《全国扫黑除恶专项斗争督导工作方案》督导工作重点围绕六个方面：政治站位、依法严惩、综合治理、深挖彻查、组织建设和组织领导。
(1)政治站位。重点督导党委和政府贯彻落实习近平总书记有关重要指示和中央决策部署情况，贯彻落实扫黑除恶专项斗争的总体要求和实施步骤情况。
(2)依法严惩。重点督导扫黑、除恶、治乱的成效，特别是发动群众情况，严守法律政策界限，严格依法办案，以及涉黑涉恶问题的根本遏制情况。
(3)综合治理。重点督导各部门齐抓共管，相关监管部门对重点行业、重点领域加强日常监管，形成强大合力的情况、整治突出问题的情况。
(4)深挖彻查。重点督导把扫黑除恶与反腐败斗争和基层“拍蝇”结合起来，治理党员干部涉黑涉恶问题，深挖黑恶势力背后“保护伞”的情况。
(5)组织建设。重点督导整顿软弱涣散基层党组织，严防黑恶势力侵蚀基层政权，为铲除黑恶势力滋生土壤提供坚强组织保证情况。
(6)组织领导。重点督导各级扫黑除恶专项斗争领导小组及其办公室充分发挥职能作用，加大统筹力度，层层压实责任，推动解决经费保障、技术装备、专业队伍建设等重要问题情况。