实习 3 ： ： 本地数据库搜索及比对
实验目的：
1. 学会用BLAST+进行本地数据库搜索
2. 学会使用HMMER进行HMM模型构建，数据库搜索和序列比对 进行多条序列比对分析 实实验内容： 一、 二、 作业：
1） 用NCBI搜索yeast核酸序列，限定Refseq，下载fasta格式文件。安装
blast++后，在命令行窗口进行运行，将所下载的粘贴到blast-2.2.31+\\bin文件夹，构建数据库，如下图
使用Blast+进行本地搜索 HMMER
对数据库进行过滤，如下图
再进行建库，如下图
找到topoisomerase ，粘贴到blast-2.2.31+\\bin文件夹，如下图寻找
由result可知，Sequences producing significant alignments (hits)为29，最高分4167，最高匹配100%，两个最高分分别是TOP1的mRNA和全序列，并没有TOP2， TOP3，可以判断不存在直系同源的关系。
2、用NCBI搜索nitrogenase蛋白质序列，限定Refseq，下载fasta格式文件，将所下载的粘贴到blast-2.2.31+\\bin文件夹，构建数据库，如下图
对数据库进行过滤，如下图
再进行建库，如下图
找到NifD ，粘贴到blast-2.2.31+\\bin文件夹，如下图寻找
从protein_result结果知hit为40，最高分为1035，最高匹配为100%，据此可知为同源序列。
3、用Pfam数据库搜索nac family序列，下载序列的Stockholm格式和maize protein sequence 【fasta】格式，粘贴到hmm\\tutorial文件夹中，使用命令窗口输入hmmbuild NAC.hmm tutorial/NAC.sto得到NAC.hmm文件，然后
利用HMM模型搜索数据库（hmmsearch）输入hmmsearch NAC.hmm tutorial/ZmB73_5b_FGS_translations.fasta > NAC.out后得到NAC.out文件，再利用HMM模型比对多条序列(hmmalign)，输入hmmalign NAC.hmm tutorial/ZmB73_5b_FGS_translations.fasta > NAC.sto得到NAC.sto，最后再用Muscle进行比对。
得到17条序列Hmmalign比对结果通过Clustal显示如下图所示
Muscle比对如下图所示，
通过比对结果分析，两者比对结果存在差异，Hmmalign是经过构建模型而得到，因此其比对结果更有效。