列车进行监控，同时出调七个调度所之间关系；调度所则负责管辖区域内的日常运输指挥工作，区域管理控制中心具有自动化行车调度(自动识别列车冲突、自动提出解决冲突的建议)、集中式自动进路控制、列车进路状态集中监视和列车报告数据的自动处理等功能。 调度系统按专业分设，主要调度系统划分两大体系：行车系统与客运系统。行车系统是由路网公司来组织与管理的。客运系统是由客运公司进行组织与管理的。列车进路控制一般采用调度集中设备，通过列车运行图预设自动控制列车进路，并自动实现列车车次号跟踪。不设车站值班员。列车调度系统自成一体，封闭运行。但通过安全方式可向客运及动车底调度系统提供信息。牵引供电、工务、电务调度系统按专业分设。除列车运行外的其他调度系统使用德铁全路共享的办公生产信息平台。
客运调度属客运公司生产部管理，对长途和短途旅客列车进行调度指挥，主要负责为旅客提供发到和运行等信息、指挥客运站发车、对客运机车和车辆进行统一调配和运用、向路网调度提出客车运行调整和增减客车方案并组织付诸实施等。德铁客运调度在日常调度指挥中，特别注重晚点旅客列车在中转站与正点旅客列车的接续组织指挥工作，尽量满足晚点旅客列车上的乘客能够及时乘坐上需要换乘的其他旅客列车。
货运调度属货运公司生产部管理，主要负责对集结式零散货物列车、整列直达货物列车、联运货运列车和军运列车等进行调度指挥，对货运机车和车辆进行统一调配和运用。