2015版《抗菌药物临床应用指导原则》与2004版《抗菌药物临床应用指导原则》相比，2015版主要在第一、二部分有变化。
第一部分：抗菌药物临床应用的基本原则
抗菌药物治疗性应用的基本原则
一：诊断为细菌性感染者方有指征应用抗菌药物
◆ 新增“放射、超声等影像结果”为细菌、真菌性感染依据。
二：尽早查明感染病原，根据病原种类及药物敏感试验结果选用抗菌药物
◆ 删除“门诊病人可以根据病情需要开展药敏工作”，与住院病人统一为“对临床诊断为细菌性感染的患者”。
◆ 提出开始抗菌药物治疗前，及时留取相应合格标本，尤其是血液等无菌部位标本。
三：抗菌药物的经验治疗
◆ 本内容从旧版第二条中单独分离出来，并增加“对培养结果阴性的患者，应根据经验治疗的效果和患者情况采取进一步诊疗措施”。
四：按照药物的抗菌作用及其体内过程特点选择用药
◆ 该内容无变化。
五：综合患者病情、病原菌种类及抗菌药物特点制订抗菌治疗方案
◆ 提出品种选择尽可能选择选择针对性强、窄谱、安全、价格适当的抗菌药物。
◆ 给药途径内容中，增加了中度感染的大多数患者，应予口服治疗，并列出了可先予以注射给药的六种情况。
◆ 给药次数中，删除了旧版中氟喹诺酮类、氨基糖苷类等可一日给药一次的“重症感染者例外”这个注释；词汇“消除半衰期短者”被“时间依赖性抗菌药”替代。
◆ 联合用药的指征内容中：
① 旧版的“单一抗菌药物不能有效控制的感染性心内膜炎或败血症等重症感染”被删除，取而代之的是“单一抗菌药物不能控制的严重感染”；
② 举例说明联合用药宜选用具有协同或相加作用的药物联合中，删除了“两性霉素B与氟胞嘧啶联合”。
抗菌药物预防性应用的基本原则
一：非手术患者抗菌药物的预防性应用
◆ 单独列出并强调了预防用药的目的和原则
◆ 预防用药基本原则内容中，原则上不应预防使用抗菌药物的情况，增加了“留置导尿管、留置深静脉导管以及建立人工气道（包括气管插管或气管切口）”
二：围手术期抗菌药物的预防性应用
◆ 强调了预防用药目的不包括与手术无直接关系的、术后可能发生的其他部位感染。
◆ 强调了抗菌药物的预防性应用并不能代替严格的消毒、灭菌技术和精细的无菌操作，也不能代替术中保温和血糖控制等其他预防措施。
◆ 考虑预防用药的情况中，增加了感染高危因素：糖尿病、免疫功能低下（尤其是接受器官移植者）、营养不良等患者。
◆ 新增对污秽-感染手术（Ⅳ类切口）用药的解释。
◆ 明确手术切口类别（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类切口）定义。
◆ 新增抗菌药物在围手术期预防应用的品种选择内容。
◆ 预防给药方案中：
① 开始给药改为“在皮肤、黏膜切口前0.5～1 h内或麻醉开始时”。
② 术中追加一次抗菌药物的条件改为“手术时间超过3 h或超过所用药物半衰期的2倍以上，或成人出血量超过1500 ml”。
◆ 明确提出“过度延长用药时间并不能进一步提高预防效果，且预防用药时间超过48小时，耐药菌感染机会增加”。
◆ 新增侵入性诊疗操作患者的抗菌药物的预防应用原则，并列出了特殊诊疗操作抗菌药物预防应用的建议。
第二部分：抗菌药物临床应用的管理
一、医疗机构建立抗菌药物临床应用管理体系
◆ 此项为新增加内容，明确了医疗机构需要：
① 设立抗菌药物管理工作组；
② 建设抗菌药物临床应用管理专业技术团队；
③ 制定抗菌药物供应目录和处方集；
④ 制定感染性疾病诊疗指南；
⑤ 抗菌药物临床应用监测；